东京旧港区，接连几个深夜，发生了令人毛骨悚然的“行人蒸发”事件。监控录像显示，受害者走在路灯下，灯光会诡异地闪烁三下，随后，他们的影子会先于身体凭空消失，紧接着整个人如同被无形的力量折叠、压缩，最终被吸进一个突然出现的黑色公文箱内。唯一的目击线索，是一个头戴乌鸦面具、手持发出红色光线的诡异武器的身影。
初二学生争一，是个喜欢滑板的少年。一天晚上，他贪玩晚归，在仓库街练习滑板时，不幸目睹了乌鸦人的作案过程。更可怕的是，一道红色光线擦中了他的手臂。
争一只觉一阵天旋地转，周围的一切瞬间变得巨大无比——他被缩小成了只有巴掌大小！连同他的滑板一起，被乌鸦人随手扔进了那个黑色的公文箱里。
在箱盖合上的最后一刻，争一急中生智，用手机屏幕的闪光灯，对着缝隙有规律地闪烁，发出了微弱的SoS求救信号。
GUtS接手案件，丽娜和新城在旧港区进行便衣走访。深夜，他们亲眼目睹了乌鸦人再次作案！丽娜毫不犹豫地冲上前阻止：“住手。”
乌鸦人转身，红色的缩小枪瞬间瞄准，丽娜躲闪不及，被光线正面命中！在新城惊恐的目光中，丽娜的身体迅速缩小，被乌鸦人熟练地收进腰带上一个胶囊大小的容器里。
“丽娜！”新城怒吼着追去，但乌鸦人身手敏捷，几个起落便跃入一个敞开的下水道井盖，消失无踪。新城只能眼睁睁看着同伴被掳走，一拳砸在墙上，立刻向总部汇报。
接到紧急报告，居间惠队长命令大古等待支援。但一想到丽娜身处险境，大古无法等待，他顺着新城指示的下水道入口，独自潜入黑暗之中。
地下通道错综复杂，他循着隐约传来的乌鸦叫声，一路追踪到一条巨大的、仿佛地下运河般的检修隧道。
隧道尽头，赫然停泊着一艘造型奇特、如同巨大海螺般的宇宙飞船！船身上用宇宙通用语喷涂着刺眼的广告语——“优质劳工，现货拍卖，量大从优”
大古心中一惊，掏出海帕枪准备呼叫支援。然而，船舱侧壁突然无声地滑开，一条灵活的机械触手闪电般射出，精准地卷住了他持枪的手腕。
大古下意识挣扎，另一只手摸向胸口内袋的神光棒。但触手力量极大，猛地一扯，竟将神光棒连同固定它的皮带扣一起拽走，迅速缩回船舱，投入一个闪烁着蓝光的“收纳槽”中。
大古失去了变身的关键，自己也暴露了行踪。
与此同时，宗方副队长率领新城、崛井、野瑞组成的支援小队也已便装潜入地下。掘井利用便携式翻译机，监听到了船舱内乌鸦人的对话：
“母星的奴隶资源已经耗尽，这颗星球的人类，肌肉密度评级3.2，耐久性性价比A-，是上等的‘劳工兽’！”
他们将地球人视为可以买卖的“牲畜”。
船舱内部空间为了适应乌鸦人的体型和运输效率，高度仅有三米左右，迪迦根本无法进行巨大化作战。
大古在躲避搜查的过程中，幸运地找到了被收缴的神光棒收纳区。他趁守卫不备，夺回神光棒，在狭窄的通道内毅然变身！
等身大小的迪迦奥特曼在低矮的船舱内现身，战斗瞬间爆发，空间限制了迪迦的发挥，但也让乌鸦人的数量优势难以展开。
乌鸦人头目反应极快，从翅膀上拔下几根坚硬的羽毛，如同飞刀般射向迪迦，迪迦灵活闪避，手刀精准劈出，将头目手中的缩小枪斩为两段。
头目见势不妙，企图启动飞船自毁装置与所有人同归于尽。迪迦一个迅猛的背摔，将其重重砸在控制台上，彻底破坏了自爆系统。
另一边，新城和崛井配合默契，用电击棒和特制捕获网制服了另外两名乌鸦人杂兵。
崛井迅速研究被破坏的缩小枪，找到了逆向能量开关。启动后，船舱内所有关押“劳工”的胶囊同时开启。
被缩小的人们瞬间恢复原状，争一也在其中。他恢复后第一件事，就是举起手机，用闪光灯对准被制服的外星人连连拍照：“可恶的外星人，证据确凿！”
丽娜也从胶囊中恢复，她第一时间扶起惊魂未定的争一，捡起他的滑板，护着他走出压抑的船舱。
少年看着丽娜肩上的绷带，哽咽着发誓：“我以后再也不深夜在外面乱跑了。”
迪迦将失去动力的海螺形飞船拖出地下，运至远海。在朝阳初升的海面上，迪迦发射掌心光箭，精准击穿了飞船的动力炉。轰隆巨响中，火球腾空，乌鸦人建立在地球的人口贩卖据点被彻底摧毁。
码头上，所有被解救的失踪者与闻讯赶来的家属紧紧相拥，喜极而泣。丽娜的肩膀缠着绷带，但脸上却带着疲惫而坚定的笑容，她对身边的队友们说：“自由不是空气，是理所当然的存在。它更像是火，一旦有人想熄灭它，我们就必须点燃更亮、更大的光去守护。”
大古倚靠着港口的栏杆，望着远处海面上渐渐消散的烟尘，又看了看身边沐浴在晨光中的丽娜，默默地点了点头。这一次，他们不仅拯救了无辜的生命，更扞卫了生而为“人”最基本的尊严与自由。
而迪迦在狭小空间内的等身战斗，也为他积累了宝贵的特殊环境作战经验。
深夜，一颗燃烧的“陨石”拖着尾焰划过天际，坠落在郊外的山林中，引发熊熊山火。tpc的监测系统立刻锁定异常。
次日清晨，新城和掘井驾驶飞燕一号前往调查，发现撞击坑周围有高温熔融痕迹，但并未找到预期中的陨石核心，反而在附近发现了奇怪的脚印和挣扎痕迹。
与此同时，在繁华的都市清晨，一名穿着奇特、神色惊慌的少女露西亚混在人群中。她动作轻盈得不似常人，轻松一跃便帮一个哭泣的小女孩取下了飞向天空的气球。
然而，当她不经意间望向街角时，瞳孔骤然收缩——一个面容阴鸷、眼神凶狠的男子正死死盯着她！那目光中充满了猎食者的残忍。露西亚吓得魂飞魄散，转身挤入人群，仓皇逃窜。
正在附近巡逻的丽娜和大古驾驶夏洛克车，大古的超常感知让他隐约捕捉到一声充满恐惧的尖叫。他立刻下车追寻，最终在一处废弃工地的角落，找到了被逼入绝境的露西亚。而那个追踪她的男子，也现出了原形——皮肤如同岩石般粗糙、头部狰狞、利爪森然的木珍星人。
木珍星人咆哮着扑向露西亚，利爪挥出，千钧一发之际，大古和丽娜及时赶到，海帕枪的激光逼退了木珍星人。怪兽见势不妙，迅速遁走。
惊魂未定的露西亚瘫倒在地，丽娜上前检查她的伤势，却发现她手臂伤口处流出的血液，竟然是绿色的。
“她不是地球人？”丽娜震惊道。
露西亚被带回tpc基地接受治疗和询问。面对宗方副队长和大古，她怯生生地用手势比划着自己的名字“露西亚”。但掘井带来的语言翻译机完全无法解析她的语言结构，沟通陷入僵局。
突然，露西亚仿佛感应到什么，剧烈地颤抖起来，脸上写满了极度的恐惧，她指着窗外远山的方向，发出急促而悲伤的音节。大古的脑海中同步闪过木珍星人追杀另一个模糊身影的画面。
“她是在求救，她还有同伴正在被追杀！”大古急切地解读道。露西亚用力点头，眼泪涌出，用简单的肢体语言确认了大古的猜测。
另一边，山林中，露西亚的同伴——年轻男子扎拉，正凭借远超地球人的敏捷身手，在陡峭的岩壁和茂密的林间亡命奔逃，身后是紧追不舍的木珍星人猎杀者。
苏小蕊通过能量追踪锁定了扎拉的位置。“正木，该你出手了，速战速决，救人要紧。”她对身旁的正木敬吾说道。
正木敬吾点头，瞬间变身阿基雷斯奥特曼等身大小，如同蓝色闪电般切入战场，利用超高速和精准打击，偷袭并迅速制服了那个木珍星人，救下了精疲力尽的扎拉。
几乎在同一时间，tpc基地甲板上，露西亚手腕上那个类似镣铐的装置发出急促闪烁。她感应到同伴危在旦夕，不顾一切地冲向栏杆，想要跳下去营救。大古凭借直觉预感到她的行动，及时赶到阻拦。
“露西亚，别冲动，我们一定会救你的同伴。”
就在这时，苏小蕊和恢复人形的正木敬吾带着扎拉回到了基地。姐弟重逢，露西亚瞬间扑过去紧紧抱住弟弟，泪水涟涟，情绪终于崩溃后是巨大的安心。
然而，危机并未解除，木珍星人的飞船侦测到猎杀失败，恼羞成怒，直接飞临tpc基地上空，巨大的飞船投射下恐怖的阴影，开始对基地进行攻击！
“飞燕号，出击！”居间惠队长果断下令。
飞燕一号和二号升空，与宇宙飞船展开激战。在GUtS的猛烈火力下，飞船受损，最后木珍星人驾驶员在飞船爆炸前弹射而出，并在半空中巨大化，变成凶恶的怪兽形态，开始破坏城市！
“混蛋！”大古看着木珍星人践踏城市、伤害无辜，怒火中烧。他驾驶飞燕号迎着炮火冲锋，在险象环生中找准机会，于光芒中变身。
迪迦奥特曼降临，与木珍星人展开激战，木珍星人极其狡猾凶残，迪迦在复合形态下难以迅速取胜。
想到露西亚姐弟的遭遇和木珍星人以狩猎为乐的残忍本性，大古心中正义之火燃烧，果断切换至强力型。
赤红色的巨人以压倒性的力量彻底碾压木珍星人，最终以一记炽热的迪拉修姆光流将其彻底消灭！
观战的苏小蕊看着迪迦强力型的狂暴输出，心中毫无异议：“这种以猎杀其他智慧生命为乐的宇宙渣滓，确实该用最直接的力量碾碎。”
战斗结束，和平再现。掘井队员加班加点，终于成功研制出能够翻译露西亚和扎拉语言的设备。
在tpc的接待室，大古通过翻译器，温和地向姐弟俩发出邀请：“木珍星人的威胁已经解除。你们愿意留在地球生活吗？tpc会为你们提供安全的住所和一切生活所需。”
他想了想，又补充了一个很实际的问题：“呃，方便告诉我们，你们喜欢吃什么吗？我们好准备。”
露西亚和扎拉对视一眼，经过翻译器的交流，他们知道了是迪迦（大古）和苏小蕊等人救了他们。
露西亚尤其感知到大古身上温暖的光之气息。姐弟俩眼中充满感激，用力点头。露西亚通过翻译器回答：“我们愿意留下。感谢你们，我们的食物和你们类似，但需要更多光合作用辅助。”
就这样，一对来自外星系的姐弟，在地球找到了新的家园。他们的到来，也让GUtS的队员们更加坚定了守护所有和平生命的信念。
而木珍星人事件，也作为宇宙黑暗森林法则的一个残酷案例，被载入了tpc的档案，提醒着人类，在浩瀚星海中，既要有开放的胸怀，也要有守护善良与和平的决心。