许敬宗出身南朝官宦世家，祖父许亨曾任南陈太中大夫，父亲许善心是隋朝的礼部侍郎，以学识闻名。隋大业十四年，宇文化及在江都弑君，许善心拒不归附，惨遭杀害。当时许敬宗正随父亲在江都，为保性命，屈膝投降，后辗转投奔瓦岗军，后又随随李密降唐。此后，他凭借一手好文笔与博通经史的才学，先任秦王府学士，后又逐步升迁。
贞观年间，许敬宗被任命为着作郎，监修国史。一次，唐太宗为皇子挑选妃嫔，许敬宗的女儿被选为晋王妃。按惯例，皇子纳妃需有聘礼往来，许敬宗却借着“皇家婚事”的由头，向晋王府索要远超规制的财物，金银珠宝、绸缎田宅堆满了自家院落。此事被御史弹劾，唐太宗虽未深究，却也对他留下了“贪鄙”的印象，致使他在贞观朝始终未能得到重用，仅在东宫任职，辅佐太子李治。
许敬宗虽心中不满，但也只能隐忍。他见太子李治性情温和，便处处迎合李治，不仅在学业上悉心教导，更在日常言行中揣摩其心意。贞观二十三年，唐太宗驾崩，太子李治继位，是为唐高宗。许敬宗终于等到了机会，他以东宫旧臣的身份，被擢升为礼部尚书，加弘文馆学士，进入了权力核心。
当时的唐朝，元老重臣仍占据主导地位，其中以长孙无忌、褚遂良为首的“关陇集团”势力最强。长孙无忌是唐高宗的舅父，开国功臣，官拜太尉；褚遂良是贞观朝名相，擅长书法，时任尚书右仆射，二人受唐太宗遗命，辅佐唐高宗处理朝政，对军政大事有话语权。许敬宗初登高位，深知自己根基薄弱，若想更进一步，必须找到能与元老集团抗衡的靠山——而此时，一个女人出现在了唐朝的政治舞台。
唐高宗继位后，立原配王氏为皇后。王皇后无子，而深受高宗宠爱的昭仪武则天，生下了皇子李弘。高宗在武则天的枕头风下，想立武则天为后，取代王皇后的位置。长孙无忌、褚遂良等元老坚决反对，认为此举有违礼法，而且武则天曾是唐太宗的才人，若立为皇后，恐遭天下非议；而许敬宗、李义府等官员，却觉得这是攀附皇帝与武则天的绝佳机会，决意支持“废王立武”。
永徽六年，唐高宗在紫宸殿召长孙无忌、褚遂良、于志宁、李积四位重臣议事，议题正是“废王立武”。褚遂良率先进言，言辞恳切：“皇后出身名门，是先帝为陛下所选，先帝临终前曾拉着臣的手说‘朕佳儿佳妇，今以付卿’，这话犹在耳畔，陛下怎能轻易废后？且武昭仪曾侍奉先帝，天下人皆知，若立为皇后，陛下将如何面对天下舆论？”说罢，他竟将朝笏放在地上，免冠叩首，以“乞归田里”相谏，气得唐高宗当场拂袖而去。
许敬宗见褚遂良触怒皇帝，立刻在私下场合散布言论，为唐高宗与武则天辩解。一次，他在百官议事的偏殿中故意高声说：“田舍翁多收十斛麦，尚欲易妇，况天子欲立后，何豫诸人事而妄生异议乎？”这话恰好被路过的唐高宗听到，高宗心中大喜，觉得许敬宗说出了自己的心声，对他愈发信任。
不久后，唐高宗再次召集大臣商议“废王立武”，许敬宗直接在朝堂上表态：“陛下立后，乃是家事，何须问外人？武昭仪德容兼备，又为陛下诞下皇子，立为皇后，实乃天下之幸！”他的话让唐高宗坚定了废后的决心。最终，唐高宗不顾长孙无忌、褚遂良等人的反对，下诏废黜王皇后，册立武则天为皇后。而许敬宗，也因支持“废王立武”之功，被擢升为侍中，封高阳郡公，成为唐高宗与武则天的心腹。
武则天成为皇后后，首要之事便是清除反对自己的元老重臣，褚遂良首当其冲。许敬宗为了迎合武则天的心意，主动请缨，开始罗织褚遂良的罪名。
褚遂良因反对“废王立武”，早已被唐高宗贬为潭州都督。许敬宗上奏高宗，称褚遂良在潭州“心怀怨望，私结地方官员，意图不轨”。为了坐实罪名，他甚至伪造了一封褚遂良与地方官员的“密信”，信中“提及”对高宗废后的不满，以及被贬的一些牢骚埋怨。唐高宗本就对褚遂良的强硬态度心存不满，见了“密信”后更是怒不可遏，下诏将褚遂良贬为桂州都督。
许敬宗仍不罢休，继续弹劾褚遂良。他在奏折中称：“褚遂良历任要职，手握许多朝廷机密，如今被贬桂州，此地临近岭南，多有夷族部落，若他与夷族勾结，泄露机密，恐对边疆不利。”唐高宗再次下令将褚遂良再贬为爱州刺史——爱州位于今越南清化一带，可以说是穷山恶水，瘴气弥漫的绝境之地。
褚遂良到爱州后，知道自己是被许敬宗构陷，便写下《陈情表》，向唐高宗陈述自己的冤屈，回忆贞观年间辅佐太宗、受遗命辅佐高宗的往事，言辞悲切，希望能得到高宗的怜悯。然而，这封《陈情表》却被许敬宗私下拦截，没有呈给高宗。
显庆三年，褚遂良在爱州病逝，享年六十三岁。他死后，许敬宗仍未放过他的家人，又上奏称褚遂良的儿子褚彦甫、褚彦冲“心怀怨恨，可能会伺机报复”，唐高宗遂下令将二人流放爱州，不久后，二人又被许敬宗暗中派人杀害。一代名臣，最终落得家破人亡的下场。
清除了褚遂良后，许敬宗的下一个目标是长孙无忌。长孙无忌是唐高宗的舅父，又是开国功臣，地位尊崇，想要扳倒他，并非易事。许敬宗苦等时机，终于在显庆四年，找到了突破口。
显庆四年（659年），许敬宗利用审理太子洗马韦季方和监察御史李巢“朋党案”的机会，诬陷长孙无忌谋反。唐高宗起初不信，反驳道：“舅父是朕的至亲，又是开国元勋，怎会参与谋反？”
许敬宗早有准备，他拿出“证据”——一份所谓韦季方与长孙无忌的“往来书信”（实为许敬宗伪造）。许敬宗还在高宗面前声泪俱下：“陛下，臣起初也不愿相信太尉会谋反，可证据确凿！长孙无忌贵为陛下舅父，朝中大臣多依附于他，若他真有反心，一旦发动，陛下与宗庙都将陷入危局！臣恐其诈穷发急，攘袂一呼，同恶云集，为宗庙忧啊！”
为了让高宗彻底相信，许敬宗又举了隋朝杨素的例子：“杨素也曾是隋朝功臣，权势赫赫，后来其子杨玄感谋反，导致隋朝大乱。长孙无忌如今的权势，比杨素当年更盛，若不早除，必成后患！”唐高宗本就对长孙无忌有所忌惮，被许敬宗一番蛊惑后，渐渐动摇，最终下令将长孙无忌削去太尉官职，贬为扬州都督，安置于黔州。
长孙无忌被贬后，许敬宗仍不放心，又上奏称“长孙无忌在黔州仍与旧部联络，恐有异动”，并自请前往黔州“复查”此案。唐高宗准奏后，许敬宗立刻派心腹前往黔州，对长孙无忌严刑逼供，逼迫他承认“谋反”罪名。长孙无忌深知自己难逃一死，在狱中自缢身亡，享年六十三岁。
随后，许敬宗又借机大肆株连，将长孙无忌的儿子长孙冲、长孙诠等流放岭南，近亲族人流放边远之地，朝中与长孙无忌有牵连的官员，或被罢官，或被处死，一时间朝堂震动，“关陇集团”彻底瓦解，而许敬宗则因“平叛之功”，被擢升为尚书右仆射，封河间郡公，达到了权力的顶峰。
许敬宗长期负责监修国史，从《武德实录》《贞观实录》到《永徽五礼》，多部重要史书均由他主持修订。然而，他却将修史大权当作满足私怨、掩盖自身劣迹的工具，肆意篡改史实。
对于与自己有私怨的人，许敬宗常常刻意贬低。比如隋朝旧臣裴寂，曾与李渊一同起兵，是唐朝开国功臣，却因早年与许敬宗的父亲许善心有过节，许敬宗便在《武德实录》中故意弱化裴寂的功绩，将其描述成“无谋无略，仅靠李渊信任才得以显贵”的人；又如贞观朝名臣封德彝，与许敬宗有过节，许敬宗便在史书中抹黑封德彝，称其“在隋末时反复无常，先附宇文化及，后又降唐，品行不端”。
对于自己的父亲许善心，许敬宗则极力美化。隋末江都之变中，许善心虽拒不降宇文化及而死，但许敬宗自己屈膝投降，这成了他的心病。为了掩盖自己的“失节”，他在史书中刻意夸大许善心的“忠烈”，称其“面对宇文化及的屠刀，宁死不屈，痛斥逆贼”，却对自己投降的经历一笔带过，仅用“随父在江都，后辗转归唐”轻描淡写。
此外，许敬宗还利用修史掩盖自己的劣迹。他曾因接受蛮夷首领的贿赂，为其加官进爵，事后也下令将相关记载从官书中删除。时任国子博士的范履冰曾对人说：“许敬宗修史，犹如儿戏，私怨必报，私恩必记，这样的史书，怎能信？”
许敬宗身居高位后，利用职权，大肆敛财：主持官员选拔时，谁给的贿赂多，谁就能得到肥缺；为皇室宗亲主持婚事时，更是索要高额“主持费”，甚至连公主出嫁，他都敢开口索要绸缎千匹。
他还在长安城中建造了奢华的府邸，其规模远超官员规制，府邸内的园林、楼阁极尽精巧，甚至仿照皇宫的样式建造了“听政楼”，被人弹劾“僭越”，他却仗着唐高宗与武则天的信任，毫不在意。一次，他看中了御史大夫崔义玄家的一座假山，便直接派人去要，崔义玄不敢得罪他，只得将假山拆了送到他家。
咸亨元年，许敬宗因病退休，唐高宗念其“功绩”，仍给了他丰厚的俸禄。次年，许敬宗病逝，享年八十一岁。唐高宗追赠他为开府仪同三司、扬州大都督，还下令为他举哀三日。
许敬宗死后不久，就有人上奏揭发他篡改国史、构陷忠良的罪行。唐高宗命人重新审查许敬宗修订的史书，发现其中果然有多处篡改之处，遂下令让史官重新修订；太常寺为许敬宗拟定谥号时，最初定为“缪”（意为“名与实爽”，即名不副实），后因唐高宗干预才改为“恭”。
后世史学家称许敬宗为“千古阴人”，《旧唐书》中评价他“为子娶妇，受钱数十万，为女适人，费数百万，规求无厌，臧货盈积”，《新唐书》将他列入《奸臣传》，称他“构陷无忌、遂良，杀之，天下冤之”。