希腊因其地形复杂，许多城邦都被高山隔断，相互之间就只有一些小路相连，所以很多希腊城邦都十分“夜郎自大”。在希腊本部、爱琴海的海岸和各岛屿上，一共兴起了几百个城市国家，他们之间也互相征伐。其中就以雅典和斯巴达两个城邦实力最为强大，斯巴达陆军实力强劲，而雅典则海军强大。
居鲁士大帝在击败吕底亚王国之后，就兵分两路，一路他自己亲率主力横扫帝国东部，另一路则是对小亚细亚半岛西岸的沿海希腊城邦进行征伐，到了大流士一世时期，波斯帝国已经控制了黑海海峡和色雷斯地区了，严重威胁着希腊本部城邦。到了公元前500年，小亚细亚半岛西岸的爱奥尼亚城邦发动起义抵抗波斯帝国，并向斯巴达和雅典等城邦求援，最终只有雅典和埃雷特里亚两个城邦出兵援助。坚持了五六年，最终爱奥尼亚城邦的起义被强大的波斯人无情镇压。
大流士一世早就想打希腊了，趁着这次希腊人暴动为由，指责雅典干涉波斯内政，于是准备征伐雅典。波斯人使出狡猾的外交手段，告诉其他希腊城邦，我们只打雅典和埃雷特里亚，其他无关的城邦不要扯进来了。
公元前492年，大流士一世集结了两万五千的陆军和海军，度过赫勒斯滂海峡沿色雷斯海岸向希腊推进。海军舰船在阿托斯海角遭遇飓风，大部分船只遭到覆灭，陆军也一直受到色雷斯人的袭扰，波斯人的第一次入侵就这样无疾而终了。两年后，大流士一世卷土重来，这次集结了5万大军和战舰400艘。大流士一世这次首先攻占了埃雷特里亚城邦，然后在距离雅典40公里的马拉松平原登陆。
马拉松，这个名字大家相信很熟悉了，马拉松长跑运动就是来源于这次的马拉松战役。为了抵抗波斯人，雅典派出了长跑健将斐力庇第斯星夜兼路，向斯巴达求援，这次斯巴达同意出兵，但是必须得等过了月圆之后的吉日才能出发。月圆之后，战争都结束了，所以靠谁都靠不住，雅典人只好自己组织力量，集结了1万重装步兵，在马拉松提前占据有利地形，静静等待波斯人的到来。
战争一触即发，雅典人采取了诱敌深入的策略，让波斯人的主力部队孤军深入，然后在两侧布置的精锐部队趁着波斯骑兵还未到达战场的时机，合围了波斯主力，取得大胜，同时波斯海军也被雅典海军阻挡，不能取得进展，大流士看事不可为，只能下令撤退了。马拉松战役取得大胜后，斐力庇第斯极速跑了42.193公里向雅典城邦传送捷报：“我们胜利了！”然后就倒下了，再也没能起来。为了纪念这次胜利，诞生了马拉松长跑运动。
两次征伐希腊的失败，成为了大流士一世这位铁血帝王一生的遗憾，不久之后就抑郁离世了，接替大流士一世王位的是他的长子薛西斯一世。虽然两次败于希腊，波斯帝国的实力还是十分强大的，薛西斯一世力排众议，决意攻打希腊，以弥补父亲的遗憾。薛西斯一世首先镇压了埃及人的暴动，而对希腊，他进行了两手准备，在大军出发之前派出使者，让希腊各个城邦臣服于波斯，但是向往自由的希腊人拒绝了，得到答复后，薛西斯一世集结了25万大军以及战舰1000艘，于公元前480年春，海路和陆路两路大军同时侵略希腊，准备一举灭亡希腊。
面对如此强大的波斯人，欧洲文明的起源：希腊已经到了生死存亡的时候了，此时的希腊各城邦团结一致，结成联盟，斯巴达成为盟主。波斯大军从东往西沿着北希腊，一路征服，到了奥林匹斯山脉后，兵峰向南，直指雅典。作为此时的希腊陆军元帅，斯巴达国王李奥尼达斯亲率300名斯巴达勇士以及其他城邦的7000名士兵赶赴温泉关，在这里抵御波斯人的入侵。
温泉关易守难攻，波斯人两天的进攻就损失了两万人，进退两难，正当一筹莫展的时候，希腊出现了叛徒，带着波斯人从一条小路绕到温泉关之后，把希腊人包了个饺子。李奥尼达让其他城邦的士兵先行撤退，他则率领着300斯巴达勇士誓死抵御波斯人，最终全部战死，壮烈牺牲。为了纪念这一可歌可泣的历史事件，美国人拍摄的于2007年上映的《斯巴达300勇士》主要描述的就是这场惨烈的温泉关战役。
温泉关的抵抗，为希腊人赢得了宝贵的撤退时间，希腊人战略性撤退，当波斯大军来到雅典时，得到的只是一座空城，满腔怒火的薛西斯一世下令摧毁雅典神庙，焚烧城市，这一举措，也为今后波斯帝国的灭亡埋下了伏笔。
此时，希腊有一个预言：希腊的命运要靠木墙才能拯救!雅典海军统帅提米斯托克利对大家说，预言的木墙，指的就是海船，希腊只有在海上击败波斯才能迎来曙光，大家接受了这个解释，一场决定希腊命运的海上大战即将拉开帷幕，这场即将到来的海战，史称萨拉米斯海战。
波斯集结了1000多艘战船浩浩荡荡的驶入了萨拉米斯海峡，完成了对希腊战船的包围。300艘希腊战船利用萨拉米斯海湾狭窄的地形，他们的小船具有灵活机动的优势，勇敢的冲击波斯大船的侧翼，经过8小时的激战，奇迹般的战胜了波斯船队。薛西斯一世在岸边全程目睹了这场海战，波斯船队战败后，他担心后路被希腊人切断，仓皇逃回了北希腊。萨拉米斯海战是波希战争的转折点，希腊人开始转守为攻。
第二年，斯巴达人率领希腊联军于普拉提亚附近与5万波斯军队进行会战并取得了决定性胜利。此后希腊开始逐渐掌握主动，不断收复之前被波斯人侵占的北希腊和小亚细亚西岸的希腊城邦。直到公元前449年，希腊人在塞浦路斯岛击败波斯人，双方在波斯首都苏萨谈判并签订了《卡里阿斯和约》。和约规定：波斯放弃对爱琴海及黑海出海口的控制，并承认小亚细亚西岸希腊诸城邦的独立地位。自此，希波战争宣告结束。
波希战争是历史上第一次的东西方文明的激烈碰撞，大大的促进了东西方文化的交流，打破了东西方几乎隔绝的局面，推动了人类的社会发展进步，同时希腊的胜利使得西方文明得以保存并发扬光大，成为日后西方文明的基础。