昔有旃檀林，地处西竺国境，山峦环抱，云霞常覆。中有古刹名净慈，飞檐叠九重，金铎鸣八风。住持慧明法师年逾百二十，眉垂若雪，目澈如泉，尝趺坐莲台三日不食，周身放五色光，檀越皆谓已证阿罗汉果。
是岁仲春，寺中忽现异事。每至夜半，藏经阁梁柱间辄有窸窣声，如鼠啮帛，如蚕食桑。执事僧秉烛视之，惟见经卷凌乱，梵夹散落，却无半点踪迹。如是旬日，众僧惶惶。有小沙弥窥见一团紫气盘旋梁上，惊啼而走，病热三日方苏。
慧明闻之，携弟子十八人于阁中结金刚界曼荼罗。更漏三响时，果见东北角经橱迸射毫光，橱中《大般若经》六百卷无风自动，页页翻飞如白蝶竞舞。忽有物自经页跃出，大如雀卵，通体澄明，内蕴七彩，悬于半空鸣响若玉磬。慧明合掌微笑：“摩尼宝珠现世矣！”
此珠非凡物，乃迦叶佛时龙王所献，能照三界业障，辨众生根器。后因天魔扰乱，隐入法海不得见。今逢圣朝，乃重现人间。然珠方现形，骤有黑风穿牖而入，灯烛尽灭，唯闻空中金铁交击之声。待明烛复燃，宝珠已杳然无踪。
慧明叹曰：“魔障已至，此去当有三十六劫。”遂命首座弟子道诚携七宝钵盂，持八环锡杖，西行寻珠。道诚年方三十，眉间有朱砂痣，三岁能诵《法华》，七岁可解《楞严》，然未曾远游，今奉师命，乃负芒履，顶竹笠，飘然出山门。
行至孔雀河边，见一老妪匍匐泣血。询之，答曰：“老身姓苏，家本织锦为业。三日前有黑云堕院中，卷走小女玉娘，惟遗此物。”示以半截紫竹簪。道诚以天眼观之，见簪上萦绕妖气，似与失珠相关，遂发愿相助。
循妖气西行三百里，至火焰山。山石皆赤，热浪灼肤。忽遇群鸦蔽天，鸦羽落处即成火苗。道诚诵《灭火经》，以锡杖划地成堑，涌甘泉三尺。鸦群惊散，岩洞中跃出红发罗刹，赤目獠牙，吼声如雷：“和尚敢破我法阵！”道诚不答，掷钵盂于空，现千叶宝莲，罗刹目眩倒地，化为一缕青烟，烟中飘落绣帕一方，上书“玉娘”二字。
续行至雪岭，冰崖嶙峋如剑戟。有白蟒盘踞隘口，粗若瓮缸，口吐人言：“留下心肝，许尔过路。”道诚结降魔印，蟒首忽垂泪曰：“吾本山神，受咒所困，求师超度。”乃道出因果：原是此山有银矿，贪夫竞采，山神怒而雪崩埋之，遂堕蟒身。道诚为说《地藏本愿经》，蟒蛇蜕皮化老翁，指西方云：“黑风妖王踞翡翠城，专摄童女炼邪术。”
涉流沙时，见商队遗骸累累，中有垂死者告曰：“半月前有妖风卷宝珠过，珠光所照，枯骨生肉，然瞬息即灭。”道诚以杨枝洒露，救活商贾数人。夜宿沙窟，梦金甲神人示警：“妖王乃阿修罗道逃囚，善幻化，好食人脑，法师慎勿直视其目。”
越七日后，遥见翡翠城郭。城墙皆碧琉璃砌就，城中高塔耸入云端。守门者俱是鸠盘荼鬼，持铁戟拦路。道诚振动锡杖，诵《楞严咒》，诸鬼掩耳遁走。入得城内，竟见街市繁华，行人如织，然细观之，众人瞳仁皆泛绿光，行步僵直如提线傀儡。
忽闻鼓乐喧天，八鬼抬彩轿至，帘内娇声曰：“法师远来，妾备素斋，肯顾否？”道诚见轿中女子容貌酷似绣帕所绘玉娘，然额有魔纹，心知有异，佯装应允。随至宫阙，见殿上端坐王者，黑袍绣金螭，掌中正盘玩摩尼宝珠，珠光已被黑气蚀半。
妖王笑曰：“朕欲立天妃，特请法师主婚。”击掌三声，侍女扶出新娘，盖头掀处，竟是白日轿中女子。道诚蓦然识破此乃“幻魔吞珠大法”——若成就冥婚，宝珠将永堕魔道。急取钵盂泼出无明真水，妖王袖袍鼓风，真水倒溅，道诚僧衣尽湿。
正危急时，殿外忽传来鸾铃清响。一白衣女子驾九色鹿冲入，抛出水精瓶，瓶中飞出一线银丝，缠住妖王右腕。妖王痛吼，宝珠脱手，道诚疾以般若掌截取。二人合力斗法，殿柱崩摧，群鬼啾啾。女子面纱脱落，道诚惊见其眉目与玉娘一般无二。
妖王现出三头六臂本相，口喷毒焰。女子叹曰：“孽障犹不悟耶？”解开发髻，取出一物——竟是半截紫竹簪！簪簪相合，迸射紫金光华，照彻妖王五脏六腑。原此女方是真玉娘，被妖王摄魂时，幸得雪山神女救度，授破魔法要。妖王所挟者实为其妹幻化。
妖王溃逃前狞笑：“虽得珠，已中吾血咒，百日必疯癫！”道诚视臂，果有黑线蜿蜒至肘。玉娘泣曰：“为救法师，须往冥界求地藏菩萨摩尼珠。”言罢割腕沥血画符，开九幽之道。阴风飒飒间，道诚魂灵已离窍，坠入阿鼻地狱。
但见刀山剑树，铁汁铜浆。罪魂啼嚎中，忽有青衣童子执莲灯引路：“菩萨知汝来意，特赐方便。”至第七重金刚狱，见地藏王坐赤莲台，旁踞谛听神兽。菩萨温言：“魔珠蚀心，非凤麟洲甘露不能涤。”遂赠玉净瓶、引路幡，又曰：“途中当遇故人，可同行。”
还阳途中，遇一青面鬼王拦路，自称前生是净慈寺厨下烧火僧，因偷食供果堕此。泣求道诚超度。道诚为其念《往生咒》千遍，鬼王血肉渐丰，化作胖大和尚，呵呵笑曰：“师弟别来无恙？”竟是慧明法师早年圆寂的师兄道济！
三人同行往东海凤麟洲。渡弱水时，有巨鼋作祟，道济吐酒雾迷其目。过炎山时，玉娘以发簪化雨灭火。至蓬莱境，守门仙童索要买路钱，道济假意献宝，反剪其手足。忽闻环佩叮当，西王母乘紫云车驾至，佯怒曰：“狂僧敢欺吾童儿？”道诚急奉上慧明手书，王母展阅，转嗔为喜：“原是故人弟子。”遂赠甘露三滴。
归途经桃花渡，遇艄公摆渡。舟至中流，艄公忽摘斗笠，赫然是妖王所化！急浪掀舟时，道济抛出破蒲扇化舢板，玉娘拔簪刺妖王左目。妖王负痛遁走，遗落锁骨鞭一根。道诚拾鞭，惊见鞭柄刻“净慈”篆文——竟是寺中旧物。
返寺时恰第九十九日，道诚臂上黑线已至心口。慧明法师集百僧诵《金刚经》，以甘露滴额。黑气自七窍涌出，凝成妖王形貌扑向宝珠。玉娘急将竹簪掷出，簪化青龙衔珠飞天。妖王追噬间，晴空忽降金刚杵，击碎魔身——原是韦陀天尊显圣。
宝珠落回莲座，光华倍胜从前。照见玉娘前世乃天女散花时误伤灵芝，堕入凡尘；道诚是护法韦陀座前童子，因动凡心转世；妖王竟是珠中一缕妄念所化。三世因果，顿时分明。
慧明法师于月夜升座，说《摩尼宝珠因缘经》。宝珠自跃入空，遍照大千世界，疫疠消除，干戈止息。玉娘皈依受戒，号妙玉比丘尼；道诚继主持位，重兴丛林；道济游戏人间，济困扶危。后有人见珠光常现于云霞之中，凡有至诚祈请者，无不感应。
偈云：一颗摩尼照性天，千劫轮转亦前缘。莫道魔障深似海，心灯明处即西天。