然而，明朝内阁的演变，也为高要提供了深刻的教训。这一制度的最大弱点，在于其高度依赖皇权的正常运作。明朝中后期，皇帝怠政者甚众，如嘉靖帝深居西苑修道，万历帝数十年不朝，天启帝沉溺木艺。
皇权的缺位，导致了权力真空，内阁的票拟权与司礼监的批红权结合，使得内阁首辅与宦官势力有时反而成为了实际上的决策中心，甚至出现欺瞒皇帝、操纵朝局的现象。
此外，内阁阁臣若能获得皇帝绝对信任，或通过掌控言路、联结宫闱，其权力同样可以膨胀到无以复加的地步，张居正的“权倾朝野”即是明证。这意味着，再好的制度，若缺乏与之匹配的监督机制和稳定的权力核心，也难免异化。
洞悉了明代内阁的优劣，高要决心推行一套经过他深思熟虑和本土化改造的内阁制度。他并非全盘照搬，而是要取其精华，去其糟粕，打造一个更适合当前局面、更能巩固政权、且能有效运行的权力中枢。
首先，他明确了内阁的核心定位：皇帝的最高咨询与秘书机构，而非独立的决策机构。内阁大学士的职责，在于“参预机务”，汇集各方信息，为最终决策提供详尽的预案和分析。所有政令，必须经高要以朱笔核准后，方能下发六部执行。这就从根本上杜绝了丞相那种“乾纲独断”的可能。
其次，他严格限定内阁的组成与权限。内阁大学士设定为三至五人，皆从现有重臣中选拔，如萧何这等善于理政、目光长远者自然位列其中。但他们不再像过去的丞相那样直接管理六部事务。
六部尚书直接对高要负责，内阁大学士对六部有建议、协调之权，却无人事任免和直接指挥之权。这就实现了议政与行政的分离，避免了权责混淆。同时，他刻意保持内阁成员数量的弹性，既可防止一人独大，也便于引入不同政见者，使决策咨询更具全面性。
对于军事权，高要的防范更为严格。他明确规定，内阁不得直接干预军队指挥与调动。军事事务由以曹参为首的武官系统独立负责，重要军国大事需由高要主持，召集内阁主要成员与高级将领共同商议，但最终决策权与最高指挥权，牢牢掌握在他自己手中。这彻底实现了军政分离，杜绝了文人掌军或权臣通过掌控军队威胁政权的隐患。
为了避免重蹈明朝中后期内阁失控或与宦官勾结的覆辙，高要在制度设计中加入了更多预防性的“补丁”。
其一，强化监督体系。 他计划进一步强化监察机构的独立性与权威，赋予其风闻奏事、弹劾百官之权，其奏章可直达御前，不受内阁与六部节制。监察官员的重点监督对象，就包括了位高权重的内阁大学士。这形成了一套独立于行政体系之外的“眼睛”，时刻惕励。
其二，引入轮值与述职制度。 内阁大学士并非终身制，高要考虑定期进行小幅调整，或让阁臣轮流负责不同领域的事务，避免其在某一领域深耕过久，形成私人势力。同时，规定内阁定期向他就国家大政进行系统述职，确保他能始终掌控全局，不被蒙蔽。
其三，明确皇权的绝对性。 高要通过各种场合和文书，反复强调“皇权至上”的原则。内阁制度是为了更好地贯彻和执行君主的意志，而非分割或替代君主的权力。所有的制度设计，其最终目的都是为了巩固中央集权，亦即巩固他高要的统治根基。他既要借助群体的智慧，又要确保个人的权威不容挑战。
推行内阁与六部制，还涉及一个更为复杂的问题——中央与地方的关系。高要深知，再完美的中央官制，若不能有效地贯彻到地方，终将是空中楼阁。秦朝二世而亡，与其严刑峻法、地方失御不无关系。
他意识到，地方治理的关键在于“度”的把握。一方面，必须赋予地方一定的自主权。中国疆域辽阔，各地民情迥异：北方地广人稀，重视畜牧；南方水网密布，精于农耕；边陲之地，民族杂居，风俗不同。
若所有政事均需等待中央一纸命令，必然反应迟缓，甚至出现“橘生淮北则为枳”的困境。强行推行一刀切的政策，地方官员为完成考核，要么欺上瞒下，要么苛虐百姓，最终导致民怨沸腾，动摇国本。
但另一方面，地方的自主权绝不能过大，否则极易形成割据势力，尾大不掉，对中央政令阳奉阴违，甚至最终走向分裂。如何既让地方有能力因地制宜地处理政务，又能确保中央的权威和政令的畅通，是这个新制度必须解决的难题。
高要的初步构想是，在推行内阁-六部中央体制的同时，对地方行政体系进行配套改革。他考虑借鉴明初“三司”并立的思路，在郡一级设立分别主管民政、刑狱\/监察、军事的官员，使其互不统属，直接对中央相应的部门负责。这样，既分散了地方长官的权力，防止其一手遮天，又加强了中央对地方的垂直管理。
同时，他要求内阁和六部在制定政策时，必须充分考虑地方的差异性。下达的政令应更具指导性而非刻板的操作性，给予地方在一定原则范围内变通执行的空间。此外，他还要建立一套更为高效、保密的信息传递系统，并定期派遣钦差实地巡查，既收集真实民情，也监督地方官员对政令的执行情况，确保“上有政策，下有对策”的空间被压缩到最小。
光明宫正殿之上，高要缓缓开口，将他深思熟虑的内阁制度构想，清晰而坚定地向满朝文武宣告。他没有纠结于丞相制的历史功过，而是直指其权力结构的固有弊端，并展示了内阁制度在分权制衡、巩固君权、提高行政效率方面的优越性。他引述明制为鉴，既肯定其初始设计的合理性，也毫不避讳地指出了其后期异化的教训，并阐述了他为此设计的种种防范措施。