公元372年，春，二月，秦以清河房旷为尚书左丞，征旷兄默及清河崔逞、燕国韩胤为尚书郎，北平阳陟、田勰、阳瑶为着作佐郎，郝略为清河相，皆关东士望，王猛所荐也。
三月，司马昱遣侍中王坦之征大司马桓温为丞相，入辅朝政，桓温再次拒绝。
六月，癸酉，秦以王猛为丞相、中书监、尚书令、太子太傅、司隶校尉，特进、常侍、持节、将军、侯如故；阳平公融为使持节、都督六州诸军事、镇东大将军、冀州牧。
很快，由于桓温残酷镇压异己，庾希、庾邈与故青州刺史武沈之子遵聚众夜入京口城，晋陵太守卞眈逾城奔曲阿。希诈称受海西公（司马奕）密旨诛大司马温。建康震扰，内外戒严，卞眈发诸县兵二千人进攻庾希，庾希大败，闭城自守。
桓温命冠军将军慕容德率骁骑、游击二军攻打京口，秋，七月，壬辰，拔其城，擒希、邈及其亲党，皆斩之。
司马昱虽处在帝位，垂拱无为、持守常道而已，常惧废黜，也因而忧愤得病。
七月甲寅，司马昱病重紧急征召大司马桓温入朝辅政，一天一夜接连发出四道诏令，桓温推辞不来。己未（二十八日），立司马昌明为皇太子，这时，他已经十岁了。任命司马道子为琅邪王，兼领会稽国，以尊奉帝母郑太妃的祀位。
简文帝下达遗诏，曰：“朕体渐不支，国事繁重，赖大司马桓温，忠贞体国，宜仿先贤周公之制，暂摄宸纲。皇太子幼冲，望卿等悉心辅弼，成其德业。若太子不足以承宗庙之重，卿可自为社稷计，勿使神器旁落。朕言出于衷，卿其勉力行之。”
消息传到前朝，此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立。
王坦之心忧如焚，手持诏书，疾步趋入皇宫，面见简文帝。殿内气氛凝重，烛光摇曳，映照出简文帝苍白的面容与疲惫的眼神。
王坦之跪拜行礼后，沉声道：“陛下，臣有要事上奏，关乎社稷安危，万望陛下垂听。”
简文帝微微抬手，示意王坦之平身并言：“卿有何事，但说无妨。”
王坦之起身，手持诏书，目光坚定：“陛下，此诏书言辞虽切，然其中‘若太子不足以承宗庙之重，卿可自为社稷计’一句，实乃授人以柄，恐生不测。大司马桓温虽忠勇可嘉，然权柄过重，若再加以摄政之权，恐非社稷之福。”
言罢，王坦之竟不顾一切，毅然决然地将手中诏书撕为两半，以示决心。他继续说道：“陛下，自古以来，权臣摄政，鲜有善终。况太子年幼，正需我等忠心之臣共同辅佐，方能稳固朝纲，绵延国祚。
简文帝闻言，神色凝重，长叹一声曰：“天下者，岂非天意所归，因缘际会乎？卿又何所憾焉！”王坦之闻言，正色以对，言辞恳切：“陛下明鉴，天下乃宣帝、元帝开创之基业，非陛下一人之私产。陛下应以社稷为重，岂可轻言独断？”
简文帝闻其言，略作沉吟，终觉有理，遂令王坦之修正诏书内容。王坦之领命，挥毫泼墨，润色文章，诏书遂改为：“朕疾笃难支，虑及宗族国家之事，实赖大司马桓温忠贞辅佐。自今而后，一应朝政，皆委之桓温，仿效昔日诸葛亮、王导辅政之旧例，共图国是，以安社稷，望卿等悉心协力，勿负朕意。”
司马昱看过诏书后突然升起一股雄心壮志，他抓着王坦之的手：“何人可托付大事。”
王坦之知道这是最后的时间了，当即道：“尚书仆射王彪之、谢安谢安石皆可托付大事。”
“传旨，诏王彪之、谢安还有太子即刻入宫。”
……
司马昱眼中闪烁着前所未有的光芒，仿佛回光返照般，他紧紧握住王坦之的手，那份坚定与信任让王坦之心生敬意。随着宫门外的传令官应声而去，殿内只剩下两人急促而沉重的呼吸声。
不久，宫门被轻轻推开，尚书仆射王彪之与谢安还有太子司马曜匆匆步入，他们的脸上写满了对皇帝病情的担忧以及对即将被召见的疑惑。二人行礼毕，司马昱强撑病体，目光如炬地扫视着他们，仿佛要将所有的期望与重托都凝聚在这一瞬。
“朕自知时日无多，国家之事，非卿等不能托付。”司马昱的声音虽弱，却字字千钧。“王彪之，你素来持重，政务娴熟；谢安，你才华横溢，谋略过人，朕知你素有远志；王坦之也有才干，朕命你们辅弼太子，总揽朝政，务必使国家安定，百姓安居乐业。”
司马昱渐渐声音弱了下去：“朕……将太子，交……于你们！”
……
“皇帝大行！”
……
三人慢慢走出内殿，群臣已经得到皇帝驾崩的消息，都在这里等待。但群臣中仍有慑于桓温淫威的人提议：“当须大司马处分。”出身琅琊王氏的尚书仆射王彪之正色说：“天子崩，太子代立，大司马何容得异？若先面谘，必反为所责。”
最终皇太子司马曜登基为帝，崇德太后又以司马曜年幼，又在为大行皇帝服丧为由，再次命桓温行周公居摄故事，
就在晋诏书既下，朝野哗然。尚书仆射王彪之，深谙朝政之要，知晓此举非同小可，乃挺身而出，据理力争。他言辞恳切，对太后曰：“陛下慈念幼主，欲以周公之礼加于大司马，其情可悯，然此事关乎国体，非同儿戏。大司马桓温，虽忠勇无双，然权柄之重，非可轻授。昔周公摄政，乃因成王年幼，且周公乃武王之弟，血脉相连，方得人心。今大司马虽功高望重，然非宗室至亲，骤然行此非常之事，恐引起朝野非议，使万机停滞，更兼大行皇帝陵寝之事，亦将因此稽延，有违孝道，臣实未敢轻易奉令。故斗胆将诏书封还，望太后三思而后行。”
王彪之之言，字字珠玑，句句在理，其言辞之恳切，态度之坚决，令众人无不动容。崇德太后闻之，亦感其诚，遂召集群臣，共议此事。最终决定暂缓行周公居摄之议，改由王彪之、谢安等重臣辅政，共保幼主，以安天下。
晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。
孝武帝司马曜刚继位三个月，就发生了道教徒卢悚率众三百人攻入建康殿庭，掠取武库兵器，欲复辟海西公司马奕的变乱。但是很快被慕容德指挥中军扑灭，此乱矛头直指桓温，客观上增加了王、谢等士族抗拒桓温的效果。