太子的旨意如同惊雷，瞬间传遍朝野。赵侍郎下狱，孙医正革职查办，林婉清临危受命，全权主持南城时疫防治。这石破天惊的消息，让原本暗流涌动的京城官场，骤然间风向大变。先前对林婉清和牛痘法嗤之以鼻、甚至暗中使绊子的官员，此刻要么噤若寒蝉，要么转而极力示好。太医院内，更是人人自危，又带着几分劫后余生的庆幸，对林婉清这位新任“疫区主事”的命令，再无人敢阳奉阴违。
然而，林婉清心中并无多少权柄在握的喜悦。她深知，这并非荣宠，而是沉甸甸的责任，是太子在巨大压力下给予的、也是她必须完成的信任。疫情仍在蔓延，每耽搁一刻，都可能有无辜的生命消逝。
接到旨意的当日，她并未在太医院多做停留，也谢绝了一切不必要的拜访和祝贺。她以最快的速度，重新整合了太医院可用的人手——剔除了孙医正的几个死党，提拔了几位在之前讲习中表现出色、踏实肯干的年轻医士，又从顾长渊暗中支持的势力中抽调了一些可靠的低阶官员和药工，组成了一支精干的核心团队。
随后，她带着这支队伍，携带着紧急调拨的药材、石灰、布匹等物资，径直出了京城，奔赴那片被死亡阴影笼罩的南城流民区。
再次踏入疫区，眼前的景象比夜探时更加触目惊心。白日下，破败的窝棚连绵成片，污水横流，空气中弥漫着浓烈的消毒石灰味与挥之不去的腐臭气息。官差的封锁线依旧存在，但气氛已从之前的蛮横镇压，变成了惶恐不安的戒备。流民们面黄肌瘦，眼神麻木中透着一丝绝望，看到身着官服的林婉清一行人，大多畏缩地避开，只有少数胆大的，眼中燃起一丝微弱的希望。
林婉清没有浪费时间安抚人心，她知道，行动比言语更有力。她立即在疫区边缘一处地势较高、通风良好的废弃祠堂设立了临时指挥所。
第一道命令，是彻底切断污染源。她亲自带人，在顾长渊派来的护卫协助下，不顾恶臭，监督官差和征召来的流民壮丁，将之前发现问题的水井彻底封填，并树立醒目标志。同时，组织人力从远处相对洁净的河流开挖引水渠，设立多个集中取水点，派专人看守，要求所有用水必须煮沸。
第二道命令，是重新划分隔离区域。她摒弃了孙医正之前粗糙的“重症轻症混居”模式，严格按照病情轻重、有无接触史，将流民区细分为“重症隔离区”、“轻症观察区”、“疑似症状区”和“未接触清洁区”。各区之间用石灰划线，搭建简易隔离障，严禁人员随意流动。此举起初遭到一些底层官吏和流民的抵触，认为太过麻烦，但林婉清态度强硬，言明“此乃军令，违者严惩不贷”，并派专人巡查，才勉强推行下去。
第三道命令，也是最重要的一步，是改变治疗方案。她根据济世堂验毒结果和病患实际症状，判断此次疫情主要为“腐毒内侵，湿热蕴结”，而非单纯的痘疹或痢疾。她重新拟定了方药，以清热解毒、化湿辟秽、扶正固本为主，大量使用黄连、黄芩、金银花、蒲公英等药材，并针对不同症状进行加减。熬药的大锅在祠堂前支起，日夜不停，药香逐渐驱散部分污浊之气。
然而，改革的阻力无处不在。一些被孙医正旧观念荼毒较深的医士，对新方将信将疑，执行起来拖泥带水；部分底层官吏阳奉阴违，克扣物资，欺压流民；更有甚者，流民中开始流传新的谣言，说林婉清是“灾星”，她一来就封井断水，是要逼死大家……
这日，林婉清正在重症区查看几名危重病患，亲自为他们施针缓解痛苦，忽听外面传来一阵喧哗哭闹。她皱眉走出，只见一群流民围住了分发粥棚，情绪激动，推搡着维持秩序的差役。
“凭什么不给我们粥喝！我们要饿死了！”
“就是！说什么隔离，分明是想饿死我们！”
“这新来的女官比之前的还狠毒！”
负责粥棚的小吏吓得面如土色，结结巴巴地解释：“是……是林大人的命令，发热、呕吐者，需……需单独用餐，以免传染……”
原来，林婉清为防止交叉感染，下令有症状者由专人送餐到隔离区，不得聚集领取。这本是合理措施，却被别有用心之人曲解，煽动成了“断粮”。
眼看场面即将失控，差役们已准备动武镇压。林婉清排开众人，走到粥棚前，目光平静地扫过激愤的人群，声音不大，却清晰地压过了嘈杂：“诸位乡亲，稍安勿躁。”
人群渐渐安静下来，所有目光都聚焦在她身上。
“隔离用餐，非为苛待，实为保护。”林婉清指着不远处几个奄奄一息的病人，“你们可知，疫病如何传播？正是通过共食、共饮、近距离接触！让病患与健康者一同领粥，无异于将毒药混入饭食！我下令分开，是要保住还能站起来领粥的你们！是要让你们家中的老人孩子，少一分染病的风险！”
她的话语直白而有力，戳中了众人最深的恐惧——家人安危。喧闹声小了下去。
林婉清继续道：“我知道大家饿，也知道大家怕。但恐慌和骚乱，救不了命，只会让疫情更糟！从今日起，粥棚供应加倍！但有症状者，一律由专人送至榻前！健康者，按区划、分批次前来领取，秩序井然者，另有预防药汤赏赐！若有人再敢散布谣言，煽动闹事，休怪律法无情！”
她恩威并施，既讲清了利害关系，又解决了实际困难（加供粥食），更给出了遵守秩序的奖励（药汤）。流民们面面相觑，躁动的情绪渐渐平息，开始有人主动维持秩序。
一场风波，消弭于无形。众人看林婉清的眼神，少了几分怀疑，多了几分信服。
夜幕降临，疫区暂时恢复了秩序。药棚的火光映照着忙碌的身影，煮沸消毒的烟气与药香混合，竟有了一丝令人安心的气息。林婉清回到祠堂改建的临时居所，已是身心俱疲。她摊开疫情记录册，借着油灯微光，仔细核对今日新增病患、用药反应、死亡人数等数据。
虽然困难重重，但她能看到一些积极的迹象：严格执行隔离和消毒后，新增病患的速度似乎有所放缓；采用新方治疗的轻症患者，病情稳定甚至好转的比例在增加；流民们从最初的恐慌抵触，开始逐渐接受并配合新的防疫措施。
然而，她不敢有丝毫松懈。重症区的死亡率依然很高，药材消耗巨大，人手依旧短缺，而潜在的敌人，或许正隐藏在暗处，伺机而动。
她提笔，开始起草给太子的第一份疫情简报，如实陈述现状、困难与初步成效。她知道，这份简报，不仅关乎疫情，更关乎她能否真正站稳脚跟。
写完简报，她吹熄油灯，和衣躺在简陋的床铺上。窗外，是疫区特有的、混杂着希望与绝望的寂静。她闭上眼，脑海中浮现出顾长渊临别时那双沉静而坚定的眼眸。前路漫漫，凶险未知，但她知道，自己必须走下去，也必须打赢这一仗。