“沧溟号”驶离星门暗域后，传承星图指引他们来到一片布满“能量晶核”的星域——这里的晶核如同悬浮的彩色宝石，散发着能滋养机甲的能量，可探测仪却显示，晶核群深处藏着幽影族残余的“暗蚀军团”。林夏盯着屏幕上的红点，脸色凝重：“舰长！暗蚀军团有三十艘改装战舰，还有数百名幽影战士，他们正在掠夺晶核能量，似乎在打造新的武器！”
云航刚下令备战，“凌霄”机甲的警报就突然响起——三艘幽影战舰突破晶核群的掩护，舰首主炮朝着“沧溟号”开火，暗红色光束带着晶核碎片袭来。苏晴立刻操控星舰侧身避开，同时启动主炮反击，白色光柱击中一艘战舰的侧翼，却被其表面的晶核护盾挡下。
“他们用晶核能量强化了护盾！”云航眉头紧锁，操控机甲弹射而出，量子长刀凝聚起源火种的金光，直劈最近的幽影战舰。光刃劈在晶核护盾上，金光与护盾的彩色能量剧烈碰撞，护盾出现一道裂痕。云航趁机钻进裂痕，机甲的推进器全力运转，撞向战舰的能源舱。
能源舱内，数十名幽影战士正用装置抽取晶核能量，看到云航袭来，立刻举起暗蚀步枪射击。云航侧身避开子弹，长刀横扫，金色光刃瞬间净化三名幽影战士。他冲到能量抽取装置前，将起源火种贴在装置上，金光顺着管线蔓延，装置瞬间报废，战舰的晶核护盾也随之消失。
“沧溟号”抓住机会，主炮连续开火，将失去护盾的幽影战舰彻底摧毁。可更多幽影战舰从晶核群中冲出，舰舱打开，数百名幽影战士骑着“晶核兽”跃出——晶核兽的躯体由暗紫色晶体构成，速度极快，口中能喷射晶核碎片。
“赵峰，带领僚机小队拦截晶核兽！”云航大喊着，操控机甲迎上冲在最前的晶核兽。他侧身避开晶核碎片，长刀劈向兽躯，却被晶体表面的能量反弹。晶核兽趁机用爪子抓住机甲的左腿，将其甩向一颗巨型晶核。
云航强忍撞击的剧痛，启动机甲的爆能模式，金色能量覆盖全身，挣脱晶核兽的束缚。他发现晶核兽的眼睛是弱点——那里没有晶体防护，立刻瞄准兽眼，将起源火种的能量注入激光炮，金色光束射中兽眼，晶核兽瞬间倒地，躯体化为碎片。
就在这时，暗蚀军团的旗舰缓缓驶出晶核群，舰首站着一名身披黑色铠甲的“幽影将军”，他手持暗蚀战刀，朝着云航喊话：“外来者，放弃抵抗吧！这些晶核能量会让我们重建幽影帝国，宇宙终将属于我们！”
幽影将军纵身跃下旗舰，战刀带着暗紫色能量劈向云航。云航举刀格挡，能量碰撞的冲击波震碎周围的小型晶核。两人在晶核群中激战，战刀与长刀不断交锋，金色与暗紫色光芒在晶核间穿梭，击碎的晶核碎片如同流星雨般散落。
激战中，云航发现幽影将军的铠甲缝隙中渗出晶核能量——他在强行吸收晶核能量增强实力，却导致能量紊乱。云航抓住机会，故意露出破绽，引诱将军挥刀进攻。当将军的战刀逼近时，云航突然侧身，长刀从铠甲缝隙刺入，金色能量瞬间引爆将军体内的晶核能量。
幽影将军发出一声惨叫，躯体化为飞灰。失去指挥的暗蚀军团陷入混乱，“沧溟号”趁机发起总攻，主炮与僚机的激光炮交织成火力网，幽影战舰纷纷被击落。当最后一艘战舰爆炸时，晶核群的能量不再紊乱，重新散发着柔和的光芒。
云航操控机甲回到“沧溟号”，看着舷窗外恢复平静的晶核星域，松了口气。林夏的声音传来：“舰长！传承星图显示，下一个坐标是‘时空枢纽’，那里可能藏着幽影族最后的秘密！”
云航握紧量子长刀，眼中闪过坚定：“不管是什么秘密，我们都要去揭开。彻底清除幽影威胁，不能给他们任何卷土重来的机会！”
“沧溟号”的金色引擎再次亮起，星舰朝着时空枢纽驶去。晶核星域的彩色光芒在身后逐渐远去，而新的战斗，已在前方等待着他们。