在第二天的对战结束之后，第三天的课程是在研究所后院的湖泊中观察水系神奇宝贝。
因为整个组的人基本上都追随在武藏身边，天宇一个人反而还有些寂寞了。最后选了个波加曼，看了一下他在这里的生存环境，之后将波加曼的习性写下来，这方面可难不倒天宇这个联盟博士。
精灵：波加曼
属性：水
招式：冰冻之风（遗传）、水枪。。。
等级：17
特性：激流
资质：天王
不过这里的水系神奇宝贝资质还真不错，随便遇到的一只波加曼都有天王资质，而且这只波加曼是雌性还很会卖萌，天宇被她逗得合不拢嘴。
期间天宇看到小智他们好像跑过界了，本来想提醒他们，结果没拦住。不过武藏带着绿组的人过去的时候，天宇这一次顺利拦住了。考虑到越界可能会扣分，武藏及时停下了动作，改去其他地方调查水系神奇宝贝了。
在最后的报告环节，天宇讲的非常深奥，很多就连山梨博士的助手都听不懂，最后没有拿到太高的分数。这让天宇有些不能接受，但对方给出的理由是，他们后院的湖泊根本没有波加曼，所以他的报告才不合格，更让天宇不能接受了。
“不可能，我就是在湖泊中看到的波加曼，不信我带你们去看。”
说罢，天宇带着山梨博士和他的助手们来到了他发现波加曼的地方，在湖泊中呼喊波加曼的名字，果然有一只波加曼从湖泊中游了出来。
山梨博士的助手们见真的有波加曼出现在湖泊中，顿时吓了一跳，毕竟他们确实没有在湖泊中养过波加曼。
后来天宇用常磐之力和对方交流，得知对方确实不是研究所的波加曼，而是有一天在游泳的时候和家人走散了。之后波加曼在水中到处寻找家人却怎么也找不到家人的下落，之后便来到陆地寻找，结果也没有找到。
时间久了，波加曼便感觉到肚子饿了，之后误打误撞来到了这里。发现这里时不时会有人撒神奇宝贝食物，便悄摸摸留在了这里。
了解事情的经过后，天宇也为这孩子感到可怜。眼看对方不是研究所的神奇宝贝，天宇便有了收服的想法，于是便向她发出了邀请。
“那么波加曼，你愿不愿意做我的神奇宝贝，以后我照顾你。”
听到天宇的邀请，波加曼的确心动了。毕竟她不属于这里，在这里生活的神奇宝贝也不认识她，自然不愿意和她多交流，因此波加曼其实一直很孤独。
最终波加曼同意了天宇的邀请，天宇顺势丢出神奇宝贝球，成功收服了波加曼。
山梨博士的助手见状有些尴尬，本来他们还想将这只波加曼留下来的，毕竟这可是一只御三家。但天宇已经成功收服了，对方还是山梨博士看好的后辈，他们也不敢多说什么。
至于小智等人，他们越界去了一个洞穴里面，在里面看到了一只十分美丽的水系神奇宝贝，霓虹鱼。
而他们的研究报告也正是霓虹鱼，虽然报告写的很好，但因为他们擅自离开了湖边，最后每个人都被扣了四分。一番统计下来，三组的排名没有变化，但分数的差距已经被慢慢缩小了。
又经历了几天的课程之后，情况和天宇想象的一样，分数排名已经彻底逆转了。此时小智他们所在的红组拿到了第一名，而天宇所在的绿组掉到了最后一名。
接下来的一天晚上，山梨博士组织了试胆大会。整个场地都聚集着幽灵系神奇宝贝，主要是借此机会让他们学习如何正确的和幽灵系神奇宝贝接触。
规则是让每个班分成两人一组出发，拿到放在山顶遗迹里的奖牌，之后再回到校园里，根据每一组完成的时间长短进行打分。分组上小光很自然的找到了小智，天宇因为不能和天天组队，就拜托小刚帮忙照顾一下。
至于天宇所在的绿组，因为所有人都想和武藏组队，但所有人都不好意思和武藏组队，到最后反倒是无所谓的天宇和她组成了一队。
这个分组也是让天宇无语了，不过这样也好，他也能在这里面好好看着武藏，让她别想做什么坏事。
分组完成之后，众人便轮流开始出发了。武藏一路上都装做好害怕的样子，但天宇对此都没有任何反应，时间久了，武藏也感觉没什么意思，索性就保持沉默算了。
一路上他们一只幽灵系神奇宝贝都没有遇到，这也是正常的，毕竟天宇肩膀上有一只冠军巅峰，即将突破准神的梦妖，其他幽灵系神奇宝贝哪敢靠近，只敢在远处观望。
等天宇和武藏来到遗迹的位置后，很顺利的拿到了奖牌，就在两人准备回去的时候，天宇和梦妖突然听到了奇怪的声音。
“你怎么了，小鬼。。。不是，天宇君，你怎么不走了，人家好害怕。”
天宇没有理会武藏的装嫩，看了一眼肩膀上的梦妖，她也有同样的感觉。
“没什么，我感觉到一股很强大的气息，这里面说不定会有危险，你赶快回去将这件事报告给山梨博士，我先过去看看。”
听到天宇说有强大的气息，武藏怎么可能会乖乖回去，想到可能是什么厉害的神奇宝贝，那就不能放过了。
天宇来到他和梦妖察觉到气息的地方，此时见到了倒在地上的考平，身旁还有一只黑夜魔灵。
精灵：黑夜魔灵
属性：幽灵
招式：催眠术、影子拳。。。
等级：99
特性：压迫感
资质：三级神
“考平！”
见到晕过去的考平，天宇没有多想，让梦妖对着黑夜魔灵使出影子球，黑夜魔灵来不及解释便逃跑离开了。
此时武藏也赶了过来，眼见黑夜魔灵已经离开了，天宇只好先将考平送回校园，同时将这件事汇报给山梨博士。山梨博士听后也是一脸严肃，毕竟山上的幽灵系神奇宝贝都是他们研究所管理的，里面根本没有黑夜魔灵，也没有听说山上有野生的黑夜魔灵。
突然间，山梨博士像是想到了什么，严肃道。
“说起来，之前遗迹的挖掘工作中好像出了点事故，在石墙后面发现了一个洞穴，有人猜测那是不是传说中灵界的入口。”
听到这里，天宇回想起原着的剧情，黑夜魔灵是来保护众人的，真正危险的是一个小女孩。
“山梨博士，那个洞穴在哪？”
见天宇突然提到洞穴，山梨博士当即就指出了洞穴的位置，天宇带上自己的神奇宝贝连忙赶了过去。山梨博士见状，也安排助手先带学生回去，自己也跟了上去。