“方舟”基地暂时安全了。陈峰苏醒并控制住能量的消息，如同强心剂般注入了所有幸存者心中，驱散了末日般的绝望。
但摆在他们面前的，是一个满目疮痍的世界。
全球“现实加固场”和能量收割网络虽然停止，但其造成的破坏是巨大的。生态环境严重恶化，无数城市化为废墟，通讯和交通几乎瘫痪，幸存的人类分散在各地，大多处于惊恐、迷茫和物资匮乏的状态。
“烛龙之眼”的威胁依旧高悬于顶，谁也不知道它何时会再次启动，或者派出怎样的清算队伍。
“我们不能一直躲在这里。”陈峰的声音恢复了平静，却带着不容置疑的权威，“我们必须走出去，整合资源，救助幸存者，重建秩序，并且……时刻准备应对‘观察者’的下一次行动。”
他以“方舟”基地为核心，迅速组建起了一个临时的指挥中心。苏晚晴凭借其卓越的技术和数据分析能力，负责信息通讯、技术研发和全球监控网络的初步重建。金小宝则展现出惊人的组织和外交才能，带领着武装队伍，以“方舟”为中心，向外辐射，清理残余的、失去统一指挥而陷入混乱的“清道夫”单位，建立安全区，搜救幸存者，并尝试与世界各地残存的抵抗组织或政府机构取得联系。
陈峰自己，则坐镇中枢。他需要时间熟悉和掌控体内那庞大而危险的“创世余烬”力量。他大部分时间都处于一种深度的冥想状态，意识与三位一体印记深度融合，小心翼翼地引导着那如同星河般浩瀚的能量，尝试理解其运作规则和代价。
他发现，“创世余烬”的力量确实可以做到近乎“创世”般的事情，比如小范围地修改物理规则、重塑物质、甚至影响时间流速。但其消耗同样恐怖，而且每一次动用，都会让他与这个宇宙的“基础规则”产生更深的联系，也更容易被可能存在的、更高层面的“观察者”所察觉。
这力量是希望，也是枷锁。
在此期间，苏晚晴从“痛苦尖塔”和零号意识中获取的数据发挥了巨大作用。她成功研制出了更高效的“清道夫”干扰和屏蔽装置，大大降低了清理行动的风险。甚至开始尝试利用部分相对安全的技术，为幸存者据点提供能源和基础工业支持。
人类文明的火种，在废墟之上，开始重新闪烁起微弱的、却顽强的光芒。
然而，平静并未持续太久。
这天，苏晚晴的监控网络捕捉到了一段来自月球方向的、极其微弱却异常规律的信号波动。
“烛龙之眼”……苏醒了。或者说，它从未沉睡，只是在分析和评估这次意外的“收割失败”。
紧接着，全球各地残留的、本已沉寂的“锚点”设施，开始出现极其缓慢的能量回升迹象！虽然远未达到收割时期的强度，但这无疑是一个危险的信号！
“观察者”没有放弃。它们在尝试修复和重启系统！
“它们……在试探。”陈峰结束冥想，眼神凝重，“试探我的存在，试探我们的抵抗力度。”
“我们该怎么办？”苏晚晴担忧地问。
“不能让它轻易修复系统。”陈峰站起身，眼中混沌之色流转，“我们需要主动出击，但不是强攻。我们要……‘污染’它们的网络。”
他想到了零号，想到了那种针对性的“毒素编码”。
“晚晴，根据我们现有的数据，能否开发出一种……能够通过能量网络自我复制和传播的‘逻辑病毒’？不需要摧毁锚点，只需要感染它们，让它们传输错误数据，干扰‘烛龙之眼’的判断和修复进程？”
“逻辑病毒……”苏晚晴眼睛一亮，“理论上可行！利用它们系统自身的漏洞和协议……但这需要极其精确的编码和庞大的算力支持……”
“算力由我来提供。”陈峰将手按在基地主控台上，混沌的能量缓缓注入，“编码由你来设计。这是我们未来的主要战略：不再是硬碰硬的破坏，而是渗透和干扰，延缓它们的步伐，为我们的发展争取时间！”
一场全新的、在信息与能量层面的隐形战争，拉开了序幕。