五天后，朱由渠在奉天殿对此次参与反叛的人员进行了处置。他并没有像之前想的那样，杀一批人以震慑宵小，而是直接没有动刀。张君泽和张君明两兄弟被贬为庶人，没收所有家产，归乡思过。秦历民和秦拱民也同样被贬为庶人，归乡反思。张氏和秦氏族人凡参与叛乱的人，削去一切官职和爵位，全部发配山西挖五年的煤。而朱慈炬被削去了燕王爵，发配美洲从军，朱慈熠也被削去了汉中王爵，发配塞浦路斯从军。在对一干人等做出处理后，朱由渠直接当朝宣布，立秦昀姝为皇后。因为他现在不用再顾忌什么了，也不想再迁就谁。
随后朱由渠又处理了一些民生问题，正准备散朝，此时孙焕之出列道：“陛下，臣年事已高，很多事情力不从心了，还望陛下准臣告老还乡。”朱由渠此时才发现，孙焕之鬓角的白发，憔悴的面容和早已经伸不直的脊背，看上去是那么的苍老。朱由渠赶紧走下台阶，扶了一把孙焕之：“孙卿，朕这些年就知道东征西讨，无暇顾及朝廷之事，多亏有孙卿替朕操持国事，如今你是该告老还乡了，回去安享晚年吧。你现在已经是公爵了，朕没什么可封的。这样吧，朕准许你的公爵世袭三代，你死后葬于朕的皇陵右侧，并配享太庙。”听完朱由渠的话，孙焕之已经泣不成声，随即跪地道：“陛下，臣何德何能得陛下如此垂爱，臣…”朱由渠赶紧将他扶起：“孙卿不必如此，这是你该有的殊荣，不过孙卿归养可以，但朕希望你留在南京，不要还乡了。第一，你的身体不允许长途跋涉，第二，你的家乡也没什么人了，就留在京城吧，朕还可以随时向你请教。”“喏！”随后朱由渠又看向了李岩道：“先生暂时先主持一下内阁的事务，待选出新的内阁首辅再说。”“喏！”说完朱由渠便牵着孙焕之的手走出了奉天殿，随后便带着他去自己的皇陵看了看，顺便告诉他他以后陪葬的地方。一路上孙焕之有时候笑的合不拢嘴，有时候又潸然泪下。作为臣子，他已经是位极人臣了，而且陛下还让他的爵位世袭三代，这可是违背祖制的。更让他激动的是死后配享太庙，这可是自古为官者的无上的荣誉啊。此时的他不知道是该哭还是该笑，反正跟随陛下，这辈子绝对没白活。
晚上回来后，朱由渠便去了坤宁宫，俩小子正在跟秦昀姝道别，见朱由渠来了，于是赶紧上前行礼。朱由渠长叹一声：“你俩此去要好好了解一下底层士兵的生活，过两年，朕会让你们去治理一方，你们一定要好好的体会民间的疾苦，了解这个国家的底层是怎么运行的。这样，你们才能成长，否则整天待在宫里，你们是长不大的。”“儿臣明白，父皇放心。”“对了，出去了不要用自己的真实名字，而是要用化名。除了当地的最高长官知道你们的身份外，不要让其他人知道你们是皇子。毕竟美洲和欧洲远离大明，不暴露身份可以保证你们的安全，同时又可以让你们体会到真正的底层生活。好了你们去准备准备吧，两天后出发。”“喏！”待两人走后，秦昀姝感觉鼻子陡然一阵酸，随后抱怨道：“这两个孩子，从小到大都没有出过远门，可现在要去那么远的地方，我这心里…”朱由渠拍了拍秦昀姝的肩膀安慰道：“孩子们都大了，应该让他们出去认识这个世界了，不然怎么能扛的住风雨了？炬儿都十九了，熠儿也十八了，朕在他们这个年龄，已经帅十万大军北征建奴和蒙古了。”这时朱幽燕从外面急匆匆跑了进来，向朱由渠和秦昀姝行礼后，气喘吁吁的说道：“父皇母后，听说两位哥哥要去从军了，我也想去，还望父皇母后恩准。”不待朱由渠开口，秦昀姝随即喝斥道：“你去干什么？你一个丫头不好好待在宫里，跑那么远干嘛？你以为当兵是件好玩儿的事吗？你…”秦昀姝还准备训斥，却被朱由渠给拦住了：“那你说说，你为什么要去当兵了？”朱幽燕看了眼秦昀姝然后对朱由渠道：“父皇，您不是说过，作为皇家的儿女就应该志在四方嘛。我想去大明的边关看看，感受一下大明的辽阔，体验一下底层士兵的生活。同时还能开阔眼界，看看异域风情。古人云，读万卷书，不如行万里路嘛。只有自己亲自去了，才能真实的感受到那里的风土人情。”看着这丫头自信的眼神，朱由渠笑道：“哈哈，你有这样的想法很好，但是你可要做好思想准备呀？这一路充满着艰辛与挑战，光过去都很难的。”“父皇放心，孩儿已经准备好了，只要父皇同意，我明天就可以出发。”“你…”秦昀姝此时真是气不打一处来，都想上去揪耳朵了。朱由渠赶紧拦着她道：“好了好了，你别生气了，孩子大了有自己的想法这很好。”“可她是女孩子，跑那么远干嘛？还去当兵，她以为当兵是闹着玩儿的？”“可你像她这个年纪，已经是白干军的后军副将了，而且还在战场上跟各种势力的军队厮杀，她怎么就不可以去当兵了？”“可是…”“好了，别可是了，让她去吧！出去锻炼几年，回来之后你会得到一个不一样的女儿。”见秦昀姝不再说话，朱由渠看向朱幽燕道：“那你是想跟哪位哥哥一起了，还是想一个人去个地方？”朱幽燕想了想：“这是第一次出远门，我就跟二哥去塞浦路斯吧，这样也有个照应。”“好，朕准了，你去准备准备，两天后跟你哥一起出发。”“喏！”说完朱幽燕便一蹦一跳的出去了。
待女儿走后秦昀姝有些生气的转过身去，然后抱怨道：“陛下非得将儿女们都弄走吗？儿子远走他乡也就算了，一个丫头您也要弄出去。”朱由渠有些无奈，但还是安慰道：“让她去塞浦路斯不是挺好吗？如果她喜欢，以后朕可以让她成为塞浦路斯丝路局的总督，让她为大明在海外发光发热，你的大明华服司以后也可以交给她，这样她就有了几代人都用之不尽的财富，这样难道不好吗？”“可她就在京城也没什么不好的呀。”“不，为了大明的皇亲国戚也必须自食其力了，将来皇帝绝对的权力将不复存在，即便是皇子都要自食其力，何况她一个公主了。所以，早些为她准备一份产业是很有必要的。”秦昀姝不解的问道：“陛下的意思是？”“朕要改变古往今来的帝制。”“啊！”见秦昀姝有些惊讶，朱由渠也不想解释，只是将秦昀姝给搂入了怀中。因为君主立宪制对于一个古人来说，三言两语是解释不清楚的。