东京的樱花季本该是粉白交织的浪漫画卷，却被一场突如其来的电子风暴搅得支离破碎。电离空气在街道上空翻涌，漂浮的花瓣诡异地排列成六芒星图案，仿佛是恶魔在现实世界留下的咒印。灰原哀实验室里，警报器持续发出低沉的嗡鸣，仿佛一头濒死巨兽的喘息。全息屏幕上，残留的量子波动如紊乱的心电图般起伏不定，检测报告上“量子烙印扩散”的红色警示字样刺目得仿佛鲜血。灰原哀静静地抚过手腕处泛着微光的紫色纹路，那些纹路如同活物般，正沿着血管以肉眼可见的速度向心脏位置蔓延。
“这些烙印在吸收环境中的量子辐射。”灰原哀将检测仪贴在脖颈，仪器瞬间发出刺耳的蜂鸣，尖锐的声音仿佛要刺破耳膜，“更糟的是，它们似乎在与暗网残留意识建立新的连接。”她的声音冷静而克制，但微微颤抖的尾音还是泄露了内心的不安。话音未落，柯南的侦探徽章骤然升温，烫得几乎握不住。徽章投射出的不再是画面，而是无数重叠的紫色眼睛，那冰冷的目光仿佛来自不同平行宇宙的窥视，让人不寒而栗。
与此同时，在东京湾冰冷的海底深处，曾经被摧毁的量子蜂巢废墟突然泛起诡异的涟漪。无数细小的紫色晶体从残垣断壁中升起，在深海的黑暗中组成一个缓缓旋转的量子矩阵。首领消散前的低语在矩阵中回荡，那声音像是从时空的裂缝中钻出来的：“量子的回响永不消逝...当烙印共鸣之时...”随着矩阵的旋转，海底光缆重新亮起幽光，宛如一条条苏醒的巨蟒，将信号传向世界各地的黑暗角落。
五人小队再次紧急集结，却发现城市中出现了种种诡异现象。部分居民如同被操纵的提线木偶，无意识地在墙壁、地面绘制六芒星图腾，他们的瞳孔深处不时闪过一抹紫色，仿佛有另一个意识在他们体内苏醒。快斗伪装成街头艺人混入人群，指尖灵巧地翻动着魔术卡牌。然而，当卡牌接触到这些人的瞬间，竟自动吸附上一层诡异的紫色能量，仿佛被某种邪恶力量吸引。“这些人就像活的量子接收器，”快斗的声音低沉而严肃，“正在为某个未知计划充能。他们可能根本不知道自己在做什么。”
安室透与赤井秀一在警视厅的秘密数据库中发现了令人毛骨悚然的异常。所有与黑衣组织相关的案件档案，都被植入了隐藏的量子代码。这些代码如同病毒，正在悄然篡改历史记录。“有人在篡改历史记录。”赤井秀一放大屏幕上的数据流，那些扭曲的代码仿佛在嘲笑他们的努力，“他们想让组织的存在从官方档案中彻底消失。等人们忘记了威胁，黑暗就会再次降临。”安室透调出卫星地图，数十个红点在全球重要城市的量子实验室亮起，如同恶魔散布在人间的棋子。
柯南与小兰在米花町的调查充满了危险。街道上的电子设备突然集体失控，监控摄像头投射出首领阴森的虚影，自动贩卖机吐出带有紫色纹路的硬币。当小兰试图用金色锁链破坏机器时，锁链却被一股无形的力量反方向缠绕，金色印记与紫色能量剧烈碰撞，在空气中炸出刺目的电火花，照亮了她紧绷的脸庞。
而此时，灰原哀独自留在实验室进行着一场危险的自我检测。她深吸一口气，将意识接入量子网络。刹那间，无数记忆碎片如汹涌的潮水般涌来——那些被封印在平行宇宙中的首领意识体，正通过她体内的量子烙印传递信息。“原来如此...”她猛地睁开眼，嘴角溢出的紫色血沫滴落在实验台上，宛如绽放的邪恶花朵，“这些烙印是他埋下的最后后手，当全球量子烙印同时激活，就能重启量子门。我们一直都在他的算计之中。”
在紧急会议上，灰原哀展示了这个令人震惊的发现。她的身体现在已经成为连接各个维度的量子节点，而遍布全球的量子烙印，正在构建一个庞大的共鸣网络。“我们必须在共鸣完成前，找到并摧毁所有烙印源。”她的声音冷静却带着一丝不易察觉的颤抖，“但这意味着我可能会成为敌人的目标。他们随时可能通过这些烙印控制我。”
柯南握紧徽章，眼神坚定得如同磐石：“我们一起保护你。这次，我们主动出击！无论前方有多少危险，我们都不会让你独自面对。”五人根据量子波动的轨迹，锁定了第一个目标——纽约的量子物理研究所。当他们抵达时，研究所的防护系统已经被紫色数据流攻破，大门敞开着，仿佛是恶魔张开的血盆大口。实验室中央，一个巨大的量子共鸣器正在运转，发出令人牙酸的嗡鸣，无数紫色光点悬浮在空中，组成与灰原哀体内相同的纹路，场面诡异而壮观。
战斗一触即发。紫色数据流瞬间凝结成机械守卫，它们行动敏捷，攻击附带的量子腐蚀效果极其恐怖。快斗甩出的魔术卡牌，在接触到守卫的瞬间就被分解成虚无，仿佛从未存在过。安室透与赤井秀一的特制子弹虽然能对守卫造成伤害，但这些机械守卫被击碎后立刻重组，仿佛拥有不死之身。小兰的金色锁链在汹涌的量子能量中艰难前行，金色印记在高强度对抗下开始出现裂痕，每一道裂痕都像是在她的心上划了一刀。
关键时刻，灰原哀凭借着惊人的洞察力，发现共鸣器的核心存在频率弱点。她咬了咬牙，冒险将自身的量子烙印与共鸣器同步。刹那间，紫色纹路在她的身体表面疯狂闪烁，仿佛有无数条毒蛇在皮肤下游走。“柯南，攻击那个频率波动最剧烈的位置！”她的声音因为痛苦而变得扭曲。柯南毫不犹豫地将侦探徽章的能量提升至极限，发射出一道金色的量子震荡波。当震荡波击中核心的瞬间，共鸣器产生剧烈爆炸，紫色光点如尘埃般四处飞散，巨大的冲击力将众人掀翻在地。
然而，就在众人松一口气时，灰原哀的身体突然不受控制地漂浮起来。她体内的紫色纹路发出刺目强光，与全球的量子烙印产生共鸣。首领那令人作呕的声音再次响起，仿佛从四面八方涌来：“欢迎加入量子的终局，我的...容器。”灰原哀的眼神逐渐被紫色覆盖，失去了往日的神采。而在世界各地，更多的量子烙印开始苏醒，一场更大的危机正在黑暗中悄然酝酿，如同暴风雨前的宁静，让人不寒而栗。