终焉视界崩解后的第三十日，阿笠博士实验室的空气里仍残留着劫后余生的气息，却被量子共振监测仪突如其来的蜂鸣打破。灰原哀正俯身检查设备，银灰色的发丝垂落额前，仪器爆发出的蓝光瞬间将她笼罩。不同于以往刺耳的警报，这次的声音频率舒缓而诡异，像是远古文明的低语，又似深渊传来的召唤。全息投影中，宇宙星图的中心位置缓缓浮现出一个琥珀状结构，它散发着柔和却带着冷意的光晕，无数细小的金色丝线穿梭其中，宛如命运的脉络。每一根丝线都连接着不同的平行世界，有的丝线明亮耀眼，象征着繁荣与希望；有的丝线黯淡扭曲，预示着毁灭与绝望。而在琥珀核心，一颗暗紫色的种子正在缓慢脉动，每一次跳动都让整个结构微微震颤，仿佛在积蓄着足以颠覆一切的力量。
“这是...量子琥珀，”灰原哀的声音不自觉地发颤，她快速操作控制台，将影像放大到极限。镜片后的眼神充满警惕，倒映着琥珀中不断变幻的诡异景象，“暗紫色种子在吸收所有平行世界的可能性，而那些金色丝线...是被篡改的命运织机。黑衣组织恐怕是想借此掌控所有时空的走向。”话音未落，实验室的地面突然传来震动，墙壁上的设备开始疯狂闪烁，仿佛整个空间都在量子琥珀的力量下战栗。
现实世界再次被奇异征兆笼罩，仿佛一场新的末日序曲正在奏响。撒哈拉沙漠一夜之间被璀璨的量子水晶覆盖，那些水晶如同亿万颗眼睛，冷冷地注视着世界。每一块水晶中都封存着无数个被改写的历史片段：古埃及的金字塔在水晶中拔地而起又瞬间崩塌，罗马帝国的铁骑在水晶里冲锋陷阵却突然消散，现代都市的高楼在水晶中闪烁着科技光芒后化作废墟。威尼斯的水道开始逆流，原本温柔的河水变得狂暴，在空中凝结成巨大的命运齿轮。齿轮表面刻满了神秘的符文，每一次转动都伴随着时空的扭曲，某个现实世界就在这转动中无声消失，只留下淡淡的量子残影。
而在米花市，这座承载着无数故事的城市，正经历着命运的残酷玩弄。街道上的建筑表面浮现出细密的金色纹路，那些纹路如同活物般蠕动，逐渐覆盖整座城市。行人的影子变得透明而扭曲，仿佛正在被某种无形的力量拉扯、重塑。少年侦探团的通讯信号中，步美带着哭腔喊道：“柯南！我们的影子在不受控制地移动，好像要去某个地方！元太的影子已经飘到屋顶上了，怎么办？”光彦焦急的声音也随之传来：“这些影子的移动轨迹，好像和街道上的金色纹路有关！”
柯南的侦探徽章表面荆棘纹路泛起诡异的金光，滚烫的温度透过金属传递到掌心。他低头看着手腕上重新出现的暗紫色痕迹，这次的痕迹呈现出与之前截然不同的流动形态，仿佛是某种未知力量在体内游走。国际刑警组织传来的绝密情报显示，全球顶尖的量子物理学家在失踪前，都在研究同一份神秘图纸——图纸上描绘着一个能将所有平行世界压缩成单一实体的装置，而图纸的角落，赫然印着黑衣组织那令人不寒而栗的标志。“他们要利用量子琥珀，将多元宇宙的可能性彻底固化，”柯南盯着情报，眼神凝重而坚定，“创造出一个由他们完全掌控的‘绝对现实’。我们绝不能让他们得逞。”
两人没有丝毫犹豫，驾驶经过量子琥珀能量适配改造的“破晓号”穿梭舰，向着宇宙中心进发。穿梭舰启动的瞬间，引擎喷射出五彩斑斓的光芒，划破大气层，直冲云霄。穿越维度夹层时，舷窗外的景象如同被重新上色的梦境，却又暗藏危机。恒星变成跳动的音符，发出空灵而诡异的声响；行星化作旋转的骰子，每一面都刻着不同的命运符号；时间线则幻化成交织的琴弦，每一次拨动都奏响不同的命运旋律，有的旋律欢快明亮，有的旋律悲伤低沉。
灰原哀的监测仪显示，穿梭舰正在与量子琥珀产生共振，但这种共振却在逐渐消耗着舰体的生命力。金属外壳开始出现水晶化的迹象，那些晶莹的晶体从边缘向中心蔓延，仿佛是死亡的触角在侵蚀着穿梭舰。每一次震动都让人心惊胆战，警报声此起彼伏，仿佛在宣告着末日的临近。
当穿梭舰抵达量子琥珀所在的维度，眼前的景象令人震撼而恐惧。琥珀结构足有星系般大小，表面流转着无数个平行世界的缩影，那些世界在琥珀中闪烁、湮灭，如同脆弱的泡沫。而在琥珀核心，黑衣组织首领的残意识与暗紫色种子融合，形成一个巨大的人形轮廓。他的身体由金色丝线与暗紫色能量交织而成，脸上挂着扭曲的笑容，眼神中充满了疯狂与贪婪。“雪莉，名侦探，欢迎来到命运的终局，”首领的声音如同千万个命运丝线的震颤，在虚空中回荡，“量子琥珀将成为囚禁所有可能性的牢笼，而我，将成为唯一的编织者。你们的反抗，不过是徒劳。”
柯南射出量子足球，试图打破这绝望的局面，然而球体在接触琥珀表面的瞬间被分解成无数个命运片段。每个片段都展现出不同的绝望结局：有的片段中，他们被金色丝线绞杀；有的片段里，世界在暗紫色种子的侵蚀下彻底毁灭；还有的片段，他们永远被困在量子琥珀中，成为命运织机的一部分。灰原哀启动升级版曙光方程式，设备表面的晶体迸发出耀眼的光芒，但装置的能量被金色丝线吸收，反而加速了量子琥珀的固化进程。希望在一点点消逝，绝望如同潮水般涌上心头。
千钧一发之际，灰原哀突然感受到量子圣树传来的微弱共鸣——在琥珀的缝隙中，藏着一片由人类信念凝聚而成的“希望之羽”。那羽毛散发着温暖而坚定的光芒，仿佛是黑暗中的一盏明灯。与此同时，地球上的“希望灯塔”计划迎来最终考验。全球人类将意识同步，从白发苍苍的老人到牙牙学语的孩童，每个人都将自己的记忆、情感与信念化作金色的剪刀。这些剪刀闪烁着光芒，带着人类对自由和希望的渴望，试图剪断命运织机的丝线。
少年侦探团带领所有儿童，将最纯粹的想象注入“希望之羽”，使其绽放出耀眼的光芒。自闭症少年的思维再次突破界限，在虚数空间构建出能扰乱命运织机的“混沌之网”。那网络错综复杂，充满了无限的可能，仿佛是命运的克星。
在量子琥珀内部，柯南和灰原哀将希望之羽与混沌之网、曙光方程式融合，一道璀璨的光芒迸发而出。光芒所到之处，金色丝线纷纷崩断，发出清脆的断裂声；暗紫色种子开始剧烈颤抖，仿佛在恐惧中挣扎。被囚禁的平行世界意识化作希望的风暴，冲击着琥珀的核心。无数被压抑的可能性在风暴中苏醒，汇聚成一股不可阻挡的力量。
黑衣组织首领发出愤怒的嘶吼，他的身体在光芒中逐渐崩解，化作无数碎片。但在消散前，他将最后的力量注入暗紫色种子：“你们永远无法逃脱命运的掌控！”随着一声响彻所有维度的轰鸣，量子琥珀开始逆向瓦解。强大的冲击波向四周扩散，将黑暗与邪恶彻底驱散。
当穿梭舰重返现实，米花市的天空恢复了平静，阳光洒在街道上，给人一种劫后余生的温暖。量子圣树的枝叶间闪烁着全新的希望，那些叶子随风摇曳，仿佛在诉说着新生。但灰原哀知道，暗紫色种子并未彻底消失，在宇宙的某个角落，它仍在等待着卷土重来的时机。柯南握紧侦探徽章，望向远方，眼神坚定而明亮：“只要还有追寻自由的意志，我们就会继续守护每一种可能。无论前方还有多少艰难险阻，我们都不会退缩。”而在维度的裂缝深处，一个由金色丝线与暗紫色能量交织的身影正在凝聚，散发着危险的气息。新一轮关乎所有平行世界命运的战斗，即将拉开帷幕，一场新的危机，正在黑暗中悄然酝酿，等待着柯南、灰原哀和所有守护者去面对。