地球重归宁静后的第七个满月夜，清冷的月光如纱般笼罩着米花市，街道上的霓虹与月色交织，营造出一种虚假的祥和。然而，在阿笠博士实验室的地下深处，一场新的危机正在悄然逼近。灰原哀如往常一样专注地调试着量子引力波探测器，银灰色的发丝垂落在仪器面板上，随着她的动作轻轻晃动。突然，探测器发出一阵尖锐的蜂鸣，打破了深夜的寂静，红色警报灯疯狂闪烁，仿佛在为即将到来的灾难预警。
全息星图瞬间被激活，原本漆黑的猎户座旋臂深处，一座巨型结构缓缓浮现。那是一座由十二面体量子晶体构成的建筑，表面流转着绚丽的虹光，与黑衣组织标志性的紫色能量形成诡异共鸣。灰原哀的瞳孔微微收缩，她迅速放大图像，手指在虚拟键盘上飞速敲击。晶体缝隙间，机械齿轮与神经网络交织的构造清晰可见，金属的冷硬与数据流的灵动在此刻完美融合，却又透露出一种令人不寒而栗的邪恶气息。“那不是自然天体，”她的声音低沉而冰冷，带着一丝难以察觉的颤抖，“是能够改写宇宙常数的维度锚点。一旦它完全成型，整个宇宙的规则都将被改写。”
几乎同一时间，柯南的侦探徽章发出急促的震动，国际刑警组织的紧急通报以加密全息投影的形式显现。画面中，全球顶尖物理学家的照片依次闪过，他们的面容带着最后的惊恐与疑惑。通报显示，这些科学家陆续失踪，而他们最后出现的地点都残留着量子跃迁的痕迹。那些痕迹如同恶魔的爪印，昭示着黑衣组织的邪恶行径。柯南的眼神瞬间变得锐利，他推了推眼镜，镜片后的目光仿佛能穿透黑暗：“黑衣组织正在将现实世界的智慧纳入维度锚点的建造，那些科学家的意识很可能已被转化为维持锚点运转的量子燃料。我们必须阻止他们！”
特制的量子穿梭机再度从秘密基地启航，机身在启动的瞬间喷射出幽蓝色的量子火焰，划破夜空，如同一颗流星朝着银河系边缘疾驰而去。穿越虫洞时，舷窗外的景象变得扭曲而诡异，星辰不再是熟悉的模样，而是扭曲成克莱因瓶形状，仿佛空间在这里失去了原有的秩序。舱内的时间流速开始紊乱，钟表的指针时而快进，时而倒退，仪表盘上的数据疯狂跳动。灰原哀的银发无风自动，她紧盯着监测仪，苍白的脸上写满凝重。仪器显示他们正以超越光速的虚数速度前进，而导航系统里母亲留下的量子算法，此刻竟浮现出倒计时界面——距离维度锚点完全成型，只剩72小时。每一秒的流逝，都像是死神的脚步声，催促着他们与时间赛跑。
终于，目标星域出现在眼前。一座遮天蔽日的量子要塞悬浮在星云中央，十二面体结构的表面裂开无数缝隙，吞吐着如银河般的数据流。那些数据流闪烁着诡异的光芒，仿佛是要塞的脉搏，维系着它的邪恶生命。穿梭机刚靠近，便被一股无形的力量吸入要塞内部，仿佛是巨兽张开的血盆大口，将猎物吞噬。通道两侧的墙壁上，被困科学家的意识以量子态封印，他们的面容在数据流中痛苦扭曲，眼神却透露出对生的渴望。那一双双眼睛，像是在黑暗中闪烁的烛光，微弱却坚定地诉说着求生的意志。
“欢迎来到宇宙的宿命轮回，”黑衣组织首领的声音从四面八方涌来，如同恶魔的低语，充满了蛊惑与威胁。要塞的核心区域缓缓升起，首领的实体在量子乱流中若隐若现，他的身躯已与维度锚点的能量场完全融合，皮肤下流动着紫色的能量纹路，仿佛是恶魔的血管。“当十二面体完成最后一次折叠，所有平行宇宙的时间线将被重置，人类将成为维持新宇宙运转的燃料。你们的抵抗，不过是螳臂当车！”
柯南毫不犹豫地发射量子足球，试图攻击首领，然而球体在接触能量场的瞬间，竟沿着时间线逆向回到了他未踢出的状态。这违背常理的一幕，让人心生绝望。灰原哀迅速启动记忆锚定器，却看到了更加可怕的景象——自己的意识在无数平行世界中同时苏醒。有的世界里她从未服下Aptx4869，过着原本的生活；有的世界中柯南早已恢复成工藤新一，与小兰幸福地生活在一起；而更多的世界，正被维度锚点的力量撕裂成量子尘埃，无数生命在痛苦中消逝。
千钧一发之际，少年侦探团的徽章在地球发出强光。光彦联合全球黑客，将人类文明的所有知识与情感编码成量子信号，那些信号承载着人类的智慧、勇气与爱；元太和步美带领民众组成人链，手拉手，心连心，用信念在现实世界与维度锚点间搭建意识桥梁。这些由集体意识凝聚的金色洪流，如同一道道反物质箭矢，带着破釜沉舟的决心，射向要塞核心。金色与紫色的光芒在虚空中激烈碰撞，仿佛是光明与黑暗的终极对决。
在意识与维度力量的碰撞中，灰原哀突然读懂了母亲算法的深意。她的眼前浮现出母亲温柔而坚定的面容，那些曾经晦涩难懂的公式，此刻在她脑海中变得清晰无比。她将记忆锚定器与柯南的侦探徽章相连，两人的意识顺着量子信标回溯到黑衣组织诞生的起点。在那个充满化学药剂气味的实验室里，年轻的宫野艾莲娜正在记录一项禁忌实验。她早已预见组织的疯狂，因此在所有研究中埋下了自我毁灭的量子密钥，那是她留给世界的最后希望。
“就是现在！”柯南和灰原哀异口同声地喊道。他们将密钥注入维度锚点的核心，仿佛是将利剑刺入恶魔的心脏。十二面体结构开始逆向拆解，耀眼的光芒从核心处迸发，被封印的科学家意识如流星般四散飞出，他们重获自由的欢呼声响彻整个星域。黑衣组织首领发出不甘的怒吼，他的身体在量子风暴中崩解成无数记忆碎片，随着要塞的崩塌，整个星域爆发出超新星般的光芒，将维度锚点的威胁彻底抹去。
当穿梭机重返地球，黎明的阳光洒在废墟上，为这片饱经磨难的土地镀上一层金色的光辉。灰原哀检测到宇宙各处残留的量子波动正在平息，但在更遥远的维度间隙，隐约传来齿轮转动的声响，仿佛是恶魔的笑声，预示着新的危机。柯南握紧拳头，望向重新湛蓝的天空，眼神坚定如钢：“只要还有守护的信念，无论敌人藏在哪个维度，我们都不会退缩。因为我们是正义的守护者，是光明的使者！”而在虚数空间的褶皱里，一双新的猩红瞳孔正在凝聚，新一轮的量子博弈，已然拉开序幕，等待着柯南和他的伙伴们去迎接新的挑战。