金陵城外，乌衣巷尾，有寒士名柳文舟，虽才高八斗，然时运不济，屡试不第。这年隆冬，炭贱衣单，檐角冰棱垂尺许，北风穿牖，吹得案头残灯明灭不定。文舟独居破庐，呵冻执笔，为书坊抄录《昭明文选》，一日仅得三十文，常以粥水度日。
这夜正抄得手指僵直，忽闻叩门声甚急。开门见观，一老仆浑身覆雪，眉须皆白，递来泥金名帖：“我家主人偶得古卷，闻先生善辨古籍，特请过府一鉴。”文舟暗惊这般天气，非显贵不能遣仆。虽疑窦丛生，然思及或得润笔之资，终随而行。
踏雪行三里，至一宅邸，朱门兽环，峻墙高耸，门楣悬“墨韵斋”匾额。入得厅堂，暖香扑面，四壁图书缥缃千帙。主人葛袍玄冠，约莫三十年纪，自称姓墨名尘，言谈间博古通今。二人先论《兰亭》真伪，再辩《祭侄稿》笔墨，竟至忘倦。
忽闻更鼓三响，文舟起身告辞。墨尘自多宝阁取出一紫檀木匣：“此砚伴我多年，今赠知己，莫要推辞。”文舟启匣观之，见那砚色如玄玉，叩之有金声，砚池深峻，隐隐透出松纹云脉。奇的是，捧于掌中竟觉暖意融融，呵气成云之夜，砚中自有水汽氤氲。
归家后，文舟将砚置于陋室唯一完好的柏木案上。当夜抄书，觉下笔如有神助，往日艰涩处皆畅通无阻。更怪的是，磨墨三分，竟能书写千字而不枯。三日后雪霁，晨光透牖，文舟惊见砚台在日光下流转七彩，池心似有烟云流动。
是夜月华满室，文舟正作文，忽见砚中升起淡淡烟霭，渐聚渐浓，竟成一女子形貌。云鬓雾鬟，目如秋水，身着墨色罗衣，裙摆似漾开墨痕，翩然跃出砚池，敛衽作礼：“妾身墨卿，乃砚中灵魄，感君日夜相伴，特来相见。”
文舟惊得跌坐在地，墨卿掩口轻笑：“君勿惧，妾非妖异。前朝万历年间，有制墨名家墨云林，取黄山古松烟炱，合以玉屑珍珠，淬以心血，方成此砚。妾乃其女，随父制砚时不幸殒身炉中，魂灵附于砚台，至今已二百余载。”
文舟见其谈吐雅致，渐去惧意。二人围炉夜话，墨卿于制墨之道、书画鉴赏竟有精妙见解，更知前朝秘辛。自此，墨卿每夜现形，或磨墨添香，或红袖伴读。文舟文章日益精进，更在墨卿指点下，仿前人笔意作《寒江独钓图》，笔法直追宋元名家。
清明日，文舟携画入城鬻卖，恰逢知府大人踏青。那知府本是进士出身，见画大惊：“此画颇有李营丘遗风！”询知是文舟所作，当即邀至府中详谈。文舟依墨卿平日所教，论画说艺，句句中的。知府大喜，聘为西席，教其幼子读书。
谁知祸福相倚。半月后知府宴请江南按察使周大人，席间展示文舟画作。周按察使把玩良久，忽道：“本官在京时，曾在首辅张大人府中见一古画，与此作一般无二，然张大人那幅确系唐时古物，这就奇了。”当下疑心文舟欺世盗名，厉声诘问。文舟惶惧之间，言语支吾，被收监候审。
狱中昏暗，文舟自叹时运不济。夜半时分，忽见砚台微光流转，墨卿现形，泪落如珠：“妾累君至此！那周按察使所言古画，实是妾父临摹之本，真迹早毁于兵火。今唯有找到妾身遗骨，启出土中证物，方能证君清白。”
言罢泣告当年旧事——其父为避权贵追索，将制砚秘录与往来书信藏于青檀木匣，随其葬于西山之阳。墓旁有双株连理梅，经冬不凋。
次日恰逢大雨，狱卒松懈。墨卿施术迷倒守监，携文舟越狱而出。二人冒雨奔至西山，但见荒冢累累。墨卿感应旧时气息，指一株老梅树下：“便是此处。”文舟手刨泥土，十指尽裂，果得一小棺，中有白骨一具，旁置青檀木匣。开匣视之，不仅有制砚秘录，更有一幅绢本《寒江独钓图》，题跋历历，时间确在唐末。
正当此时，骤现火把如龙，周按察使率官兵围住山岗，冷笑道：“早算得你会来取证！”原来他已知文舟越狱，特来守株待兔。文舟正待辩解，周按察使忽见那幅古画，脸色骤变，扑上前细观题跋，双手剧颤：“这…这竟是先祖遗物！”旋即伏地大哭。
众皆愕然。周按察使泣诉：“我家祖上正是制此砚的墨云林！当年为避祸将女儿许配权贵为妾，不料小姐宁死不从，投炉殉砚。祖上悔恨终生，临终嘱咐后世子孙务必寻回此砚…”言罢向墨卿遗骨叩首不止。
真相既白，周按察使亲为文舟平反，更欲重金购回古砚。文舟却道：“此砚有灵，非金银可易。大人既为墨家后人，理当物归原主。”周按察使感其诚，不仅赠银百两，更修书荐与京中名儒。
临别前夜，墨卿身影渐淡：“妾心愿已了，尘缘当尽。”文舟悲恸欲绝，墨卿轻抚其面：“君且珍重，来年科场，必当高中。”言毕化作青烟，没入砚中，再无声息。
次年春闱，文舟果中进士。殿试之日，见考题《墨道通玄论》，恍见砚台微热，下笔如得神助，竟被钦点探花。授翰林院编修后，渐觉官场污浊，常独对古砚沉思。
某日宫中设宴，首辅张大人见文舟袖中微露砚角，惊问来历。文舟实言相告，张大人叹道：“此乃前朝失传的‘松烟凝碧砚’，闻能预知吉凶。当年严嵩曾遍寻不得，不料藏于君处。”自此，文舟得砚之事渐传于朝野。
忽有西域番僧求见，言此砚实乃佛门至宝“摩诃砚”，能聚天地灵气。番僧夜半施法，砚台突发异光，墨卿重现形貌，却双目赤红，状若疯魔。原来番僧实为当年逼死墨卿的权贵后人，欲取砚中魂魄炼长生药。
文舟死护砚台，被番僧邪术所伤。危急时，周按察使率大内侍卫赶到。原来他早疑番僧来历，暗中查访，得知其乃白莲教余孽。双方斗法三日，终破邪阵。番僧遁走前狞笑：“砚灵已染魔障，三年必成祸害！”
文舟携砚归乡休养，果见墨卿日渐狂躁。每到月圆，砚中便涌出黑雾，草木触之即枯。文舟遍访名山，终在茅山求得解法：需以挚爱之血洗净魔气，然施术者必遭反噬。
霜降之夜，文舟设坛作法。割腕沥血入砚，黑气翻涌中见墨卿痛苦挣扎。忽闻一声轻叹：“君之情重，妾已尽知。然生死有命，岂可强逆？”但见墨卿挣脱黑雾，夺过匕首自刺心口，碧血溅入砚池，霎时光华冲天。
待文舟醒来，见砚台裂纹如蛛网，中有血丝游动。墨卿声音微弱如丝：“妾以残魂镇魔气，尚可护君三载。君当速往昆仑，求西王母座下青女相助...”
文舟即刻西行，跋涉万里，历经沙漠幻阵、雪山迷窟，终在瑶池得见青女。仙子取玉净瓶露水，叹道：“砚灵本可往生，因君执念滞留人间。今欲救之，需舍三十年阳寿。”文舟叩首应允。
归来后，依青女所授，每夜子时以心头血养砚。七七四十九日后，裂纹渐消，墨卿重现，却忘尽前尘。文舟不悔，悉心教导，恍如当年灯下相伴时光。
三年后番僧再度来袭，欲夺完全复苏的宝砚。墨卿虽记忆未复，却本能护主，与番僧同坠悬崖。文舟抢回残砚，呕血三升，一夜白头。
忽有异人登门，自称墨尘，笑曰：“当日赠砚，实试君品。今劫数已满，当完璧归赵。”言罢袖中飞出万千光点，残砚复原如初。墨卿自砚中走出，记忆尽复，二人执手相看，恍如隔世。
墨尘乃道：“此砚实乃女娲补天所遗五彩石，因沾文曲星墨汁而成灵物。今你二人情动天地，可愿舍肉身，共守砚台，护佑文人一脉？”
中秋月圆，金陵百姓皆见西山升起七彩祥云，中有二人携手登天。后人在乌衣巷建“墨缘书院”，供松烟凝碧砚于文昌阁。每逢大比之年，砚台便泛微光，择寒门才子相助。至今金陵犹传：但得墨缘照，文章天下知。
而西域沙漠中，时有商队见海市蜃楼：墨色衣裳的女子与青衫书生，共坐云间磨墨，落笔处天花乱坠，墨香万里。