朱棣的旨意与凌云制定的“深蓝之谋”，如同给整个南洋的明军体系注入了一剂强心针，也像投入滚油的火把，瞬间点燃了吕宋基地及其辐射区域的每一个角落。
权力与资源以前所未有的速度向凌云集中。来自内帑和户部的第一笔巨额银两、粮秣，以及从国内各工坊紧急抽调的大批熟练工匠、学徒，开始源源不断地通过新组建的、由蒸汽舰与大型帆船混合编队的运输船队，运抵吕宋。
原本简陋的“前沿维修基地”几乎是以肉眼可见的速度向外膨胀、硬化。新的、更大规模的船台在海岸边铺开，巨大的龙骨被吊装定位，铆接的轰鸣声日夜不息。高耸的蒸汽打桩机将一根根钢木混合结构的桩基砸入滩涂，支撑起宏伟的干船坞和坚固的仓库群。一座小型的反射炉和配套的轧钢设备被安装起来，虽然产能远不及国内，却意味着南洋首次具备了初步的钢铁二次加工能力，“天工院南洋分院”的牌匾被郑重地挂在了最大的那座综合性工坊门前。
水师方面，以“定远号”为核心的南洋水师主力舰队开始了高强度的巡航与剿匪。他们按照凌云的方略，主动出击，如同梳篦般清理着已知的“四海商会”残余窝点。几场规模不大但干净利落的海战接连爆发，数艘试图袭扰航线的敌舰被击沉或俘获，大明龙旗的威慑力随着舰队的航迹不断延伸。
与此同时，由精干文官和通译组成的使团，携带着盖有皇帝玉玺的国书和琳琅满目的礼品，分乘悬挂龙旗的炮舰，驶向了暹罗、占城、满剌加等邦国的港口。天朝上国的威严，结合着新式战舰冰冷的炮管，使得外交活动进行得出奇顺利。一系列旨在“通商、睦邻、剿匪”的条约被签订，大明在南洋的政治影响力迅速提升。
而“皇家南洋贸易公司”的成立，更是如同一块巨大的磁石。来自大明的瓷器、丝绸、茶叶，以及天工院出产的标准化铁器、质地纯净的玻璃器皿、甚至一些小巧耐用的机械钟表，在南洋各港口引发了抢购风潮。公司的旗号下，商船云集，原本因战乱而略显萧条的海上丝绸之路，迅速恢复了活力，甚至比以往更加繁荣。大量的南洋特产、香料、贵金属木材，以及凌云特别点名需要的各种矿石标本，被装船运回大明。商业的利润，开始反哺庞大的军事和建设开支，一个初步的、以大明为核心的经济循环正在形成。
一切似乎都在朝着凌云规划的方向顺利推进。捷报频传，朱棣从南京发来的嘉奖敕令也一次比一次言辞恳切，恩赏有加。
然而，在这片表面繁荣、高速发展的景象之下，凌云敏锐地察觉到了一些不和谐的暗流，以及那神秘组织“圣主”无形的手。
首先暴露的是技术扩散的隐患。
这一日，负责市舶稽查的官员呈报上来几件查获的“违禁品”。那是一些明显仿制天工院制式的工具——几把卡尺，几套扳手，甚至还有一台简化了无数倍、但原理类似的人力钻床。仿制的工艺相当粗糙，精度更是差得远，但其形制、结构，分明脱胎于天工院的“标准”。
“大人，据查，这些物件来自暹罗的一个小作坊。其匠人曾在我方商船停靠维修时，远远观摩过我们的工匠作业，回来后便凭记忆尝试仿造……虽只得其形，未得其神，但……”官员的语气带着担忧。
凌云拿起那把粗劣的卡尺，手指摩挲着上面歪歪扭扭的刻度。他知道，这只是冰山一角。随着贸易往来和人员接触的日益频繁，天工院带来的技术理念和工具形制，不可避免地会向外扩散。即使核心机密得以保全，但这些基础的概念和思路，一旦被有心人（尤其是那个“圣主”组织）获取并深入研究，谁能保证他们不会在此基础上，发展出属于自己的道路？
“加强我方工匠、水手与外界的接触管理。所有技术图纸、工具，严格编号造册，不得随意外带。同时，通知贸易公司，对一些可能蕴含技术信息的‘非核心’商品出口，也要开始制定清单，加以限制。”凌云下达了指令，但他知道，这防不胜防。
紧接着，内部腐败与官僚习气的苗头也开始显现。
南洋分院下属的一个负责木材采购的小吏，被查出与当地土着头人勾结，以次充好，虚报价格，中饱私囊。虽然涉案金额不大，涉事人员也很快被马三宝安插的耳目揪出，依军法严惩。但这给凌云敲响了警钟。
庞大的资源流动，巨大的利益诱惑，正在催生蛀虫。他带来的“标准化”、“流程化”管理，可以很大程度上杜绝技术上的失误，却难以完全防范人性的贪婪。而且，随着机构日益庞大，文牍主义、推诿扯皮的现象也开始在一些非核心部门悄然滋生。这与他在天工院初创时期，那种纯粹为了技术和生存而拼搏的氛围，已然不同。
最让凌云感到隐忧的，是来自“圣主”组织的、更加隐秘的反击。
东厂的密探发现，在几个刚刚与大明签订了友好通商条约的港口，几乎同时出现了一些身份不明的“学者”。他们开设学馆，免费教授土着儿童识字、算数，而所用的教材，虽然表面上是大明的《三字经》、《千字文》，但在算术部分，却夹杂了一些与这个时代主流算法不同、更为简捷的符号和方法，与从“幽灵船”上缴获的笔记中的某些内容隐隐对应！
他们不再直接对抗，而是选择了更聪明、也更可怕的方式——文化渗透与人才争夺。他们在试图从基础上，培养认同他们知识体系的新一代！同时，针对大明工匠和低级官员的贿赂、拉拢尝试也时有发生，虽然尚未发现成功案例，但这种无孔不入的试探，让人脊背发寒。
这一日，凌云站在南洋分院新建成的了望塔上，俯瞰着下方一片繁忙、蒸蒸日上的基地。码头旁，新下水的“镇海级”巡洋舰正在进行舾装；船台上，更大吨位的战舰龙骨已经铺设完成；远处的市集，商贾云集，人声鼎沸。
星火已然燎原，势不可挡。
但他心中没有半分松懈。技术的种子一旦播撒，便无法收回，只能在竞争与迭代中不断向前。权力的扩张必然伴随腐化的风险，需要时刻惕厉，建立制度加以约束。而那个隐藏在迷雾中的对手“圣主”，其手段愈发高明，目标也愈发清晰——他们要争夺的，是这片海域的未来，是文明发展的主导权。
“大人，京城八百里加急！”一名亲随气喘吁吁地跑上塔楼，呈上一封火漆密信。
凌云拆开一看，是朱棣的亲笔。信中除了照例的嘉勉，更透露了一个重要信息：朝中已有御史风闻南洋“靡费过巨”、“与民争利”（指贸易公司），甚至有人隐晦提及“海外坐大，非国家之福”，提醒凌云要“慎独善终”。同时，皇帝也询问了关于“圣主”组织调查的最新进展，语气中带着一丝不易察觉的焦躁。
凌云将密信缓缓折好，放入怀中。来自前方的暗涌，与来自后方的风波，终于开始交汇。
他极目远眺，海天一色，蔚蓝无尽。这片刚刚被纳入掌控的海洋，仿佛一头温顺的巨兽，但凌云知道，在其平静的表面下，潜藏着无数的暗礁、漩涡，以及窥伺的猎手。
星火燎原，可照亮前路，亦可引火烧身。接下来的每一步，都需如履薄冰，慎之又慎。他深吸一口气，转身走下塔楼，步伐沉稳，目光坚定。无论前路如何，他已没有回头路，只能在这波澜壮阔的大时代中，引领着这艘名为“大明”的巨舰，破浪前行。