永恒音乐学院的警报声撕裂寂静，穹顶的星轨图突然渗出墨色裂纹，将新生的银河分割成无数个扭曲的镜面。洛伦手中的量子留声机剧烈震颤，黑雾凝结成的字迹在空中不断增殖，最终化作满室游走的黑色音符，每个音符都发出指甲刮擦金属的刺耳声响。波奇的画布彻底被黑色液体淹没，唯有中央浮现出一双泛着猩红光泽的竖瞳，正透过颜料的漩涡凝视着现实世界。
「是共鸣污染！」艾蕾娅的传承法典自动悬浮，书页间迸发的星图被染成深灰，「我们净化的文明记忆中，混进了终末指挥家残留的意识碎片。」法典突然展开成竖琴形状，弦上凝结的黑色晶体开始吞噬周围的光明，将大厅笼罩在绝对的黑暗里。塞恩紧急启动方舟的应急照明，光束穿透黑暗时，众人惊恐地发现墙壁上正在生长出音符状的肉瘤，每个肉瘤都在模仿他们的声音低语：「一切终将复归虚无。」
苏苏带领的地球守护者最先发现异常。古老遗迹中的乐器开始反向演奏，陶制竖琴发出的不再是悠扬旋律，而是孩童绝望的啜泣。他们收集的文明绝唱记忆碎片，此刻如同被诅咒的幽灵，在月光下组成巨大的丧幡。当第一片记忆碎片化作黑色飞蛾扑向守护者时，苏苏举起刻满图腾的陶笛，吹奏出记忆深处最温暖的童谣，飞蛾群在声波中化作点点星光消散，但她的瞳孔却泛起了不祥的暗紫色。
方舟的探测器捕捉到更令人不安的信号。暗物质云团中浮现的终末指挥家虚影，正在以文明火种为食。那些曾被净化的记忆音匣，如今成了连接现实与虚数空间的媒介，黑色液体顺着音匣的缝隙渗入银河，所到之处，新生的恒星开始坍缩成跳动的音符。塞恩调出航行日志，发现早在进入残响星域时，方舟的外壳就附着了纳米级的黑色晶体，它们正以音乐频率重组舰体结构。
洛伦决定兵分三路。他与艾蕾娅深入记忆音匣的核心，试图斩断终末意识的寄生链；塞恩留守方舟，用引擎的能量构建音波屏障；苏苏则带领地球守护者在现实世界收集纯净的文明记忆，编织对抗黑暗的「希望和弦」。临行前，洛伦将释怀之刃一分为二，刀柄处的火种共鸣器发出微弱的蓝光：「如果我们失败，这缕光就是文明最后的火种。」
当洛伦与艾蕾娅踏入记忆音匣的虚数空间，时间与空间的概念彻底崩塌。他们置身于无数个重叠的文明废墟中，每个场景都在上演终末时刻：机械文明的齿轮绞碎星辰，水生文明的歌谣溺毙太阳。终末指挥家的虚影从记忆的裂痕中浮现，这次它不再是具象的存在，而是化作由绝望与虚无构成的声波洪流，所到之处，连光都被扭曲成尖锐的哭嚎。
「你们以为篡改几个音符，就能改变宇宙的宿命？」终末意识的声音在每个角落回荡，「文明就像走调的乐章，唯有毁灭才是最完美的休止符。」艾蕾娅的传承法典在声波冲击下寸寸崩裂，化作漫天飘散的乐谱。洛伦握紧半把释怀之刃，刀刃与黑色音符碰撞时，溅起的火花竟是孩子们的笑脸——那是苏苏在地球上收集的最纯粹的记忆。
与此同时，塞恩在方舟上陷入苦战。舰体的金属开始演奏死亡进行曲，船员们的身体逐渐透明化，即将化作音符消散。他将自己的意识与引擎核心绑定，用机械义眼的数据洪流对抗声波侵蚀。当仪表盘显示能量即将耗尽时，他突然想起机械文明音柱中那幅孩童手绘的太阳，于是将所有能量注入引擎，让方舟发出一声响彻星域的、如同孩童欢笑般的鸣响。
苏苏在地球上的行动也遭遇阻碍。黑色飞蛾组成的风暴遮蔽天空，将城市变成寂静的坟场。但她没有退缩，带着守护者们深入雨林、沙漠，收集原始部落的祭祀歌谣、流浪诗人的即兴创作。当他们在极光下奏响「生命咏叹」时，被污染的记忆碎片突然产生共鸣，从黑色蜕变为璀璨的金色，在夜空中组成巨大的竖琴虚影。
在记忆音匣的最深处，洛伦与艾蕾娅终于找到了终末意识的核心——一颗跳动的黑色音符，里面封存着宇宙诞生以来所有文明的绝望。释怀之刃的蓝光与金色记忆竖琴的光芒同时射向核心，在两种力量的碰撞中，黑色音符轰然炸裂，释放出无数纯净的文明火种。终末指挥家的虚影发出不甘的尖啸，最终消散在新生的光芒中。
危机暂时解除，但代价惨重。苏苏的瞳孔永远留下了暗紫色的痕迹，塞恩的机械义眼失去了光泽，艾蕾娅的传承法典只剩下最后一页空白。洛伦将两半释怀之刃重新融合，刀柄处的火种共鸣器吸收了所有文明记忆，绽放出前所未有的璀璨光芒。他望着新生的银河，在星图上标记出一个新的坐标——那里，一座由记忆与希望构筑的「星歌灯塔」正在缓缓升起。