没有再出去乱逛，余晖终于又和家人待在了一起，自己虽然制定了庇护所空间的后续发展方向，但是在管理上依旧属于是小白一个，所以很快余晖就变成了一个无所事事的甩手掌柜，开始每天在庇护所空间的几个区域闲逛起来。
别说！他们整个家族除了余晖自己外，似乎所有人在管理上都有着自己独特的见解，甚至连余晖的女儿也死缠烂打的找余晖要到了异兽区域的管理权限（所谓的异兽区域就是当时为了让女儿有人陪玩，余晖从动物园里弄来的那些变异动物生存的区域，后续余晖只要发现长相比较顺眼的变异动物，就会把这些动物弄进去，再加上这些变异动物的自我繁育，所以现在这片区域生活的变异动物数量已经达到了几百万只，于是余晖大手一挥，直接划了差不多相当于十个地球总面积的区域作为这片异兽的生活区域），并在帝江和飞熊的帮助下，居然把这片区域管理得井井有条。
至于自己老爸老妈、老丈人、丈母娘和老婆管理的区域，同样也是管理的非常好，而将表弟表妹两家人全都弄回庇护所以后，他们也得到了各自需要管理的区域，当然鉴于表弟和表妹年富力强，学历还高，所以这两位不但有自己管理的区域，还需要参与到整个庇护所空间的后续发展中，所以这段时间表弟和表妹差不多忙的是脚不沾地。
至于被自己收服的那些势力，鉴于这些势力虽然收复了，但是收服并不是臣服，余晖也不打算非要让这些势力完全听从自己的命令，于是直接划了一片差不多相当于五个地球总面积的区域给这些势力，让这些势力在这片区域里自行发展，至于最后发展成什么样，他就懒得去管了，反正划给他们的区域够大，内部资源甚至比地球上的还有丰富几十倍，各势力之间相隔的距离也不近。余晖估计这些势力起码要安安心心的发展几百上千年才有可能会彼此接触，至于后续是否会因为资源发生战争，余晖才懒得去管，反正每片区域之间可是有阻隔的，就算一个区域里打的热火朝天，也不会影响到其他区域。
这一次余晖足足在庇护所空间里待了三年时间，在这三年中，庇护所空间的人气增加了不少，因为地球上华夏国大部分有智慧的生命都被余晖用各种各样的手段吸纳了不少，所以现在地球上特别是华夏国区域别说新人类了，就算是有智慧的变异人和变异生物也少得可怜了，大多数城市已经十室九空了。而这些进入到庇护所空间的新人类和变异人也在这三年中，将各自的区域发展了起来，虽然不管是新人类还是变异人的实力都远超大灾变之前的人类，但是大多数新人类还是选择了大灾变之前的生活方式，毕竟大灾变发生的时间并不长，大多数新人来依旧还是怀念以前的那种平平淡淡却安全的生活方式。至于变异人则选择融入自然的生活方式。余晖断定随着时间的流逝，新人类和变异人最终会发展出两种完全不同的文明。
而在这三年中，兽人世界也被余晖收容到了庇护所空间，兽人们在庇护所空间内分到了一块远比兽人世界大上十倍的空间，资源更是兽人世界的百倍以上，在如此广袤的空间中，加上又有丰富的资源作为后盾，兽人的发展速度远远超过了新人类以及变异人。同时木灵世界中的生命种族也迁徙了大半到庇护所空间中（剩下的主要是树灵一族，他们的移动速度实在太慢了，根据余晖推测，这些树灵想要全部迁徙到庇护所空间，至少还需要三十年，至于古树想要迁徙到庇护所空间，时间绝对是按照百年来计算）
三年中，余晖最早的那批员工早就成为了庇护所空间的管理层，他们的任务就是协助余晖和他的家人们统筹管理整个庇护所空间，当然其实力也得到了质的飞越，除了在日常协助管理庇护所空间的日常事务，这些老员工们还有一个任务，那就是尽可能在华夏的土地上收罗落单或者规模较小的新人类聚居区，当然在收罗的过程中也遇到了一些已经失去了底线的新人类，当然这些已经失去了作为人类基本道德底线的人渣差不多都被这些老员工们给处理掉了，当然在进入庇护所空间的新人类中也有这样的人，不过在庇护所空间系统的监控下，这些人基本上都无声无息的消失了。
同时在世界的其他地方，一个个隐秘的传送通道出现了，从这些隐秘通道中走出来的新人类一个个都无比的强大，他们只有一个任务，那就是收罗流落在外邦的华夏子民，并将其收罗到庇护所空间里，当然那些外黄里白的家伙并不在收容范围内，既然在骨子里已经不承认自己是华夏子民了，收容到庇护所空间反而是件麻烦事儿。
而在这个过程中，余晖做了一件他一辈子都想做的事情，那就是亲自到了东边的那个岛国，虽然他很想亲自动手把这个岛国里还残留的人形生物给全部灭掉，但是在思考了良久后，还是觉得有些太便宜他们了，于是他在这个岛国找到了一个变异动物的聚居区，再将这些变异动物的实力全都提升到二十五级以上后（这个岛国因为资源极为缺乏，所以就算大灾变已经过去好几年了，其新人类的最高实力也不过二十五级左右），许诺只要他们在五年内慢慢的将这个岛国残留下来的人形生物虐杀掉，五年后他会将这些变异动物收容到庇护所空间内，在离开这个岛国前，余晖用自己的空间之力震荡了这个岛国最大的火山内部，但是却没有让其爆发出来，反而在震荡后将其封印在地底深处，带五年后封印消失才会爆发，根据余晖的推测，当这处火山爆发后，这个岛国将会从整个地球上消失，永远的消失。