小圆在中学见到了一头黑发披肩直发的女孩晓美焰。晓美焰说，小圆，你永远不要忘记做现在的自己。小圆很疑惑，晓美焰好像在哪里见过。
救救我，救救我。一只白色的，两只眼睛红色的生物出现，晓美焰黑洞洞的枪囗对着它。小圆大喝一声：住手，美树沙耶香和小圆共同用灭火器抵挡了晓美焰，救下了丘比。
接着，一头金发的巴麻美邀请了沙耶香和小圆一起共用西餐，透露了自己是魔法少女的事实，自己的双亲在一场车祸中去世了，而自己在那场车祸中由于向丘比许下了活下去的愿望才得以活着。
接着，小圆和沙耶香观看了巴麻美的魔法少女工作，精美的枪械在半空中飞舞，巴麻美最后变出一个大炮击杀了魔女，正准备收工时，巴麻美的头被魔女咬掉了，血淋淋的一幕酪印在小圆心中。
美树沙耶香的青梅竹马双手失去了弹奏能力，为此美树沙耶香向丘比许了愿望，希望青梅竹马的双手能治愈。愿望实现了，但那个男孩爱上了别的女孩。沙耶香因为过于悲伤堕落成了魔女。小圆这才明白原来魔法少女最终都会变成魔女，是丘比欺骗了她们。
魔女之夜来临，晓美焰孤军奋战，用手中的时间之盾储藏了大量军火，还是敌不过魔女之夜。这时，小圆向丘比许愿，希望过去、现在、未来，任何一个时空魔女在诞生之前都被消灭。原来晓美焰数次用时间之盾轮回只为救自己，经过多次因果的积累，小圆终于成了神。
伊莉雅是圣杯的容器，她认识了另一个世界的圣杯容器美游，两人共同收集英灵职阶卡。伊莉雅有丰富的想象力，她相信魔法少女的存在，而美游的知识很丰富，她不相信。在迦勒底聚集了不少科学家和魔术师，他们穿越每一个历史特异点，收集那个世界的圣杯。圣杯被誉为实现一切愿望的神器，每一个时代的文明都是灿烂而辉煌的，因为人类用自己的双手一步一步实现愿望。伊莉雅和美游也去迦勒底，见证每一个时代的文明。伊莉雅和美游附身到每个英灵身上，感受那伟大的灵魂。
小狼和木之本藤隆是考古挖掘队，有一天在考古时与小樱约会玩耍，突然间小樱身上所有的羽毛被取走了，小樱陷入了昏迷。小樱的羽毛在每个时空都有强大的力量。
壹原侑子和库洛里德复制了2个创世神黑白摩可拿，让小樱和小狼踏上寻找羽毛的时空之旅。在另一个时空的小樱拥有库洛牌，而这个小樱没有力量，只有治疗能力。但小樱在旅馆打工，用她的笑容感染每一个人。在寻找羽毛的各个时空中认识形形色色的人。小樱再次遇到了知世，只不过这个时空的知世和小樱一样是公主。