新明港的晨曦尚未驱散疫病带来的死寂，海平面尽头已升起不祥的帆影——不是西班牙人的高大战列舰，而是数十艘吃水极深、船体斑驳的广船与福船，桅杆上飘扬的黑色蛟旗标志着来者身份：盘踞闽浙外海的最大海盗集团首领陈祖义！此獠趁新明港瘟疫横行、粮药匮乏之机，倾巢而出，妄图一举吞并这座初生的海外孤城。
了望塔上哨兵嘶声急报时，吴铭正与蒋瓛清点仅存的薯种库存，闻讯掷册于案——(内心oS：供应链脆弱性暴露！海盗趁火打劫，必须阻断其后勤链！)
陈祖义的叛变来得毫无征兆。三日前，这海盗头子还与吴铭共饮血酒，誓言共抗西夷，甚至接收了新明馈赠的三十支燧发枪与十箱开花弹。然当夜，黑蛟帮舰队竟悄然转向，与西班牙人密约“共分新明之财”，突袭港西粮道！更阴毒的是，陈祖义竟将吴铭透露的岸防弱点——东炮台弹药库位置——卖予瓦尔德斯，导致黎明时分一场精准炮击，几乎摧毁新明最强火力点！“狗贼！”李大匠呕着血沫嘶吼，“俺替他修船补炮，他却反咬一口！”张衡瘫坐在格物院废墟中，徒手扒拉着烧焦的《瘟疫论》残页，泪流满面。沉茂才则面如死灰地汇报：“存粮仅余三日，药材殆尽……疫病恐将复燃。”
吴铭一拳砸在案上，震得海图颤抖：“陈祖义要的不是财货，是新明根基！他欲夺燧发枪与造船匠户，自立南洋霸主！”(内心oS：海盗行为模式分析：短期利益驱动+长期权力野心！必须切断其核心收益链！)他猛地抬头，眸光如淬火寒铁：“蒋瓛，选百名死士，携雷火罐、燧发枪，乘快艇绕至敌后，专攻黑蛟帮辎重船！沉茂才，组织妇孺往内陆密林转移，携薯种与农具，预留火种！张衡，带格物院余部入地下工坊，赶制‘铁蒺藜水雷’——以陶罐装火药、铁碎，布于西侧海湾！”命令如铁钉般楔入混乱，众人如梦初醒，奔命执行。
海战已至白热。陈祖义亲率跳帮队扑向西滩，海盗们嗷叫着挥舞钢刀，却被新明燧发枪队精准点射，尸骸堆积如丘。然海盗人数众多，前仆后继，渐渐逼近粮仓核心。蒋瓛的死士队如幽灵般潜至黑蛟帮后勤船队，雷火罐轰然炸响，三艘粮船燃起冲天大火！陈祖义惊怒回首，却见瓦尔德斯竟趁乱后撤——西班牙人欲坐视海盗与新明两败俱伤！“西夷无耻！”陈祖义咆哮，却已骑虎难下。
此刻吴铭竟亲登残存南炮台，夺过炮手火把：“校准‘黑蛟号’水线！换链弹！”炮弹呼啸而出，未能击沉敌舰，却绞断其尾帆。陈祖义暴怒，令所有炮火聚焦南台。千钧一发际，天际忽传来沉闷轰鸣——一支悬挂大明龙旗的舰队破浪而至！北洋水师总兵廖永忠立于舰首，冷眼俯瞰战场。朱标竟改变主意，命其“助新明惩海盗，慑西夷”！明军战舰侧舷齐射，炮弹如雨砸向海盗船阵。陈祖义腹背受敌，阵脚大乱。
吴铭当机立断，升起血旗：“全军反击！目标——黑蛟号！”新明残舰与明军水师合流，如利剑刺入敌阵。蒋瓛率死士冒死攀上“黑蛟号”，与陈祖义亲卫白刃血战。吴铭更命张衡引爆预设于西湾的铁蒺藜水雷，炸沉海盗退路舰船。陈祖义见大势已去，欲驾小艇逃窜，却被廖永忠座舰拦截。一场恶斗后，海盗王被生擒，浑身浴血的蒋瓛将之拖至吴铭面前。
“吴铭！俺不服！”陈祖义嘶吼，“若无非蠢皇帝助你……”吴铭漠然挥手：“押下去！首级传阅各船，余众降者不杀！”海盗群龙无首，纷纷弃械。瓦尔德斯见势，仓皇南遁。海战终歇，新明港满目疮痍，然蓝底金龙旗依旧傲立。
战后，廖永忠递来朱标密旨：“新明御外侮、平海患有功，朕心甚慰。然国法森森，不可久擅外疆。卿可献祥瑞种、防疫方，并遣子入京为质，则许卿镇守海疆，岁贡减半。”吴铭冷笑，知朱标仍存猜忌。他允献薯种、医书，却回以密信：“臣愿献种，然幼子皆染疫弱质，不堪长途。臣妻徐氏可携《格物全录》入京献后，乞陛下恩准。”(内心oS：以技术换时间！徐妙锦入京可为内应，亦可安帝心！)
徐妙锦慨然应允，携书北上。临行前，吴铭密嘱：“书中农工医技九真一假，核心燧发枪、蒸汽机图皆隐去。皇后仁厚，必善待于你。在京广结善缘，尤要留意郑和动向。”妙锦垂泪：“妾身明白，夫君……珍重。”
新明港百废待兴。吴铭率众重建，更从陈祖义残舰中搜出南洋海图、西洋火炮数门。他立下“海事碑”，刻战死者英名，更掷海盗首级于碑前祭奠。然忧患未消：西夷败退必卷土重来，大明朝廷反复难测，而新明元气大伤。深夜，吴铭独登了望塔，望星海浩瀚，喃喃自语：“欲存新明，需更强之力……格物院当重启‘神机计划’！”塔下，李大匠正带人拆解西班牙重炮，眼中燃起痴狂之光。
陈祖义舰队竟不急于进攻，反而呈扇形散开，死死扼住通往特拉科潘的粮道与北上大明的航线，旋即派使者乘小艇抵岸，狞笑着掷来一封以血画押的“盟书”：“吴首领！俺知你缺粮少药，西班牙人亦恨你入骨！若肯献出燧发枪百支、造船匠户十家，并岁贡白银五万两，黑蛟帮可为你击退西夷！若是不从……”使者挥刀指向港内饥民，“休怪俺断你粮道，困死全城！”港内军民闻言色变，谁不知陈祖义凶名？去岁泉州府遭其劫掠，焚屋千栋，掳妇孺数百，官府剿之无功。
蒋瓛怒而拔剑，吴铭却冷笑着拾起血书：“回复陈首领：新明重匠如命，惜枪如眼。然若首领愿以粮十万石、药五千担相易，吴铭可许黑蛟舰船入港修葺，火药平价供给，共拓东海商路！”使者愕然离去后，蒋瓛急道：“首领岂真与虎谋皮？”吴铭眸光幽深：“缓兵之计！沉茂才，即刻清点库房，以玻璃镜、精钢匕首充作首礼；李大匠率工匠连夜赶制‘火药掺沙之伪枪’；张衡测算潮汐——三日内必有东南风，吾等需借天时破局！”
黑蛟旗舰上，陈祖义把玩着吴铭所赠的晶莹玻璃镜，贪婪毕露却狐疑不定：“俺索枪炮，他却许商路？莫非有诈？”身旁军师低语：“探子报新明疫死逾千，存粮不足十日。其虚张声势，实为乞粮耳！”陈祖义狞笑：“既如此，假意应允，待粮船入港，尽夺之！”遂回书允诺，却暗令舰队压近，炮口隐指码头。
岂料吴铭早料此着！其一面假意筹备交割，命老弱妇孺佯装运粮；一面使蒋瓛精选百名燧发枪手藏于货舱，另遣死士携“格物院特制雷火罐”潜泳至海盗舰底；
更飞鸽传书特拉科潘，请其出兵袭扰黑蛟帮南洋老巢。第三日东南风起，陈祖义见港内“粮船”升帆，急令冲锋抢夺。忽听连环巨响，舰底雷火罐轰然爆破！海盗船纷纷进水倾斜，港岸货舱中百支燧发枪齐射，专狙舵手与炮手。陈祖义惊怒间，后方又报特拉科潘战船突袭其补给舰！海盗阵脚大乱，吴铭亲擂战鼓，新明残舰竟逆风突进，以链弹绞断敌旗舰桅杆。陈祖义见大势已去，只得溃逃，然临遁前竟纵火焚毁近海渔场，咒曰：“吴铭！俺得不到的，必毁之！”
新明港虽暂退海盗，然粮源已绝，渔场尽毁，饥荒迫在眉睫。吴铭望海沉思，忽召张衡：“汝前日言，土着曾传‘东海千里外有巨岛，土肥兽众’？”张衡忙呈草图：“然航路险恶，西洋称之‘死亡海峡’！”吴铭拍案：“绝境当行险招！集所有存粮，造三艘快艇，配象限仪与六分仪（格物院仿制），选死士百人随吾亲征——向东海寻新大陆！”众臣力谏，吴铭慨然：“吾非赌命，乃算概率！西有西班牙、南有海盗、北有朝廷锁海，唯东向绝域，或藏生机！”遂留蒋瓛守城，自率船队破浪东去。
与此同时，大明应天府内，朱标对着新明献上的“金薯种”与《防疫录》，咳血叹息。方孝孺愤然进言：“吴铭恃技桀骜，假献祥瑞，实挟天威！今闻其困于海盗粮荒，当速发水师剿之，永绝后患！”徐达却持节力争：“陛下！新明屡挫西夷、退海盗，其所产粮种若广植中原，活民亿万！今若剿之，是自毁屏藩，寒义士之心！”朱标犹豫间，忽得密报：郑和率西洋宝船队返航，携占城、暹罗等十国朝贡使团泊于福建！马皇后进言：“郑和曾奏，南洋多岛国粮产丰盈。何不遣使招抚新明，令其与南洋诸国互市，既解粮困，亦扬天朝德威？”朱标终于心动，下旨：“召郑和入京，秘议东海策。”
万里之外，吴铭船队穿越风暴，终见苍翠海岸。然登陆未久，即遭土着标枪围攻。吴铭令士卒弃械，以玻璃珠、铜镜为礼，更以格物院所制“酒精”疗其伤者。土着大惊，奉其为“天海来神”。吴铭方知此岛名曰“吕宋”，土产稻米、椰肉极丰。
正欲易粮，忽闻林中响箭破空——西班牙殖民者竟已在此筑堡屯田！烽烟骤起，吴铭率死士以燧发枪且战且退，焚敌粮仓三座，夺船载稻米千斛，星夜返航。归途血战，艇沉人亡，唯吴铭座船带伤突围。
新明港望眼欲穿之际，残艇终归。吴铭立桅杆高呼：“吾带粮归来，更拓新航路！”满城泣跪。然未及庆贺，海疆烽火再燃：西班牙联合荷兰舰队卷土重来，陈祖义余党勾连倭寇逼近，大明水师亦北上巡疆。三面环敌，新明存亡系于一发！吴铭染血登台，掷吕宋稻种于地：“诸君！今有粮亦有敌，唯死战方生！愿随我守家国者，铸剑为犁，歃血为誓！”万众怒吼震海，新明之志，终成燎原之火。