警署的法证部内，高彦博和古泽琛正对着一堆证物发愁。Joe的案件陷入僵局，四个疑犯——小敏、卿姨、Sue、Fanny，都有疑点却又缺乏直接证据证明谁是凶手。“Sue的指甲油和唇膏痕迹都出现在现场，但她坚称只是争执时遗留；Fanny承认案发当日去过现场，却说是去找Sue，没见到Joe；卿姨有动机却没有时间证人；小敏的供词又找不到破绽。”高彦博揉着眉心，将证物清单重新梳理。
古泽琛突然想起什么，拿出Sue的口供记录：“Sue提到她和Fanny是多年好友，可Fanny最近总是躲着她。会不会……”话没说完，两人对视一眼，同时想到了一种可能。他们立刻找到Fanny，经过耐心询问，Fanny终于崩溃，承认自己暗中与Joe拍拖，案发当日她去找Joe摊牌，两人发生争执，Joe情绪激动时不慎撞到旁边的货架，但她以为只是小伤，没在意就离开了。
“货架？”高彦博若有所思，两人立刻赶往案发现场，对着货架反复观察。随后他们前往商场，在乘坐扶手电梯时，古泽琛突然灵光一闪：“扶手电梯的台阶缝隙！如果Joe是撞到货架后失去平衡，头部卡在类似的缝隙中，会不会造成致命伤？”这个猜测让两人兴奋不已，立刻回到法证部进行模拟实验。
结合Fanny的口供和实验结果，真相逐渐清晰：Joe并非他杀，而是意外摔倒后头部卡在货架缝隙中，因失血过多和窒息失救而死。小敏发现尸体时过于慌乱，才做出藏尸的举动。这起看似复杂的凶案，最终以意外结案。
案件告一段落后，梁小柔因为一直保护胆小怕事的小刚，担心他长期压抑，便让古泽琛带他去酒吧放松一下。古泽琛因为临时处理证物迟到了一会儿，等他赶到酒吧时，却发现小刚不见了。四处寻找后，才在后巷找到被迷晕的小刚，旁边还散落着一张陌生女子的名片。
这事恰好被何永章撞见，他添油加醋地在警署宣扬，说古泽琛带新人去酒吧鬼混才出了事。梁小柔本就因为小刚的事自责，听到这些话后更是怒火中烧，找到古泽琛大吵一架，两人关系降到冰点。“你明知道他胆小，为什么不看好他！”梁小柔红着眼眶质问，古泽琛想要解释，却被梁小柔打断：“我不想听你解释，以后我们各管各的！”
就在两人冷战之际，又一起案件发生了。通渠工人在清理污水渠时发现了一具骸骨，古泽琛立刻带着设备赶往现场。经过几天几夜的努力，他利用面容重整技术将死者的面容初步复元。照片公布后，一位名叫容婶的老妇人来到警署报案，声称死者是她失踪两年的女儿容慧。
高彦博却提出了疑问：“根据骸骨的腐化程度，死者至少已经死去四年，可容婶说女儿只失踪了两年。”为了验证，他们对骸骨进行了详细检测，发现污水渠上方以前是一家漂染厂，厂内的染料和化学物料加速了尸体的腐化速度，所以骸骨实际死亡时间与容婶所说的失踪时间基本吻合，死者大概率就是容慧。
但新的问题又出现了：骸骨长期被污水冲刷，无法抽取dNA进行比对。古泽琛没有放弃，尝试从骸骨的牙齿中提取dNA，经过多次实验，终于成功获取了样本，只待与容婶的dNA进行比对。
梁小柔则根据容婶提供的线索，找到了容慧失踪前投靠的亲戚张泰夫妇。面对警察的询问，张泰夫妇支支吾吾，一口咬定没有收留过容慧。梁小柔察觉不对劲，让淑媛、小刚和汀汀暗中搜查张泰家，果然在房间的角落里找到了几根长发和墙上残留的血迹，经过初步检测，长发与容慧的发质相似，血迹也需要进一步化验。
与此同时，高彦博在骸骨身上发现了衣物残渣，经过分析，这些残渣来自一家夜总会的制服。梁小柔立刻带队前往这家名为“夜色”的夜总会调查，夜总会的霍经理却百般阻挠，声称没有叫容慧的员工。更蹊跷的是，第二天一早，夜总会就发生了大火，所有人事记录和监控录像都被烧毁。
“肯定是有人故意放火，销毁证据！”梁小柔气愤地说。好在天无绝人之路，一家超市的经理曾是夜总会的常客，他提供了两个认识容慧的人——林晶晶和Red。可当梁小柔找到她们时，两人却神色慌张，不愿配合调查，只说容慧早就离开夜总会了。
另一边，高彦博和古泽琛在火场废墟中找到了一个烧毁的打火机，上面残留着少量dNA样本。经过比对，这个dNA样本竟然与容婶的dNA高度相似。“难道容慧还活着？放火的是她？”古泽琛惊讶地说。高彦博沉思道：“如果容慧还活着，那骸骨又是谁？”
他们立刻将这个发现通知了梁小柔，梁小柔结合之前的线索，大胆推测：骸骨可能是另一个人，而容慧伪造了自己的死亡，放火是为了销毁自己在夜总会的痕迹。警方迅速申请搜查令，前往Red的住所进行搜查。
推开Red家门的那一刻，梁小柔等人愣住了——房间里一个穿着红色连衣裙的女子正和Red争执，而那个女子的样貌，与古泽琛复原的容慧面容几乎一模一样！“容慧！”梁小柔大喝一声，女子浑身一颤，想要逃跑却被警员拦住。
法证人员在房间里搜出了与骸骨旁相同的结线，以及一块染有血迹的玻璃碎片。面对证据，Red和容慧起初还想狡辩，但Red很快就“招供”，说是容慧企图勾引他，两人纠缠时容慧不小心撞伤头部跌入浴缸溺毙，他只好将尸体抛入污水渠。
可高彦博对玻璃碎片上的血迹进行化验后，发现血迹竟然属于容慧本人。“如果Red说的是实话，容慧是溺毙，玻璃碎片上怎么会有她的血迹？而且案发时她应该已经死亡，不可能出现在抛尸现场。”高彦博的话让Red脸色惨白，容慧也知道无法再隐瞒，终于说出了真相。
原来，当年容慧在夜总会认识了小花，两人因琐事发生争执，容慧失手用玻璃碎片划伤小花，小花在逃跑时不慎撞到头部跌入浴缸溺毙。容慧惊慌之下找来Red帮忙抛尸，为了掩盖真相，她伪造了自己的死亡，化名“小花”躲在Red身边。后来夜总会要清查员工档案，她怕事情败露，就放火烧了夜总会。
案件终于真相大白，容慧和Red被带回警署接受法律的制裁。容婶得知真相后，悲痛欲绝，瘫坐在警署大厅里，嘴里喃喃着：“慧慧，你怎么能做这种事……”
一波未平一波又起，王平安接到华健的电话，说他的助手Vivian涉嫌撞死途人，被警方调查，希望王平安能帮忙。王平安让高彦博和古泽琛协助调查，Vivian坚称当时有一辆黑色轿车先将死者撞倒，死者反弹到她的车上，她并非故意撞人。
高彦博来到车祸现场，仔细观察路面的刹车痕迹和碰撞痕迹，又调取了周边的监控录像。他发现监控中确实有一辆黑色轿车一闪而过，但由于角度问题，看不清车牌。高彦博没有放弃，利用计算机进行仿真测试，结合Vivian车辆的损伤程度和死者的伤口位置，最终还原了车祸真相：黑色轿车超速行驶撞倒死者，死者被抛起后正好落在Vivian的车上，Vivian来不及刹车，才造成了这起事故。
真相大白，Vivian洗清了嫌疑，华健对王平安等人感激不已。而经历了这一系列案件后，古泽琛和梁小柔也终于正视了两人之间的问题。他们坐在曾经一起去过的咖啡馆里，气氛平静而沉重。
“梁小柔，我们认识这么久，一起经历了很多事，但我发现我们的性格真的不合。”古泽琛率先开口，语气带着一丝无奈，“我喜欢自由，做事随性，而你总是那么严谨，追求完美。我们在一起，总是会因为这些事情吵架。”
梁小柔点了点头，眼眶有些湿润：“我也知道，我们之间有太多不一样的地方。每次吵架，我都觉得很累。或许，我们真的不适合做情侣。”“那我们……分手吧。”古泽琛轻声说，“但我们还是朋友，以后工作上，我们依然可以互相配合。”
梁小柔吸了吸鼻子，挤出一个微笑：“好，做朋友。”两人伸出手，握了握，曾经的甜蜜与争吵仿佛都化作了过往云烟。走出咖啡馆，阳光洒在两人身上，虽然心中有些不舍，但更多的是一种释然。