九月中旬，北京城。
随着两广、云贵的叛乱尽数平定，而福建的郑芝龙也在郑成功的劝说下，上奏朝廷主动请求巡视组进驻福建，落实新政、军改之策，刘衍终于长出了一口气，随即召集各部尚书议事，准备料理平乱后的各种首尾。
内阁官署内，各部尚书齐聚一堂，南方的叛乱看上去声势浩大，一开始朝野上下也是震动不已，可是却想不到如此快速的就平定了下去，两广、云贵四省叛军几十万，甚至连一个月都没坚持到，便被调集的驻防军平定，可见朝廷的军改之策是非常有效果的。
刘衍对众人说道：“今日的第一个议题，便是处置各路叛军俘虏。”
随后刘衍对督察部米蒿、公诉部尚书白文议说道：“贼首丁魁楚、李国志、李伟等人均已押解到京，以本公之见，这些贼首全部处以死刑，各部抓捕的俘虏要仔细甄别，凡是主动举兵的，以及各级将领，都要按照大明律重判！”
“是！”
随即刘衍对国防部尚书田辉叙说道：“两广和云贵的军改事宜要立即提上日程。国防部可有具体的方略？”
田辉叙说道：“启禀阁老，国防部准备以湖广总兵官李定国部主持贵州道的军改事宜，以浙江总兵官吕大器部进驻两广，主持两广军改事宜，调山东巡抚颜继祖率部返回山东各地驻防。”
“同时国防部收到了四川总兵官秦良玉的举荐书，请求朝廷任命黔国公沐天波为云南总兵官，此事不知阁老以为如何？”
刘衍思索了一下，说道：“如今云南、贵州、广西、广东一下子就空缺了四个总兵官的位子，朝廷也的确需要提拔将领充任。”
“此番平乱，沐天波率部死守昆明城，成功将叛军调回了云南府，没有让叛军杀入四川，立下了大功，因功晋升云南总兵官也是可以的。以本公之见，就这样安排吧。”
“是。”
刘衍随后说道：“另外提拔浙江道副总兵李岩为广西总兵官，调红娘子一同为广西总兵府参谋。”
对于这个提拔，田辉叙有不同的意见：“阁老，这李岩的提拔速度是不是快了一些？”
刘衍说道：“如今朝廷正是用人之际，先让李岩干一段时间，以观后效吧。”
“是。”
随即刘衍又提拔了两人：“提拔黄得功为广东总兵官，艾能奇为贵州总兵官。”
“湖广总兵官李定国、参将高杰、刘良佐，浙江总兵官吕大器、四川总兵官秦良玉、副总兵马祥麟等平乱有功，暂时官职不变，国防部以功勋进行封赏。”
“是。”
随即田辉叙说道：“还有一事：四川副总兵马祥麟上报，四川总兵官秦良玉在此番平乱之时积劳成疾，如今病体沉重，怕是不行了。”
刘衍闻讯大惊，脸上不由泛起了一丝悲怆，对众人说道：“本公不应该让秦老将军率军南下的，是本公害了老将军！”
众人纷纷劝解，心中也是很不好受。
秦良玉为维护国家统一、护国安民屡建战功，为大明的发展与巩固作出贡献，是历史上被单独载入正史《将相列传》的巾帼英雄，也是凭战功封侯的女将军。
后世女侠秋瑾曾以诗追吊秦良玉：“古今争传女状头，谁说红颜不封侯。马家妇共沈家女，曾有威名振九洲”。
在历史上，秦良玉活到了1648年才去世，可是因为这场叛乱，秦良玉刚满七十岁便倒下了，让刘衍心中如何不自责？
“国防部立即派人前往探视，朝廷也要对秦老将军进行封赏。如果秦老将军过世，朝廷要予以国葬，并以其子副总兵马祥麟继任四川总兵官。”
“是。”
随后众人便开始商议福建的事情。
刘衍说道：“郑芝龙上奏朝廷，请求朝廷派驻巡视组到福建，指导落实新政、军改之策。诸位以为如何？”
众人商议了一会儿，财政部尚书岳明、民政部尚书赵民等人都认为，这是郑芝龙的缓兵之计，坐拥一省，拥兵二十多万、战船数千艘，郑芝龙会将这些拱手让给朝廷？
当然，国防部尚书田辉叙、装备部尚书荀景云等则认为，在朝廷以摧枯拉朽之势平定叛乱之后，郑芝龙肯定已经正视了郑军与朝廷之见的差距，在朝廷强大的实力面前，主动投降也不失为明智之举。
刘衍听取了双方的观点之后，思索了许久，说道：“先让南方巡视组进驻福建，在福建各地落实新政之策。至于军改之策的落实，暂缓！”
“郑芝龙依然为福建都督，任命其子郑成功为福建总兵官。”
田辉叙说道：“阁老，军改之策暂缓，那郑军的二十多万大军怎么办？”
刘衍笑着说道：“都说福州城花团锦簇，本公很想亲眼见识一下，等到两广、云贵的善后事宜做完，本公将率部前往福建，亲自在福建各地落实军改之策！”
众人闻言大吃一惊，纷纷站出来反对。
刘衍却说道：“郑芝龙不同于其他人，在本公看来，郑芝龙是与李自成一般的一方枭雄，对于这样的人，必须要给出足够的尊重，不可遥控指挥，否则必然无法收其心。”
“另外，福建本公是必须要去一趟的，不光的为了郑芝龙，还因为本公要巡视那数千艘战船，这关系到我大明新式水师的筹建大事！”
众人见刘衍心意已决，虽然心中不同意，但是也无法继续坚持反对。
只有田辉叙说道：“既然阁老心意已决，也要带足兵马才是。”
刘衍点头答应，自己也不是胡乱逞强，必要的防备还是要有的，毕竟郑芝龙也不是什么善男信女，此番低头，也只是迫于朝廷的强大实力而已。
最后，刘衍便与众人开始商议两广和云贵文官武将的处置事宜。
“两广和云贵各地的文官武将也全部进行甄别，西南巡视组立即进驻贵州、云南两省，在落实新政、军改的同时，对两省的文官武将进行甄别，凡是参与叛乱，或是纵容、暗通、失职者，一律免职，交由督察部论处！”
“两广的文官武将也是一样，由朝廷各部调配人手，组建临时巡视组进驻广西、广东两省。”
刘衍严声说道：“此番要借此机会，对两广、云贵的官吏进行大换血，同时凡是参与叛乱的地方土司，要一律铲除，所有参与叛乱的土司就地免职，其部众改为民籍，其地派驻官吏治理。”
民政部尚书赵民领命，随后说道：“阁老此举，便是所谓的改土归流之策吧？”
刘衍点头说道：“这只是开始，要想在云贵两广之地全面推行改土归流之策，现在还为时尚早，至少要等到新政、军改之策完全落实到位之后才行。”
其实刘衍也曾有打算同时在边疆省份推行改土归流之策，只是各地土司都有各自的私兵，说白了就是一个有一个缩小版的郑芝龙，全都在世世代代盘踞在地方，甚至那些少~民都心甘情愿的为各自土司效命。
如果朝廷没有在各地落实新政和军改之策，就无法加强在地方上的控制力，一旦强行推行改土归流之策，势必会造成又一场叛乱，甚至会让两广和云贵之地狼烟四起，永无宁日，成为朝廷的沉重负担。
所以刘衍还是决定采取稳妥的办法，分两步走，先用新政、军改之策强力控制地方，然后再推行改土归流之策。
而此番铲除那些参与叛乱的土司，算是提前预演。有叛乱之罪这个说辞，其他未参与叛乱的土司也说不出什么来，只会说那些被裁撤的土司是咎由自取。
很快，西南巡视组和临时巡视组进驻两广、云贵，开始对各地进行整顿，同时数以百计的文官武将被捉拿，两广云贵各地都能见到抄家的兵马，大批的犯官及家眷被锁拿回京，大批的钱粮被收缴，除了一部分用于各地重建，以及新政、军改之策的消耗外，剩下的查抄钱粮全部运回了北京城，由财政部登记入库。
这场动荡只持续了一个月左右的时间，但是动静却非常之大，在刘衍的要求下，朝廷直接借此机会对两广、云贵的文官武将进行了大清洗，杀死、抄家、判刑者甚众。
同时，朝廷从北方各省，以及各地新式学校、皇明军事学院、皇明演武堂的优秀毕业生中，抽调了大量的人才进入两广和云贵为官，基本上将广东、广西、云南、贵州的官吏换了一遍。
转眼到了十月中旬，刘衍收到参谋部汇总的奏报，得知南方巡视组、临时巡视组会同各地的驻防军，对两广、云贵的文官武将进行大清洗，目前已经接近尾声。
此番共有三十八名犯官直接参与了叛乱，被公诉部判处诛杀三族的判决，还有两百九十八名犯官被判斩立决，另外有一百一十六人被判刑，七十三人被罢免。
报到朝廷的数字中，此番斩杀的犯官及家眷，还有被杀的俘虏等，一共有一万三千多人，朝廷抄家所得财物，折合银币足有两千七百余万两。
看到这些数字，刘衍心中依旧怒不可遏，就连云贵这样偏远的省份，都能从官吏家中抄出如此众多的财物，可见大明原本的吏治腐败到了何等的地步！
如果不是及时在大明各地落实新政之策，将大明官场的贪腐压缩在一个可控的程度内，天知道此时的大大明会是一个什么样子。
刘衍心中松了一口气的同时，也开始谋划接下来的福建之行了。
“郑芝龙所部必须妥善安置，整编为驻防军显然是不合适的，看来国防军的编制又要增加了！”
按照此时大明的军制，不管是装备还是军饷、补给，国防军都要优于驻防军。而且即便是同级别的军官，比如是各总兵官，国防军的总兵官也要比驻防军级别高，因为刘衍规定：所有驻防军的总兵官全都是挂将军印的，而驻防军的总兵官则是不挂印。
所以刘衍便考虑将郑芝龙部兵马整编为国防军，以优厚的待遇，将这二十多万大军调离福建。
就在刘衍思索具体细节的时候，王承恩却突然来到内阁官署宣旨。