奢崇明年老无能为，安邦彦亦乞抚，朱燮元闻于朝，许之，乃遣参将杨明辉往抚。朱燮元旋以父丧归，偏沅巡抚闵梦得来代。从中调度，控制五省。先是，贵州巡抚王瑊谓督臣移镇贵阳有十便，朝议从之。闵梦得乃陈用兵机宜，请自永宁始，次普市、摩泥、赤水，百五十里皆坦途，赤水有城可屯兵，进白岩、层台、毕节、大方仅二百余里。我既宿重兵，诸番交通之路绝，然后贵阳、遵义军克期进，贼必不能支。疏未报，闵梦得召还，代以尚书张鹤鸣，议遂寝。张鹤鸣未至，杨明辉奉制书，仅招抚安位，不云赦安邦彦。安邦彦怒，杀杨明辉，抚议由此绝。张鹤鸣视师年余，未尝一战，贼得养其锐。
黔兵攻匀哈、长田一带诸苗。黔中四面苗仲，而最狡悍者，无如匀哈。安邦彦初叛，围龙里、新添，皆籍其众。至是，数出没劫掠清平、新添地方，饷道为梗。平越知府会同都司张云鹏率兵攻摆沙大寨。摆沙居寨之中，距平越百余里，乘夜由间道掩袭破之。贼遁入箐，其中米积如山。次日，搜百里大山，移营牛场箐、保文鸾，攻瓮、岳等寨，复攻都匀城西南仲贼，八路会兵入箐，各有斩获。复攻江时、户西、高平、养古数十寨，斩首二千余级，扫荡二百余里。
崇祯元年秋九月，诏起朱燮元仍总督贵、湖、云、川、广五省军务，录前功，进少保，世荫锦衣指挥使。时寇乱久，里井萧条，贵阳民不及五百家，山谷悉苗仲。而将士多杀降报功，苗不附。朱燮元招流移，广开垦，募勇士；大方东倚播，北倚蔺，相为犄角。后播、蔺既平，贼惟恃乌撒为援，而毕节为四裔交通处。先是，王三善由贵阳陆广入大方。陆广至大方，百七十里，皆猡鬼巢窟，前可冲我，后可包我，左右可冲击我，王三善卒以失地利陷。
天启间，朱燮元建议滇兵出沾益，遏安效良应援，而别布天生桥、寻甸等，以绝其走。蜀兵临毕节，扼其交通四裔之路，而别出龙场岩后，以夺其险。黔兵由普定渡思腊河，径趋彦巢，而陆广、鸭池捣其虚，粤西出泗城，分兵策应，然后帅大军由遵义鼓行而前。寻以忧去，未及用。总督闵梦得继之，亦以贵州抵大方路险，而贼惟恃毕节一路外通，用兵宜从永宁始。自永宁而普市，而摩泥，而赤水，百五十里皆坦途。赤水有城郭可凭而守，宜结营于此。渐进渐逼四十里为白岩，六十里为层台，又六十里为毕节。
毕节至大方不及六十里，贼必并力来御，须以重兵扼之，断其四走之路。然后遵义、贵阳克期并进，亦不果用。至是，朱燮元再莅黔，乃激滇兵下乌撒，蜀兵出永宁、毕节，扼各路要害，而亲帅大军驻陆广，逼大方。
八月，奢崇明号大梁王，安邦彦号四裔大长老，歹费、小阿、乌继、阿鲜怯等各号元帅，悉力趋永宁，先犯赤水，谍知之。燮元授意守将许成名佯北，诱贼深入，度贼已抵永宁，分遣林兆鼎从三岔入，王国祯从陆广入，刘养鲲从遵义入，邦彦分兵四应，力不支，罗象乾复以奇兵绕出其背，急击之，贼大惊溃。奢崇明、安邦彦等皆被创，汉兵斩其首献，朱燮元不欲穷兵，乃移檄安位赦其罪，许其归附。而安位竖子不能自决，其群下复谋合溃兵拒我。
朱燮元乃大会诸将曰：“水西多山险，丛箐篁，蛮烟雨，莫辨昼夜，深入难出，以此多败。当与诸君扼其要害，四面迭攻，渐次荡除，使贼乏粮，将自毙。”于是焚蒙翳，剔岩穴，截溪流，发劲卒，驰骋百余里，或斩樵牧，或焚积聚，暮还归屯。贼益不能测，凡百余日，所得首功万余级，生口数万。每得向导，辄发窖粟就食，而贼饥甚。
刘养鲲遣其客入大方，烧其宫室，悬榜而出。安位大恐，乞降。朱燮元与约四事：一贬爵，一削水外六目之地归朝廷，一献杀王巡抚者首，一开毕节等驿路。安位皆受命，遂率土目纳款。朱燮元为奏请，诏许之。乃条陈便宜九事：“不设郡县，置军卫，不易其俗，土汉相安。便一。地益垦辟，聚落日烦，经界既正，土目不得以民不耕地渐侵轶。便二。黔地瘠，仰给于外，今自食其土，省转输之劳。便三。国用方匮，出太府金币劳诸将不足，以爵酬之爵轻，不若以地，于国无损。便四。既许世其土，各自立家，经久远，永为折冲。便五。大小相维，轻重相制，无事易以安，有事易以定。便六。训农治兵，耀武河上，使贼日备我。便七。从兵民便，愿耕者给之，且耕且戍，卫所自实，无勾军之累。便八。军耕抵饷，民耕输粮，以屯课耕，不拘其籍；以耕聚人，不世其伍，使各乐其业。便九。”崇祯帝认可其奏。
奢崇明以猓猡种据重庆，安邦彦以水西酋反贵州，盖苗俗叛服不常，乃其天性。而两家者，又倚为唇齿，时通姻娅，所谓同功一体之人也。乃谋乱之初，则奢先而安继；穷追之日，则奢败而安亡。覆辙相寻，合若符契，小丑坠宗，于人何尤焉。奢崇明阴鸷有谋，其子奢寅招纳亡命，一举而全蜀震动，剽锐莫当，宜非安邦彦所敢望也。然而安邦彦之师，尚堪持久，而奢崇明之众，旋即挫衄。又往往降于水西，投于安部者，则以安之地大而力盛也。
奢酋窃发，止蜀道一隅。而安酋转战，西通巴、棘，南压滇、黔，又合乌沾、安南诸部落，绵亘长驱，动摇数省，此之不戢，真江浙、荆楚之深忧也。以故恢荡之功，亦以平安为首，平奢次之。平奢者，秦良玉之夜袭两河，杜文焕之佛图夺垒，卢元卿之红崖积仗，其功不可泯也。平安者，王三善之奋斩十万，秦衍祚、侯良柱之夜拔三寨，张云鹏之八路进兵，许成名之三方深入，其功更不可泯也。乃奢崇明、安邦彦同时阵歼，奢寅淫横，内自相图。