多尔衮的猜测在多铎从前线送回来的折子里得到了验证，多尔衮立即传召满族的王公大臣们进行商讨，众王们一致同意撤军，这段时间他们的府库都已经堆满了从前线运回来的金银财宝，家里的包衣奴才们已经成群了，打这场仗的目的他们已经达成，所以再打下去的欲望也没有了，在得到众王和大臣们的一致意见后，多尔衮随即诏令阿济格和多铎除在前线部署少量满洲部队外，其余满汉八旗着即班师回朝。
在做好决定后，满清政权显示出了他作为一个新兴政权高效的行政效率，七月初十这天，多铎就已经收到了多尔衮发来的撤军之令，他再不耽误，随即召集诸将发布撤军令，并安排好诸将行军序次和路线。此次班师回京的都是满汉八旗，绿营不在其中，多铎下令安徽、湖北、江苏绿营诸部在满汉八旗大军撤走后，回师属地，各司其职，严守防区；
多铎还在南京建立满城，并于满城内部署了一个正蓝旗甲喇一千五百人，在多铎看来这一千五百人足可以抵五万绿营兵，这是长久以来征战得出来的自信，要知道他们真满洲打明军和顺军可是能以一敌百。
被留下来的甲喇章京叫百山，曾经是豪格的戈什哈，他对多铎的这个决定很不高兴，其他人都能回北京了，唯独他们这一甲喇不能回，这不是把他们正蓝旗当后娘养的吗？
虽然很不满，但是他也不敢反对，这是多铎下达的军令，你敢反对，他就敢砍了你，他们正蓝旗受豪格失势的影响，向来在八旗内受欺负，若是被多铎借抗拒军令的由头，将自己砍了可没有人来说情。
军令既下，诸军遂按照安排进行了回师的准备，他们高兴着收拾行装、整理军备，就连往日里让人叫苦不迭的炎热高温都仿佛消失了一般。
七月十五，大军正式班师回朝，满清大军浩浩荡荡的撤回了长江淮河以北，这支庞大的军队犹如一条巨龙，蜿蜒前行，气势磅礴。
而远在河南的阿济格大军也如同多铎大军一样，除了派遣平西王吴三桂的汉军旗继续征讨四川张献忠大西军外，其余各部全部班师回京。
到八月十日，最先返回京师的是多铎的东南大军，多尔衮对多铎大军给与了极大的荣耀，多尔衮带着福临小皇帝，亲自率领群臣出城十里迎接，道路两旁跪满了来给大军捧人场的京师百姓，满洲大兵们骑着高头大马趾高气扬地走过，旗帜飘扬，刀枪盔甲在阳光下闪烁着刺眼的光芒，向两旁的百姓们炫耀着清军的赫赫武功，令百姓们不敢抬头直视。
多尔衮在群臣簇拥下，高兴地迎接着多铎，多铎和其麾下将领隔老远就看见了摄政王，他们可不敢骑着大马来接受多尔衮的迎接（敢骑着大马让皇帝迎接的应该只有年大将军），多铎等人全部下马跪谢摄政王多尔衮的礼遇。
多铎被多尔衮扶起后，向摄政王和皇帝献上了他们最大的礼物——弘光皇帝朱由崧。一辆囚车上，朱由崧蓬头垢面的蜷缩在角落里，再也没有了往日作为皇帝的尊严和权势，此刻他如同砧板上的鱼肉，任人宰割。
小皇帝福临今天兴致很高，他看见囚车上的朱由崧后，兴奋的向摄政王多尔衮问道那是谁，多尔衮威严的声音中带有一丝得意，他很喜欢这个礼物，多尔衮向小福临回答道：“那是我大清的手下败将”。
随后又指着朱由崧教训顺治道：“福临，你若是不用心治国，也将是他的下场”，听了这话，小福临的兴致顿无。
随后多尔衮下令多铎全军大哺三天，并对有功将士一一铨叙功劳，多铎等将领磕头谢恩。
随着满清两路大军的撤军，激战一年的长江黄河两岸南北大地终于获得了短暂的和平，然而，在表面的平静之下，一场新的风暴正在悄然酝酿，各方势力都在暗中角力，试图在关键时刻谋取更多的利益。
清军的两路大军撤走后，清廷将大量的顺明降军编为了绿营部队，驻防各地新占领区，并派遣了满汉官员对占领区进行了治理，巩固和消化战果，以期将其彻底变为清廷治下。
清廷在湖北设置了湖广巡抚，治所位于武昌，以洪承畴的门生林天擎充任湖广巡抚治理湖北，并掌管湖北军政大权；以左梦庚为湖北绿营提督，统带五万绿营兵（为平衡实力，清廷对左部进行了裁军和分流）驻防湖北。
于安徽设置凤庐巡抚，治所凤阳，以刘应宾充任凤庐巡抚，掌管安徽军政大权，以刘良佐改任凤庐绿营提督，统带两万绿营兵驻防凤庐池太等州府；
在江苏设置江苏巡抚，将应天府（南京）更名为江宁府，治所江宁，以土国宾充任江苏巡抚，掌江苏军政大权，以原高杰部下李成栋为江苏绿营提督，统带江苏三万绿营兵驻防江宁、扬州、苏州等江苏州府。
清廷在湖北安徽江苏三省之地，屯绿营兵十万，并以少量满洲八旗进行督军，为的就是进一步压缩残明势力，为下一次南下做准备，以期彻底平定南方，统一天下。
清廷的布局使得湖南江西浙江成为了抗清的第一线，特别是朱聿键的长沙朝廷成为了首当其冲的政权，局势对朱聿键来说显得岌岌可危。
另外浙江福建两广云贵等地都对长沙朝廷阳奉阴违，企图另奉新主，就算是江西，朱聿键也没有百分百的实控，这还是多亏了内阁次辅、两江总督黄道周忠心可表，不愿内耗，最终选择了尊奉朱聿键为主，归附了长沙朝廷。
朱聿键于是加快了新政的脚步，他在何腾蛟的支持下，令堵胤锡以兵部尚书之尊，亲自整编军队，裁撤老弱、整顿空饷，最终得军一万人，并将这一万人命名为效国军，拱卫长沙；
在湖南改革税制，裁撤苛捐杂税、降低农税、增设商税等措施；
朱聿键还对投降清廷的罪官犯吏进行了抄家编录，在湖南江西两地共抄家所得八十万两白银，大大缓解了财政的压力。
一系列的新政举措，使得长沙朝廷的面貌焕然一新，与之前的弘光政权形成了鲜明对比，若非是如今的危难局面，朱聿键或可为大明朝的中兴之主。