紫禁城的婚礼喜庆尚未褪去，边疆的紧张局势却如影随形。在漠西的荒漠中，准噶尔部的残余势力正在策划新的复仇行动。策妄阿拉布坦的副将扎尔肯特带着一队精锐骑兵，秘密潜入大清境内，目标直指科布多要塞。
科布多要塞是大清在漠西的重要军事据点，驻扎着数千精兵。扎尔肯特的计划是利用夜色掩护，偷袭要塞，夺取军械库，为策妄阿拉布坦的复缝始乱做准备。
就在准噶尔部的骑兵们悄然接近要塞时，要塞内的清军突然发起反击。火炮与火箭齐发，准噶尔骑兵们瞬间被打得人仰马翻。扎尔肯特大惊失色，正要指挥部队撤退，却被一名清军将领拦下。
“扎尔肯特，你也有今日！”清军将领的声音沉稳而有力，正是抚远大将军麾下的得力战将巴图。
原来，查继佐在漠西战场缴获的准噶尔文书，早已暴露了他们的行动计划。玄烨帝提前部署，在科布多要塞设下天罗地网，只待准噶尔部自投罗网。
与此同时，在紫禁城中，替身公主的密使也在暗中活动。她潜入御马监，与一名左脚微跛的把总接头，企图劫走被关押在宗人府的建宁党余孽。
“大人，建宁党在南方的势力虽被削弱，但只要我们控制了这些重要人犯，便能与准噶尔部形成南北夹击之势。”密使的声音低沉而急切，她手中的血色令旗在暗夜中闪烁着诡异的光芒。
“哼，你们建宁党真是不识时务。”御马监把总冷笑道，“准噶尔部在漠西已成强弩之末，你还想倚仗他们翻盘？”然而，他的眼神却在令旗映照下逐渐变得迷离。
“你……”密使刚要反应，一把匕首突然从暗处飞来，正中她的心口。密使捂着伤口踉跄后退，却见查继佐不知何时已站在门口，手中匕首仍在滴血。
“建宁党的余孽，到此为止。”查继佐的声音冷若冰霜，他身后跟着一队御林军，“圣上早有防备，你们的密令都是假的。”御马监把总见势不妙，转身欲逃，却被御林军当场拿下。
此时，在江南的韦小宝也收到天地会的密报，发现建宁党余孽在暗中联络东南沿海的海盗，企图在大清水师出海巡逻时发动突袭。
“这帮家伙真是不死心。”韦小宝拍案而起，立刻召集天地会的兄弟们，“我们这就去会会那些海盗，让他们知道韦香主的厉害。”
韦小宝带着人马连夜赶往福建沿海，与当地水师营配合。在月色掩护下，他们悄然登上海盗的旗舰。韦小宝利用自己的轻功优势，悄无声息地接近海盗头目，一把将其制伏。
“你们建宁党在海上也翻不起什么大浪。”韦小宝大喝一声，天地会的兄弟们一拥而上，将海盗们制服。福建水师随后赶来，将海盗船队尽数缴获。
随着准噶尔部的偷袭失败与建宁党余孽的再次受挫，大清的边疆与朝堂暂时恢复了平静。玄烨帝在御前会议上大加赞赏查继佐与韦小宝的功绩，并传令嘉奖各地配合行动的官员与将领。
然而，在这短暂的宁静之下，新的危机却在悄然酝酿。在科布多要塞的清军俘虏中，有一名准噶尔部的年轻贵族。他的身份极为特殊，竟是策妄阿拉布坦的亲侄，噶尔丹策零。
噶尔丹策零在被押送回京途中，突然暴毙于囚车之中。经御医查验，他是在饮下清军提供的茶水后中毒身亡。这一离奇事件立刻引发了朝堂上的轩然大波。
“圣上，准噶尔部必是有预谋地嫁祸我大清！”兵部尚书愤然奏道，“若不查明真相，我大清与准噶尔部的和谈将彻底破裂，漠西战事势必重燃！”
礼部侍郎却持不同意见：“依臣看，这或许是建宁党余孽的借刀杀人之计。他们企图利用准噶尔部，引动边疆烽火，分散圣上对南方的注意力。”
玄烨帝龙椅之上沉默良久，最终目光落在查继佐身上：“继佐，你曾在户部彻查建宁党账目，也熟悉准噶尔部的动静。朕命你前往科布多，查明噶尔丹策零之死的真相。”
查继佐领命，刚要退下，玄烨又补充道：“带上双儿，她的佛珠曾净化过建宁党的邪术，或许在调查中能派上用场。”
与此同时，韦小宝在江南收到密报，发现建宁党的密使竟与台湾的郑氏余党取得了联系。他们企图在东南沿海挑起战乱，趁机复辟明室。
“这帮家伙真是抱残守缺，不撞南墙不回头。”韦小宝立刻整装待发，准备前往台湾侦查。行前，他特地绕道京城，向查继佐通报情况。
“小宝，看来我大清的敌人这次是全面联手了。”查继佐望着地图上标注的漠西、江南、台湾三点，“建宁党、准噶尔部、郑氏余党，三方势力若真联合，恐生大变。”
双儿将佛珠轻置地图交叉点，蓝光闪过，三点竟同时泛起涟漪。查继佐倒抽冷气：“这是血玺余韵与准噶尔巫术的混合之力，他们要在这三个地方同时开启传送阵，恐怕有更大阴谋。”
韦小宝拍了拍腰间的匕首：“继佐哥，嫂子，我先去台湾查探郑氏余党的动静。你们在漠西小心行事，有情况随时联络。”三人对视一眼，皆从对方眼中看到了紧张与决意。
随着战鼓再次擂响，大清的铁骑与智囊们再次踏上征程。双儿紧握查继佐的手，韦小宝的笑声在风中回荡，新的传奇，正于这动荡的时局中徐徐展开。