灼热的阳光毫无遮拦地洒落，海风带着咸湿的热气扑面而来。刚踏上苦橙岛的土地，小智就忍不住扯了扯已经被汗水浸湿的衣领，大声抱怨道：“好热啊！这也太热了吧！”
小霞张开双臂，享受着阳光与海风，一脸陶醉：“你在说什么傻话？天气这么好，海水这么蓝，这才是度假该有的样子啊！”
小智的目光被一旁蔚蓝清澈的大海吸引，眼睛一亮：“说起来，我们要不要先去游一下？看起来超舒服的！”
“先把正事办好了再说吧。”水奈的声音从旁边传来，带着一贯的冷静，她拿出纸巾轻轻擦拭着额角的细汗，“拿到精灵球，联系上大木博士之后，随你怎么游。”
小智这才恍然，拍了拍脑袋：“是哦！差点忘了正事！”
一行人沿着道路往前走，终于看到了人烟和建筑物。小霞看着周围陌生的环境，疑惑道：“内木博士的研究所在哪里啊？”
几人面面相觑，他们只有个大概地址，并不熟悉岛上的布局。
“看！是宝可梦中心！”小智眼尖地指向前方那栋熟悉的建筑。
小刚摸着下巴，好奇道：“说起来，橘子群岛的宝可梦中心，也是乔伊小姐在管理吗？”
答案很快揭晓。走进宝可梦中心，柜台后站着的那位粉发护士，不是乔伊小姐又是谁？
“欢迎来到宝可梦中心！”乔伊小姐微笑着问候。
小刚立刻双眼放光，一个箭步冲上前，深情地握住乔伊小姐的手：“太棒了！太感动了！在这南国的岛屿上也能见到您！请问您是哪个地方的乔伊小姐的亲戚？”
乔伊小姐似乎对这种场面见怪不怪，保持着职业微笑：“我是浅红市乔伊姐姐的表妹。你们是第一次来这座岛吗？”
“是啊！我们才刚刚到达这座岛，就被……”小刚话还没说完，就被小霞一把捏住耳朵拽了回去，“疼疼疼！”
水奈无奈地摇了摇头，走上前，礼貌地询问：“乔伊小姐，请问内木博士的研究所在哪里呢？”
乔伊小姐友善地往外面一指：“就是前面的那条路，笔直走到底的大型白色建筑物就是了。”
按照指示，众人很快找到了那栋显眼的白色建筑。走进研究所大厅，里面却空无一人。
“有人吗？请问有人在吗？”小智喊道。
突然，旁边的一块地板被顶开，钻出三个长得一模一样、戴着相同款式眼镜的小女孩，齐声问道：“请问有什么事？”
小刚问道：“初次见面，请问内木博士在什么地方呢？”
小智补充道：“我们是受大木博士所托来这里取东西的。”
三个小女孩对视一眼，其中一人回答道：“博士的话，在后面的海湾照顾宝可梦呢。”
跟着这三个活泼的小女孩，众人来到了研究所后方一片美丽的海湾。只见一个留着紫色短发、身穿泳衣、身材姣好的女人，正站在及腰深的海水里，轻柔地抚摸着一条巨型暴鲤龙的下颚。她的旁边，还围绕着刺甲贝、蚊香蛙等水系宝可梦，气氛和谐。
小智惊叹道：“真厉害！个性凶暴的暴鲤龙竟然那么听话！”
小刚则捂住胸口，一副深受震撼的样子：“我……我也想接受她的宠爱……”
三个小女孩齐声喊道：“博士！大木博士派来的几位已经到了！”
水中的内木博士这才注意到岸上的人，她拍了拍暴鲤龙，乘着它回到岸上。三个小女孩立刻递上准备好的白大褂，内木博士随手披上，遮住了泳装，但依旧难掩其成熟知性的气质。她笑着看向众人：“初次见面，我就是内木博士。”
回到研究所内部，内木博士郑重地向众人展示了那个神秘的精灵球。只见精灵球的上半部分是独特的金黄色，上面似乎铭刻着模糊的字符。
内木博士解释道：“虽然有些不好辨认，不过可以看成是英文字母G和S，对吧？所以我们称它为——GS球。”
小刚想起大木博士的话，问道：“听说这个球没有办法传送？”
“是的。”内木博士对旁边的小女孩点点头，“打开传送开关吧。”
小女孩操作机器，传送装置的光芒亮起，然而放在正中央的GS球却纹丝不动，毫无反应。
内木博士摊手道：“当然，我们也试过各种其他办法了。用电锯、铁锤、撬棍、线锯、钻孔器，甚至用了激光枪……但它依然完好无损。实在是个伤脑筋的精灵球啊。我想这种情况，果然应该交给宝可梦界的巨匠——大木博士处理，所以就请各位大老远的过来了。”
她拿起GS球，郑重地递给小智：“那么小智，接下来就拜托你了。”
小智小心翼翼地接过这颗沉甸甸、蕴含着未知谜题的金色精灵球，用力点头：“放心吧，博士！我一定会把它安全交给大木博士的！”
紧接着，小智就给大木博士打去了电话。屏幕那头出现大木博士熟悉的脸庞。
“哦？这不是小智吗？已经到内木博士那里了？”
“大木博士好！我现在已经在内木博士这里了！”小智说完，掏出GS球给大木博士展示。
内木博士凑到镜头前，笑道：“是我给它取的名字哦，GS球。”
大木博士看到内木，立刻热情地寒暄起来：“是内木啊！上一次你在《宝可梦研究月刊》上面发表的《宝可梦之地域差异与适应性的中期报告》，我拜读的时候觉得实在是太精彩了！”
内木博士也笑着回应：“我也是，博士您写的那篇《宝可梦与人的共存话题探讨系列》，我拜读的时候也是非常感兴趣呢！”
两位博士显然遇到了知音，开始就学术问题热切地交流起来。小智在一旁等得有些心急，轻轻打断道：“那个……请问你们还要聊很久吗？……”
内木博士这才反应过来，歉意地笑了笑：“说的也是，对不起。那么大木博士，剩下来的就劳烦你了。”
大木博士信心满满：“没问题，交给我吧，我尽力试试好了。”
小智挥挥手道：“那博士，你就等我吧！”
“好，你可要平平安安的回来。”大木博士叮嘱道。
通话结束，内木博士带着众人往研究所的后院走去。说是后院，眼前却是一片广阔无垠、生机勃勃的森林。
小刚惊讶道：“这整个地方……都是庭院吗？”
内木博士自豪地点点头：“没错。为了正确地观察宝可梦的生态，必须有这么大的地方才可以。”
小霞这时候走到一旁，看见一朵巨大的、带有鲜艳花纹的花，感叹道：“不愧是南国，连花都这么鲜艳！”她正想凑近闻一闻，没想到那朵“花”突然动了起来，走了出来——竟然是一只霸王花！
小智立刻掏出图鉴：“是霸王花啊……可是颜色跟花样都跟图鉴上的不一样。”
这时，那三个小女孩推来一车香气扑鼻的宝可梦食物。内木博士介绍道：“这是我们特别精心调制的宝可梦食物。”
仿佛是闻到了食物的香气，周围的树丛、岩石后，一下子涌出了许多宝可梦。它们都与小智图鉴上显示的普通形象有着明显的差异，有的颜色不同，有的形态略有变化。
水奈疑惑道：“它们……是这个地方特有的品种吗？”
内木博士蹲下身，温柔地抚摸着正在进食的宝可梦，解释道：“这也是我的研究主题之一。这里是距离你们居住的城市非常远的南方小岛，由于气候、风土、环境的不同，宝可梦会有着微妙的差异。而我亲身饲养它们，就是为了把环境导致的宝可梦差异给数据化。”
小刚敬佩道：“那么这里的宝可梦，全是博士您饲养的吗？”
内木博士笑道：“没错，大家都是我非常可爱的孩子呢。”
小霞感叹道：“好棒啊！我也好想收服这座岛上的水系宝可梦带回去！”
小智也兴奋地看向肩头的皮卡丘：“说不定连皮卡丘也有南方小岛类型的呢！”
就在这时，一个小女孩走到内木博士面前，担忧地说：“那个……博士……”
内木博士顺着她的目光看向一棵树，只见一只翅膀呈现出独特淡黄色的巴大蝴无精打采地站在树枝上。内木博士叹了口气：“又来了……真伤脑筋。”
小智等人急忙过来询问怎么了。
内木博士解释道：“这个孩子它一直都不太吃东西，我们试了很多种食物配方，它都不怎么感兴趣。”
小刚见状，走上前，拿起那盘特制的宝可梦食物，用手指沾了一点放入口中尝了尝。他若有所思地点点头：“我知道了！”说完，他转身就跑，“我马上就回来！”
只见小刚迅速在附近的树果丛中摘取了好几种不同的树果，然后熟练地拿出自己的工具，开始现场制作宝可梦食物。小女孩好奇地问：“你在干嘛？”
小刚一边忙碌一边回答：“只是靠数字来调配营养成分的食物，宝可梦也不会认可的。最主要的是口味！对人类来说，也有好吃跟难吃之分吧？”
内木博士表示赞同：“话是这么说没错，可是你能够了解宝可梦喜好的口味吗？”
“请看好吧！”小刚将做好的、散发着诱人香气的食物放在树下。那只黄色的巴大蝴动了动触角，似乎被香气吸引，犹豫了一下，终于飞了下来，开始津津有味地吃了起来！
内木博士惊讶地捂住嘴：“真是了不起啊！”
小刚笑着解释：“这只巴大蝴比较喜欢偏甜的口味，所以呢，我就把带有甜味的树果多掺杂了一些进去。”
内木博士有些惭愧地笑道：“我真感觉有点惭愧啊。虽说是研究者，却没有像你那样替宝可梦着想。”
小智与有荣焉地笑道：“小刚的志向可是成为世界第一的宝可梦培育家呢！”
三个小女孩立刻崇拜地围住了小刚：“请你也教我们宝可梦喜欢的口味好不好？拜托你了！”
这时，其中一个小女孩像是想起了什么，问道：“那个……请问你一个没有关联的问题……该不会，你对人的口味也……”
小刚疑惑：“人？”
小女孩们互相看了看，然后拉着众人来到了内木博士的住所。一打开门，众人都被眼前的景象惊呆了——房间里堆满了脏衣服、没洗的碗碟、散落的书籍资料……简直无处下脚。
内木博士尴尬地笑道：“抱歉……我们除了做研究之外，对别的事情完全没有兴趣……”
小智和水奈看着这堪比灾难现场的屋子，嘴角忍不住抽了抽：“可是……这样子也太……”
然而，小刚的身体却开始兴奋地抖动起来，眼中燃起了熟悉的火焰：“烧饭、洗衣服、打扫、丢垃圾……好久没有机会大展身手了！这一切就全部包在我身上吧！”
只见他系上围裙，如同旋风一般行动起来，分类、清洗、整理、打扫……动作行云流水，效率高得惊人。没过多久，原本杂乱无章的房间就被收拾得焕然一新，窗明几净，物品摆放井然有序。
到了夜晚，累了一天的水奈和小智早早就睡下了。然而研究所外，内木博士和三个小女孩还在夜间观察那只特殊的霸王花。只见霸王花在自己的地盘上不断散播着花粉，似乎在警告其他宝可梦不要靠近。
小刚贴心地准备了宵夜饭团送过来：“博士，我准备了宵夜。”
内木博士笑着接过：“谢谢啦，小刚。”
众人继续观察着。突然，一只拉达不小心闯入了霸王花的领地，吸入了大量花粉，立刻变得晕头转向，在原地打转。内木博士见状，急忙冲过去想要救出拉达，但自己也吸入了不少花粉，顿时感到头晕目眩。
小刚赶忙上前帮忙，两人合力才将晕乎乎的拉达从花粉范围内拖了出来。内木博士强忍着不适，对小女孩们说：“立刻去联络宝可梦中心！”
宝可梦中心里，被紧急叫醒的小智、小霞和水奈还一脸困倦。小智打着哈欠道：“我们睡觉这段时间，好像发生了很多事啊……”
好在经过乔伊小姐的及时处理，吸入花粉的内木博士和拉达都没有大碍。
第二天清晨，小智和水奈向内木博士道别，准备返回真新镇。
小刚却表示：“我想留下来。这个地方可以看到很多宝可梦的新面貌，身为训练家以及培育家，这个地方特别激起我的兴趣。我想帮助博士进行研究，也能学到更多关于宝可梦生态和口味的知识。”
小霞也点点头：“这里也有很多独特的水系宝可梦呢，我也想留下来帮助博士他们，顺便多观察了解一下。”
小智虽然有些意外，但还是理解地笑道：“是吗？那么，再见了，小刚、小霞！”
小刚和小智，这对一起旅行了许久的伙伴，用力地碰了碰拳。小刚郑重道：“加油啊，小智！”
水奈和小霞也拥抱了一下。小霞凑到水奈耳边，狡黠地眨了眨眼，用只有两人能听到的声音说：“要把握住机会哦~”
水奈的脸颊瞬间浮上一抹红晕，轻轻推了小霞一下，低声道：“胡说什么呢……”
带着GS球和小刚小霞的祝福，小智与水奈再次踏上了旅程。
两人沿着来时的路往回走，却在码头附近遇到了两个穿着飞行员制服的人，热情地招呼他们乘坐小型飞行器。
“两位是训练家吧？我们的飞行器正好有空位，可以带你们一程哦！”武藏假扮的飞行员笑着说道。
小智有些心动：“真的吗？那太好了！”
水奈则觉得有些突兀，微微蹙眉：“我们……”
还没等她说完，小次郎就上前半推半就地拉着两人上了飞行器：“别客气嘛，很快的！”
他们没注意到，一只粉红色的胖丁，也偷偷跟着溜进了飞行器。
飞行器起飞后，小智还傻乎乎地问：“喂，招待呢？有什么吃的吗？”
这时，武藏和小次郎走了过来，脸上露出了熟悉的坏笑：“闭嘴，小鬼头！”说完，他们按下按钮，一座铁笼从天而降，将小智、水奈和皮卡丘困在了里面。
小智用力摇晃着栏杆：“这什么东西啊！快放我们出去！”
火箭队三人组扔掉伪装，摆出经典姿势，齐声念出开场白：
“既然你诚心诚意地发问了！”
“我们就大发慈悲地告诉你！”
……（省略）
水奈扶着额头，无语道：“你们能不能不要老是这样？很烦啊。”
武藏叉腰道：“闭嘴，小丫头！诶，你们另外两个人怎么了？”她注意到小刚和小霞不在。
小智刚想解释：“小刚小霞他们……”
小次郎自作聪明地打断，嘿嘿笑道：“我猜，你们是丢下那个家伙，两个人手牵手步上爱之旅了，是吗？”
小智和水奈下意识地对视一眼，随后两个人像被烫到一样，瞬间脸红得像熟透的番茄，猛地撇过头。
小智结结巴巴地反驳：“你、你们在胡说什么！”
水奈也强作镇定，声音却有点发飘：“就、就是！少胡说八道！”
然而他们这反应简直是不打自招。火箭队三人指着他们红透的脸，笑得前仰后合。喵喵更是笑得在地上直打滚：“喵哈哈哈！脸都变红了喵！”
武藏擦着笑出来的眼泪：“真是的，这两个家伙……”
小次郎也笑道：“好可爱的小子和小姑娘啊！”
小智恼羞成怒：“你们吵死人了！皮卡丘，用十万伏特打跑他们！”
“等一下！”武藏赶紧阻止，得意地指着操控台，“看清楚，这可是装满瓦斯的飞船！而且现在是在大海的上面！你要是敢让我们吃十万伏特的话……”
小次郎接话：“就粉身碎骨啦！”
喵喵威胁道：“爱惜性命的话，就把皮卡丘交出来吧喵！”
就在这僵持不下之际，躲在角落的胖丁忍不住跳了出来。
“波利~波利波~”它拿出麦克风，开始唱起了那首众所周知的催眠曲。
“啊！是胖丁！”小智和水奈同时惊呼，但已经来不及了。
悠扬的歌声在密闭的机舱内回荡。火箭队三人刚背上降落伞，还没来得及动作，就感觉眼皮沉重，武藏打着哈欠：“糟了……是胖丁……”话音未落，三人就靠着舱壁滑倒，睡着了。
小智和水奈也抵抗不住那强大的睡意，皮卡丘勉强挣扎了几下，最终也倒在笼子里，陷入了沉睡。
胖丁唱得正投入，没注意到小次郎在睡着时无意识地碰到了舱门开关。舱门猛地打开，强大的气流瞬间涌入！
“波利？！”胖丁吓了一跳，还没来得及反应，就被强大的吸力扯出了舱外。幸运的是，它正好落在了火箭队三人背着的降落伞上。胖丁抱着巨大的降落伞，晃晃悠悠地向着海面飘去。而火箭队三人则依旧沉浸在梦乡中，随着降落伞缓缓下降。
而笼子里，小智和水奈背靠着背，睡得正沉，对周围发生的一切浑然不觉。皮卡丘也蜷缩在小智腿边，发出了轻微的鼾声。这趟“二人”的返程之旅，开头就充满了意外的“惊喜”。