处理了这些事情后，朱载坖就开始和朱翊釴一道处理政务了，朱载坖现在有意识将一些比较简单的政务交给朱翊釴处理，让他见识一下朝廷，除了朱载坖安排的讲官进讲之外，基本上都是在文华殿陪同朱载坖一道处理政务，朱载坖对于朱翊釴还是比较满意的，朱翊釴接受了完整的太子教育。
申时行、王锡爵等人又都是非常不错的官员，朱翊釴对于朝廷的很多政务的看法还是不差的，但是朱翊釴在朱载坖看来有两大缺点，第一就是对于民间缺乏了解，他毕竟是长期生长在宫内的，对于民间百姓的生活是不了解的，第二就是眼界不够开阔，毕竟他从小接受的是讲官们的教导，对于海外之事，他是一向不知的。
朱载坖针对朱翊釴的这种情况，一方面让他每月到幼军去，多和基层的士卒们沟通，向他们询问民间百姓的生计，朱载坖给朱翊釴安排的任务是去向幼军中的基层士卒了解京师的物价如何，是否有波动，士卒们的军饷是否足够，另一方面让罗明坚等人编写有关西洋诸国的相关资料，送朱翊釴参阅。
起初朱翊釴对此并不上心，在朱翊釴看来，这些西洋诸国，不过都是些小国寡民罢了，怎么能够和大明相比呢？但是朱载坖直接反问道：“彼辈固然是小国寡民，但是彼辈远涉重洋，不远万里，染指南洋，不可虑乎？夫完颜阿骨打起兵之时，谁其料能吞辽灭宋？铁木真会盟诸部之时，谁其料能横扫中原？女真之兵，多于宋辽乎？蒙古之兵，多于宋金乎？”
面对朱载坖问题，朱翊釴确实无法回答，朱载坖说道：“太子，你是身系家国之重的人，大明的兴亡，就在你一念之间，他们是小国寡民，但是若是虎豹豺狼之国呢？要详审其行，再作决断，不可听信一面之词。”
对于朱载坖的教诲，朱翊釴看起来是听进去了，但是朱载坖很明显的知道，他是不太放在心上了，他缺少对于民间的了解，这是朱载坖最担心的事情，朱载坖于是决定让朱翊釴到地方去看看，同时看看这帮翰林们在地方干的如何。
朱载坖随即下诏，令太子朱翊釴代天巡视北直隶诸州县，京卫都指挥使兼领侍卫内大臣严绍庭随扈，朱载坖让朱翊釴去北直隶的乡村看看，实地了解他的师傅们在地方的施政情况，更重要的是了解民间的生计，知道百姓的生计之艰难。
对于朱载坖让朱翊釴去代天巡视的事情，杜太后和李皇后都有些不满，在她们看来，朱翊釴刚刚大婚，赶紧弄个孙子出来才是真的。
同时李皇后还向朱载坖提到一个问题，朱翊釴也已经大婚了，皇次子朱翊钧是不是应该为此选妃了，朱载坖当然知道李皇后的意思，一旦朱翊钧成婚，接下来的事情就是封王和就藩之国了，李皇后希望将朱翊钧打发出去，朱载坖当然明白李皇后的意思，但是朱载坖对于再分封藩王，是极为反感的，一位藩王就藩，不仅要耗费朝廷巨大的人力物力，还要给地方带来沉重的财政负担，所以朱载坖一直没有给朱翊钧封王，也就是出于这个考量。
但是现在李皇后提起，朱载坖不能不有所反应，朱载坖只得表示他思虑好了之后再作决定。
而严世蕃也来奏请，得益于西洋锯床的使用，镇、定二舰进展顺利，严世蕃预计到今年九月，两舰就可以下水了，严世蕃请求朱载坖驾临天津，观摩这艘大明现在最大的战舰。朱载坖御批，等下水时再上本奏请，同时要求严世蕃加快隆庆六年式燧发火铳的生产，现在每年能够交付官军的火铳，仅有五六千，朱载坖认为这远远不足官军使用，要想办法提升产量。
朱载坖正在处理这些事情，但是户部的一帮官员就开始闹起来了，因为朱载坖在之前的厘定官职的诏书中，并没有将提督海关衙门列入其中，很多户部官员认为，海关应该直接由户部管理，因为现在海关关税可是大明最大的现银收入来源，而朱载坖再之前的诏书中并没有将提督海关衙门给定下来，这绝不可能是朱载坖的疏忽，所以之前就有一帮户部官员上疏认为应该撤销提督海关衙门直接由户部管理。
而胡宗宪也以老病请辞，朱载坖批准了胡宗宪的请辞，加胡宗宪少保、兵部尚书赐驰驿护送回乡，同时任命原协理海关徐渭升兵部左侍郎兼户部左侍郎提督海关衙门，原辽东巡抚张学颜为右副都御史、协理海关衙门。
户部则继续上疏，认为海关乃是太仓财源，应当由户部直接管理，不必另设衙门，他们显然是会错了朱载坖的意思，朱载坖之所以没有在之前的诏书中将提督海关衙门列入，并非是因为朱载坖想将海关交给户部直接管理，而是因为朱载坖认为海关衙门实在是太过重要，朱载坖一时半会还没有想好应该怎么处理。
朱载坖也很清楚，提督海关衙门仅仅是一个临时机构，海关肯定是要设立一个朝廷正式机构加以管理的，但是怎么设立，职权范围多大，这些事情朱载坖还没有完全想好，海关并入户部是绝不可行的。
朱载坖召集内阁和六部重臣，商量有关海关的问题，海关的重要性自然是不言而喻的，现在海关关税已经是大明重要的财政来源，太仓赖以开支，所以户部认为，直接由户部管理海关是最为合适的。
兵部尚书汪道昆则认为，海关缉私，有大量业务都和兵部有关，户部能管，兵部也可以管啊，要知道现在提督海关大臣还兼着兵部左侍郎呢，所以汪道昆认为兵部也可以管海关，户部尚书刘体乾自然是不干的。
而朱载坖的想法则是设立专司予以管理，而且是和六部衙门平级的二品衙门。