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京都的夜晚,山中教授在阅读论文时,眼中则闪烁着不同的光芒。

他更关注这项发现对“理解并编程细胞”这一终极目标的启示。

他对SFR-1作为分子决策器的“双面人格”机制赞叹不已。

“这简直是大自然设计的天然逻辑门!”他在审稿意见中写道:“这项工作为合成生物学提供了全新的、源自生命内在智慧的‘元件库’。”

但他也提出:“作者是否考虑过,这种变构调控是否具有可设计性?例如,能否通过蛋白质工程改造SFR-1的变构界面,使其响应人工设计的小分子或光信号,从而实现对细胞内运输的人为精确操控?” 他将审稿提升到了“应用与设计”的更高维度。

作为ipS领域的先驱,他敏锐地联想到细胞重编程过程中的信号整合与命运决定。

“在细胞命运转变(如体细胞重编程)过程中,这个‘调度网络’的动态是否发生了重塑?其状态的改变是否是决定重编程效率的关键之一?” 他建议作者可以在讨论部分,就该项发现与细胞身份调控的潜在联系进行更深入的展望,这将极大拓宽论文的学术影响力。

山中的审稿意见充满了建设性,他不仅仅只是评审者,同时也像是一位思想上的共鸣者与引路人,指引着这项基础发现走向更广阔的应用天地。

......

而在斯坦福大学,法森特博士的审阅则完全沉浸在数据和代码的海洋里。

他要求《细胞》编辑部提供了论文中所有关键计算的补充方法细节、部分代表性模拟的输入参数文件、甚至部分自定义分析脚本的代码。

他仔细检查了模拟体系的构建是否合理,类如力场选择、水模型、离子浓度、膜脂组成等等。

模拟时间是否足以达到平衡并采集到统计显着的数据。

“微秒级模拟对于捕获这种构象变化是挑战性的。”他如是评价道:“作者需要提供更充分的收敛性分析数据如RmSd随时间变化、关键相互作用距离的分布等,以证明所观察到的构象变化是体系固有的性质,而非采样不足导致的假象。”

对于预测“影子网络”的数据模型,他提出了最尖锐的问题:“模型的训练数据集是什么?其架构和超参数选择依据为何?如何避免过拟合?更重要的是,模型做出的预测,哪些是基于数据中真实存在的模式,哪些可能是模型自身偏差产生的?”

他要求作者提供模型的可解释性分析,例如通过扰动输入数据,观察哪些特征对预测“影子网络”成员最关键,从而为这个发现的“网络”提供生物学上的合理性支撑。

法森特的审稿意见极其技术化,充满了公式和术语。

他的认可,是这篇论文计算部分可信度的“通行证”。

他的质疑,也同样直指交叉学科研究中最容易被传统生物学家诟病的软肋。

......

米国,加州。

布莱克本教授正待在家里,打开了书房里的台灯。

她不习惯在电脑上审稿,而是喜欢戴着眼镜将论文全文打印下来,一个字一个字细细审阅。

她快速把握了论文的核心脉络,并将其置于整个生物学研究的大图景中进行考量,展现出一种纵观全局的智慧。

她敏锐地注意到,论文提出的“变构开关”、“精准识别”与“分布式冗余”三大机制,共同构筑了一个逻辑严密、且符合进化论思想的“智能”系统。

“这项工作不仅提供了新的部件,更描绘了一幅关于细胞内部组织协调性的、更具整体性的新图景,这在当今碎片化的研究中尤为珍贵。”她在笔记中写道。

她认同拉斐尔斯关于补充生化实验的重要性,但也指出,在如此一篇开创性的论文中,要求每一个计算预测都立刻有完美的实验验证是不现实的,这会极大地延缓重大发现的传播。

她更倾向于建议作者在表述上更加精准,明确区分哪些是已有强证据支持的结论,哪些是基于强大计算证据的、有待进一步验证的极有可能的假设。

她认为,论文的价值在于其开创的新范式,而非每一个细节的完美无缺。

与其他人不同的是,她特别关注这项研究对疾病理解的潜在影响。

“作者在讨论中提到了癌症和神经退行性疾病,这是一个很好的方向。如果能初步展示在某种疾病模型如特定癌细胞系中,这个‘调度网络’的关键节点确实发生了改变或失调,将极大地增强论文的广泛吸引力和临床相关性。”

她建议补充一些探索性的数据,哪怕只是初步的,也能为后续研究指明方向。

布莱克本教授的审稿意见,更像是一份高水平的战略指导。

她权衡了创新性与严谨性之间的平衡,指出了提升论文影响力的关键点,并以其崇高的威望,为这篇可能引发争议的论文提供了一份至关重要的“背书”。

尽管视角各异,但四位审稿人达成了一个惊人的共识。

这项工作是卓越的、开创性的,具有颠覆现有细胞生物学教科书的潜力。

他们都明确建议《细胞》接受发表。

然而,他们也提出了不容回避的、极其细致的修改意见。

主要集中在需要补充更直接的生化实验验证、提供更详尽的计算模型可靠性分析、以及在表述上更清晰地界定结论与假说。

当这四份分别来自慕尼黑、京都、斯坦福和旧金山的、凝聚了当今世界顶尖智慧的审稿报告,几乎同时在72小时期限截止前返回《细胞》编辑部时,主编玛格丽特·塞缪尔森深吸了一口气。

因为她知道,最艰难的部分过去了,稿件得到了最高权威们的原则性认可。

接下来,将是编辑部与陆时羡团队紧密合作,根据这些极其专业和苛刻的意见,对这篇注定要震撼学界的论文进行最后打磨的时刻。

学术界快要变天了......

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