淡出了主线剧情的许扶摇隐匿在暗处，就像失去了翅膀的蝴蝶，不再干涉和影响这个世界的大势发展，甚至和贞德的联络都完全断绝了，毕竟他现在的身份是分离势力份子，叛军通缉犯，所以他虽然有着贞德的通讯频道，但他不敢接通任何通讯索性永久关闭了自己的通讯频道。外界以为他和杜库仍然是分离势力叛军的中流砥柱，而他们自己知道，共和国军也好，叛军也好，只不过是达斯.西迪厄斯的左手和右手罢了，一旦他们的行踪暴露，无论是共和国军还是叛军都将置他们于死地。
他在蛰伏，他在等待，他也在赌！
历史，不，剧情的车轮再次滚滚前行。
阿纳金和欧比旺营救了帕尔帕庭，期间大战格里弗斯将军和他的机器人卫队，终于夺得了舰船的控制权，赶走了格里弗斯将军，然后阿纳金发挥他的天赋操纵着百孔千疮的“无形之手号”迫降在科洛桑表面。最高议长的获救极大鼓舞了共和国军队和人民的士气，战争的天平开始倾斜。独立星系联邦舰队退守外环星域，在格里弗斯将军的领导下苦苦支撑，叛军的末日似乎就要到来。英明果决的最高议长帕尔帕廷命令绝地委员会和将军们加强进攻，拒绝分离势力提出的任何谈判请求。整个银河共和国上下齐心，以“宜将剩勇追穷寇”的无畏精神誓将一切分裂主义分子赶出银河！
叛军将军格里弗斯的下落被银河议会侦知，最高议长帕尔帕庭将这一情报通报给了绝地委员会并要求绝地委员会派出武士前往缉拿，他甚至指名道姓地要求将这一光荣而艰巨的任务交予天行者.阿纳金执行。但绝地委员会经过考虑却派出了欧比旺，是的，最高议长阁下对这个解救了自家性命的年轻绝地武士不遗余力的栽培让绝地委员会感到不安。就在前不久，这位最高议长阁下甚至推荐天行者.阿纳金进入绝地委员会！要知道千年来绝地委员成员更替都是绝地圣殿自己的事情，从来没有外人干涉过。然而最高议长权威日重，在共和国内部享有崇高的声誉，连绝地委员会也不得不妥协并虚与委蛇。但绝地委员会虽然迫于压力增补年轻的天行者.阿纳金为委员，却拒绝授予他绝地大师的称号，这使得阿纳金成为千年来第一个以普通绝地武士身份进入绝地委员会的人。对此，最高议长和阿纳金显然并不满意，阿纳金甚至当场发作，认为这是一种羞辱。
欧比旺秘密抵达尤塔帕星球，完美地执行了斩首任务。曾经在科洛桑凶名赫赫能令婴儿止哭的格里弗斯将军被欧比旺刺杀，成为了银河历史中的一粒尘埃。日暮西山的独立星系邦联的高层不得不秘密迁移到更安全的火山星--穆斯塔法星。
这期间，阿纳金在绝地委员会和帕尔帕庭之间动荡摇摆，他渐渐察觉了帕尔帕庭可能就是西斯尊主达斯.西迪厄斯的秘密，也在游疑摇摆间将这一情报报告了绝地委员会的温杜大师。却最终在温杜和帕尔帕庭的武力对决中再次摇摆，最终还是背叛了绝地议会，倒向了他的挚友，最高议长帕尔帕庭那边，甚至帮助帕尔帕庭斩杀了温杜大师。阿纳金拜倒在达斯.西迪厄斯脚下，成为西斯尊者的徒弟，赐名达斯.维达！
正担任克隆人大军指挥官在各个星系战争第一线奋战的绝地武士们忽然在同一时间遭到了来自己方部队的清洗杀戮！最高议长帕尔帕庭或者是西斯大帝达斯.西迪厄斯启动了“66号令”判定所有的绝地武士为叛国者，必须立即消灭。所谓66号令，是在卡米诺星生产克隆人士兵时，在生产环节就被物理植入克隆人体内的一枚生物芯片，这枚芯片和其他众多芯片一样被流水线植入克隆人体内，表面上的作用是协助和提升克隆人的平衡能力，但实际作用是让克隆人们能接收超远程指令启动并无条件执行指令命令。除了提供芯片的已故绝地大师西弗.迪亚斯，连生产克隆人的卡米诺人都不知道这个秘密。而这一秘密的源头，正是达斯.西迪厄斯！
因为66号令的突然发动，大批被投入战场的绝地武士被己方军队围歼，本来节节败退的独立邦联叛军得以苟延喘息。他们显然也被这一变故惊呆了，并不敢乘机反攻。整个战争陷入了诡异的停火状态，倒也带来了短暂的和平。
达索米尔星一处秘密基地内，一副光幕正在直播着科洛桑的一场庆典。这是一场盛大而匆忙的庆典，之所以匆忙，一来因为银河共和国和分离势力的战争还在对峙，二来因为银河议会宣布绝地圣殿背叛了共和国，虽然在银河议会的领导下迅速扑灭了绝地武士的叛乱但共和国损失重大，所以这场庆典十分简朴；之所以说盛大，因为这场庆典本身注定会被载入史册，在这场庆典之前，统治这片宇宙的是银河共和国，它的最高权力机构是银河议会，而在这场庆典之后，统治这片宇宙的不再是一个繁冗的议事决策机构，而是一个具体的人，最高议长，不，是皇帝陛下帕尔帕庭！银河共和国将改成——银河第一帝国！
透过光幕，帝国皇帝帕尔帕庭身着红色的华丽连帽长袍，慷慨激昂地宣布了绝地委员会渗透干涉政权，甚至企图秘密逮捕杀害最高议长的罪行，随后陈述了共和国当前的外忧内患，对外要积极筹备战争，对内要果断清洗绝地叛乱，而这非常时期，官僚低效的议会决策制度已经不能满足局势对快速反应高效决策的需求，因此在刚刚进行的最高议会表决中，以绝对多数通过了改组银河共和国为银河第一帝国的决议，而自己将就任帝国第一任皇帝！随着这一决定的宣布，直播现场响起了山呼海啸一般的掌声，科洛桑星球也陷入了欢腾，不时插播着各地观看直播人群欢呼沸腾的画面……
看着直播的许扶摇长舒一口气。他还没有收到任务失败，回归伊甸的提示！看来自己赌对了，阿纳金还没有完全滑入黑暗。任务，还有最后的机会！看着身边略显颓废的杜库伯爵，许扶摇有些神棍地说道“我们还有最后的机会，原力指引告诉我，穆斯塔法星，是这一切的终结之地，也是你我，最后的机会。”许扶摇敢这么赌，还是因为仔细琢磨了第三阶段任务提示，阻止黑武士诞生，原着剧情里，在阿纳金成为西斯武士后仍然被运气旺得一塌糊涂的欧比旺打败，只剩下躯干残肢，但欧比旺终于没忍心下手结果自己的徒弟，于是达斯.西迪厄斯救走了奄奄一息的阿纳金，用维生系统将其改造成黑武士。所以在许扶摇看来，只有阿纳金在结束改造带上黑武士面具那一刻（同一时间帕德梅难产而死，许扶摇一直奇怪都能做出剖星形这种黑科技了，竟然做不好剖宫产手术？）阶段任务才算是失败！