永平四年（公元61年 辛酉年）
春天，明帝出宫在附近查看城郭府邸，还打算到河内去打猎。东平王刘苍上书劝阻，明帝看了奏书后，马上就回宫了。
秋天，九月戊寅日，千乘哀王刘建去世，他没有儿子，封国被废除。
冬天，十月乙卯日，司徒郭丹、司空冯鲂被免职，朝廷任命河南尹沛国人范迁为司徒，太仆伏恭为司空。伏恭是伏湛哥哥的儿子。
陵乡侯梁松因为心怀怨恨，还写匿名信诽谤他人，被关进监狱处死。当初，明帝还是太子的时候，太中大夫郑兴的儿子郑众因为精通经书而出名，太子和山阳王刘荆通过梁松，想用丝绸去邀请郑众。郑众说：“太子是储君，按道理不能和外界私自交往。汉朝有以往的规定，藩王也不应该私自结交宾客。”梁松说：“这是长辈的意思，不能违背。”郑众说：“违反禁令而获罪，还不如坚守正道而死。”最终没有去。等到梁松获罪，他的宾客大多受到牵连，只有郑众没有受到牵连。
于阗王广德率领各国三万兵力攻打莎车，引诱莎车王贤并将其杀害，吞并了莎车国。匈奴发动各国兵力围攻于阗，广德请求投降。匈奴拥立贤留在匈奴做人质的儿子不居征为莎车王，广德又攻打并杀死了不居征，改立他的弟弟齐黎为莎车王。东平王刘苍因为是皇帝至亲而辅佐朝政，声望越来越高，他内心感到不安，前后多次上疏说：“自从汉朝建立以来，宗室子弟没有在公卿位置上的，我请求上交骠骑将军的印绶，回到封国。”言辞十分恳切，明帝于是同意刘苍回到封国，但没有同意他上交将军印绶。
永平五年（公元62年 壬戌年）
春天，二月庚戌日，刘苍辞去官职回到封国。明帝任命骠骑长史为东平太傅，掾为中大夫，令史为王府的郎官，又赏赐五千万钱，十万匹布。
冬天，十月，明帝前往邺城，当月就回到宫中。
十一月，北匈奴侵犯五原；十二月，又侵犯云中。南单于出兵击退了他们。
这一年，朝廷遣返安置在中原各郡的边疆百姓，赐给他们每人两万钱作为置办行装的费用。
安丰戴侯窦融年纪大了，他的子孙放纵荒诞，大多不遵守法纪。他的长子窦穆娶了内黄公主。窦穆假称是阴太后的诏令，让六安侯刘盱休掉妻子，把自己的女儿嫁给刘盱。刘盱妻子的家人上书说明情况，明帝非常生气。把窦穆等人的官职全部罢免，窦氏家族中担任郎吏的，都带着家属回到原籍，只把窦融留在京城；不久窦融就去世了。几年后，窦穆等人又因为犯事，和他的儿子窦勋、窦宣都被关进监狱处死。过了很久，明帝下诏让窦融的夫人和一个小孙子回到洛阳居住。
永平六年（公元63年 癸亥年）
春天，二月，王雒山挖出一个宝鼎，被进献给朝廷。夏天，四月甲子日，明帝下诏说：“祥瑞的降临，是为了回应有德行的人；如今政治教化多有不正之处，怎么会出现这种情况呢！《易经》说：‘鼎象征三公，’难道是公卿们履行职责得当才这样吗！赏赐三公每人五十匹帛，九卿、二千石官员赏赐一半。先帝下诏书，禁止人们上书言事时称皇帝圣明，然而近来奏章中很多浮夸不实之词；从今往后，如果再有过分称赞、虚假称誉的内容，尚书都应该压制下来，不予理会，以此表示朝廷不会被谄媚之人欺骗。”
冬天，十月，明帝前往鲁地；十二月，又前往阳城；壬午日，回到宫中。
这一年，南单于适去世，单于莫的儿子苏继位，成为丘除车林鞮单于；几个月后，苏又去世了，单于适的弟弟长继位，成为湖邪尸逐侯鞮单于。
评论
永平四年至六年，东汉在政治、边疆及宗室等方面发生了一系列重要事件，这些事件对东汉的发展产生了不同程度的影响。
政治上，官员任免调整频繁，司徒、司空更替，体现出朝廷对政务管理的动态调整。梁松因罪被诛，反映出朝廷对官员品德与言行的严格要求，维护了朝廷纲纪。同时，从郑众拒绝太子和山阳王私下邀请一事，可看出当时对皇室成员与外界交往有明确规范，意在防止权力滥用和不正当关系滋生，保障政权稳定。
边疆局势方面，北匈奴对五原、云中的侵犯，凸显了东汉边疆面临的威胁，而南单于击退北匈奴，表明东汉与南匈奴的合作在一定程度上维护了边疆安全。这一时期边疆的动荡促使东汉持续关注边疆防御与民族关系的处理。
宗室事务上，东平王刘苍主动请辞辅政回到封国，反映出宗室在权力与地位面前的谨慎态度，也体现了明帝对宗室权力的把控与平衡，既同意刘苍归藩，又保留其将军印绶，确保宗室势力既不威胁皇权，又能在必要时为朝廷效力。而窦融家族因子孙不法而衰落，展现出朝廷对宗室贵族违法行为的严肃处理，维护了法律的公正与朝廷的权威，避免宗室势力过度膨胀而扰乱朝纲。
此外，宝鼎的出现引发了明帝对朝政的反思与对祥瑞态度的明确，既重视祥瑞背后象征的德行，又反对浮夸不实的言辞，一定程度上引导了朝廷务实的政治风气。