米花市在看似平静的表象下，潜藏着令人不安的暗流。重新回归日常的第三天清晨，薄雾如轻纱般笼罩着街道，给这座城市增添了一层朦胧的神秘感。少年侦探团的孩子们在公园嬉戏玩耍，欢笑声回荡在空气中。元太正专注地玩着手机游戏，突然，他的脸色变得惨白，指着手机屏幕惊呼起来：“我的游戏存档怎么全没了！还出现了奇怪的代码！”他的声音中充满了惊恐和不解。步美和光彦立刻围拢过来，只见原本色彩鲜艳、充满童趣的游戏画面里，密密麻麻的黑色代码如潮水般涌来，它们如同活物般蠕动着，相互交织缠绕，最终组成了一张诡谲的笑脸，那笑容仿佛带着无尽的恶意，让人不寒而栗。
同一时间，阿笠博士的实验室里，尖锐的警报声骤然响起，打破了原本的宁静。灰原哀猛地抬起头，银灰色的发丝随之晃动。她快步走到监控屏幕前，眼神中充满了警惕和凝重。屏幕上，全市的网络系统正遭受着前所未有的猛烈攻击。这些攻击不同于以往的任何病毒，它们以量子态的形式存在，如同幽灵般在数据的海洋中穿梭自如，难以捉摸。“这些数据的波动模式...和镜域里的量子装置产生的频率惊人相似。”灰原哀喃喃自语，她的指尖在键盘上快速敲击，试图追踪这些神秘攻击的源头。但每一次即将接近真相时，线索就如同幻影般消失，仿佛有一双无形的手在刻意阻挠她的调查。
此时的柯南正在调查元太等人的手机异常情况。他将侦探徽章与灰原哀的系统连接，希望能从海量的数据中找到蛛丝马迹。突然，侦探徽章表面泛起一层诡异的蓝光，如同被某种神秘力量唤醒。“灰原，这些数据攻击似乎在针对特定人群，目前出现异常的都是和我们接触频繁的人。”柯南的语气中透着浓浓的警惕，他意识到，这绝不是一场普通的网络攻击，背后必然隐藏着黑衣组织不可告人的阴谋。
就在柯南和灰原哀交换信息的同时，毛利侦探事务所的电话突然响起，刺耳的铃声在寂静的房间里格外响亮。小兰接起电话，听筒里先是传来一阵刺耳的电流声，仿佛有无数只虫子在啃食着通讯线路。随后，一段扭曲的机械音从电话那头传来：“准备好迎接真正的恐惧了吗？”小兰还没来得及回应，整个事务所的电子设备同时亮起刺目的紫光。电视屏幕、电脑显示器、手机屏幕，所有的画面都被替换成了无数只眼睛，那些眼睛和镜域中出现的一模一样，它们仿佛在注视着房间里的每一个角落，让人不寒而栗。
柯南和灰原哀迅速赶到事务所。灰原哀拿出便携式量子检测仪，开始对整栋大楼的网络进行全面检测。很快，她就发现了可怕的真相：整个大楼的网络已被一种未知的量子协议接管，那些看不见的数据如同无形的触手，渗透到每一个角落。“这些数据在构建意识连接通道，它们正在试图侵入人类的思维领域。”灰原哀脸色凝重地说道。她突然想起之前在镜域废墟中发现的黑色芯片上的警告——数据幽灵已寄生。此刻，她终于明白，黑衣组织的阴谋远比他们想象的更加可怕。
与此同时，城市的各个角落都出现了令人毛骨悚然的异常现象。地铁站的电子屏幕不再显示正常的列车信息，而是循环播放着人们内心深处最恐惧的画面：有人看到自己被怪物追逐，有人目睹亲人离自己而去，尖叫声和哭泣声在空旷的地铁站里回荡。医院的生命监测仪也陷入了混乱，屏幕上显示出不存在的病患数据，原本安静的病房变得人心惶惶。就连平日里井然有序的交通信号灯，都开始按照诡异的节奏闪烁，车辆在路口混乱地行驶，交通事故频发，城市的秩序正在被一点点瓦解。
柯南意识到，这是黑衣组织新的阴谋。他们利用上次镜域事件残留的量子痕迹，在城市网络深处培育出了“数据幽灵”。这些幽灵如同寄生虫，在网络的黑暗角落不断繁殖、蚕食，试图找到进入人类意识的突破口。一旦让它们得逞，后果将不堪设想。
“我们需要找到这些数据幽灵的核心控制节点。”柯南对灰原哀说道，眼神中充满了坚定，“就像上次打破镜域一样，只要摧毁核心，就能瓦解它们的攻势。”但这次的情况显然更加棘手，因为数据幽灵并非实体，而是以量子态存在于网络暗网之中，看不见、摸不着，想要找到它们的核心控制节点，无异于大海捞针。
灰原哀开始全身心地分析收集到的数据，她的大脑飞速运转，试图从复杂的数据中找到规律。终于，她发现这些数据幽灵的活动规律与人类的脑电波频率存在某种神秘的共鸣。“他们在利用量子纠缠原理，将数据幽灵与人类意识绑定。一旦完成同步，这些幽灵就能直接入侵人类的思维。”灰原哀的声音里带着一丝焦虑。她深知，人类的意识一旦被入侵，就如同打开了潘多拉魔盒，后果将无法想象。
柯南突然想到，既然数据幽灵与意识有关，那么或许可以利用人类的意识反制它们。“灰原，还记得上次我们是用真实情感打破镜域的吗？这次我们或许也能利用人类意识的力量。”柯南眼中闪过一丝光芒，仿佛在黑暗中看到了一丝希望。
经过深入分析，灰原哀发现数据幽灵的核心节点隐藏在城市的主数据中心。那里是整个城市网络的心脏，储存着海量的数据和信息。柯南和灰原哀立刻动身赶往数据中心，然而，等待他们的是一场更加严峻的考验。数据中心早已被黑衣组织的量子防护系统层层包围，防护系统生成的虚拟屏障不断变幻，每个屏障上都投射出他们最害怕的场景：灰原哀看到姐姐宫野明美再次倒在血泊中，那熟悉的画面如同一把利刃，刺痛着她的心；柯南则目睹小兰被黑衣组织的子弹击中，鲜血染红了她的衣襟，这一幕让他几乎失去理智。
“别被幻象迷惑！”柯南大声提醒灰原哀，声音中带着坚定和鼓励，“这些都是假的！”他强忍着内心的痛苦和恐惧，举起足球，用力踢向屏障。足球撞击屏障的瞬间，产生了剧烈的量子震荡，屏障表面泛起层层涟漪。灰原哀趁机启动新研发的量子共振器，设备发出的金色波纹与柯南的足球力量相结合，如同两股强大的洪流，逐渐瓦解着防护屏障。
当屏障破碎的那一刻，数据中心内部的景象出现在他们眼前。中央服务器上，无数黑色数据如活物般涌动，它们相互交织，组成了一个巨大的量子核心。核心表面，上次发现的黑色芯片正在散发着诡异的紫光，显然是这一切的关键所在。
“动手！”柯南和灰原哀同时行动。柯南用足球再次撞击核心，强大的冲击力让核心表面出现了裂痕。灰原哀则将量子共振器的功率调到最大，金色的光芒如潮水般涌向量子核心。在双重攻击下，量子核心开始出现裂痕，黑色数据四处逃窜。但这些数据并没有消失，而是化作无数细小的“意识虫群”，它们如同饥饿的野兽，试图寻找新的宿主，继续完成黑衣组织的邪恶计划。
就在这千钧一发之际，少年侦探团的徽章突然亮起，元太、步美和光彦的声音从徽章中传来：“柯南！我们把大家召集起来了！”原来，在柯南之前的暗示下，少年侦探团发动了全市与他们有联系的人。此刻，无数人集中精神，用坚定的信念形成了一道无形的意识屏障。在人类意识的强大力量下，逃窜的意识虫群逐渐失去活性，它们的身体开始变得透明，最终消散在空中。量子核心彻底崩溃，黑色芯片也化为灰烬，这场危机似乎暂时得到了化解。
但灰原哀知道，黑衣组织绝不会就此罢手。她望着数据中心的废墟，眼神中充满了忧虑：“他们在测试新的技术，试图找到控制人类意识的方法。这次的事件只是更大阴谋的前奏。”柯南握紧拳头，眼神坚定地说道：“无论他们有什么阴谋，我们都会守护这座城市，守护大家的意识与现实。就算前方是万丈深渊，我们也绝不退缩！”
然而，在城市的某个黑暗角落，一双猩红的眼睛正注视着这一切。黑衣组织的新计划，才刚刚开始......