《纪效新书》是戚继光在东南沿海平倭战争期间练兵和治军经验的总结。他在《自序）中说：“数年间，予承乏浙东，乃知孙武之法，纲领精微莫加矣。第于下手详细节目，则无一及焉。犹禅家所谓上乘之教也，下学者何由以措。于是乃集所练士卒条目，自选*亩民丁以至号令、战法、行营、武艺、守哨、水战，间择其实用有效者，分别教练，先后次第之，各为一卷，以海诸三军俾习焉。顾苦于缮写之难也，爱授粹人。客为题曰：《纪效新书》。夫曰‘纪效’，明非口耳空言；曰‘新书’，所以明其出于法而非泥于法，合时措之宜也。”这段话说明了撰写本书的目的、成书的时代、背境和主要内容、特点，以及书名的来历和含意。但未言及具体成书年代。据《戚少保年谱耆编》卷二记载：“嘉靖三十九年，……春正月，创鸳鸯阵，著《纪效新书》。”说明《纪效新书》当写成于戚继光调任浙江抗倭的第六年即嘉靖三十九年（1560年）。
《纪效新书》原本十八卷，卷首一卷。具体篇目如下：卷首包括“任临观请创立兵营公移”、“新任台金严请任事公移”、“纪效或问”三篇。正文分：束伍篇第一、操令篇第二、阵令篇第三、谕兵篇第四、法禁篇第五、比较篇第六、行营篇第七、操练篇第八、出征篇第九、长兵篇第十、牌筅篇第十一、短兵篇第十二、射法篇第十三、拳经篇第十四、诸器篇第十五、旌旗篇第十六、守哨篇第十七、水兵篇第十八，共十八篇十八卷。另外，戚继光被调广州镇粤时，曾“复取《纪效新书》雠校，梓于军中。”（《戚少保年谱耆编》卷十二“孝思词祝文”）此本共十四卷。不仅卷数与十八卷本不同，而且篇目和内容也有差异。卷前有明王世贞《戚将军纪效新书序》和与《练兵实纪·凡例》大致相同的“教习次第”。这里不仿将其篇目也抄录于下：束伍篇第一、耳目篇第二、手足篇第三、手足篇第四、手足篇马附第五、比较篇第六、营阵篇第七、行营篇第八、野营篇第九、实战篇第十、胆气篇第十一、舟师篇第十二、守哨篇第十三、练将篇第十四，共十四篇十四卷。十四卷本是戚继光晚年的手校本，吸收了《练兵实纪》的精华，补充了新的内容，值得重视。《纪效新书》（十八卷本）总序中的“公移”紧密结合东南沿海的地形、我情与倭情，论述了练兵的必要性和重要性，提出了一套较为完整的练兵理论和计划。《纪效或问》则对重要问题，尤其是最急需解决的事情进行申明和论辨，以防疑惑不解，他自注说：“柬伍既有成法，必信于众，则令可申。苟一字之种疑，则百法之是废，故历述所急与可辨者，为或问以明之。”正文十八卷详细而又具体他讲述了兵员的选拔和编伍、水陆训练、作战和阵图、各种律令和赏罚规走、诸种军诫兵器及火药的制造和使用、烽堠报警和旗语信号等建军作战的各个方面，并有大量形象逼真的兵器、旗帜、阵法、习艺姿势等插图。书中还详细记述了戚继光发明的鸳鸯阵，即一种以牌为前导，筅与长枪，长枪与短兵互防互救，双双成对的阵法。
《纪效新书》语言通俗，“其词率如口语，不复润饰”（《四库全书总目提要》），结合士卒实际讲道理，情深意切，易学易记，如在《禁令篇》对士卒说：“凡你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓，你肯思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思量今日食银容易，又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，天也假手于人杀你。”
《纪效新书》“乃集所练土卒条目”汇辑而成，类似军中各种条例条令的汇编。在这些条款中，比较充分地反映了戚继光在东南沿海抗倭时练兵、作战的思想。他针对当时“浙兵”*，战斗力低下的状况，首先强调要从严治军，提出了创立兵营、选兵、练兵的三步曲，并制定了整顿军队的六条措施：“一曰首正名分，使指挥千百户旗军丁舍，秩然有序，而卫所之号令，必行于上下；二曰拿治剥军贪官，以苏久困之卒，使士气渐裕；三曰重治刁军刁官，使卫所之官，敢于任事；四曰禁所伍越序文移，无印白呈，以肃军政；五曰谕以忠义，厚恤战亡，以劝亲上使长之念；六曰清磨户口，均编差役，以养荷戈之力。”（《新任台金严请任事公移》）他主张“恩威兼著，情法相融。中有梗玩者，重治以警其余。”（《纪效或问》）他还形象的把威严比作舟，把恩信比作舵，认为“载人者舟之功，而可以使之载者则舵也。”（《柬伍篇》）
《纪效新书》特别重视选兵，开篇第一句话就是“兵之贵选。”（《束伍篇》）认为选兵“其法惟在精”（《柬伍篇》），反对“用城市游滑之人”，“奸巧之人”，主张用“乡野老实之人”。对于选兵的具体标准，认为“丰伟”、“武艺”、“力大”、“伶俐”四条既不可废，亦不可专恃，“惟素负有胆之气，使其再加力大，丰伟伶俐，而复习以武艺，此为锦上添花。”（《束伍篇》）然而这样的人不易选到，相比之下，最主要的条件是“必精神力貌兼收”，因为武艺差可以教习。对于选来的士卒，要根据各自不同的特点发给他们兵器，“皆当因其材力而授习不同”，“如藤牌宜于少壮便健，狼筅长牌宜于健大雄伟，长枪短兵宜于精敏有杀气之人。”（《束伍篇》）
在练兵方面，《纪效新书》特别强调按实战要求从难从严训练，反对只图好看的花架子。认为“设使平日所习所学的号令营艺，都是照临阵的一般，及至临阵，就以平日所习者用之，则于操一日，必有一日之效，一件熟，便得一件之利。”（《纪效或问》）并批评不按实战要求的训练方法是“虚套”，“就操一千年，便有何用，临时还是生的。”尖锐指出“各色器技营阵杀人的勾当，岂是好看的。”（《纪效或问》）“凡武艺，不是答应官府的公事，是你来当兵防身立功杀贼救命本身上贴骨的勾当。你武艺高，决杀了贼，贼如何又会杀你。你武艺不如他，也决杀了你。若不学武艺，是不要性命的呆子。书中规定：“凡比较武艺，务要俱照示学习实敌本事，真可对搏打者，不许仍学习花枪等法，徒支虚架，以图人前美观。”（《比较篇》）重视号令训练，规定：“各便宜简明号令，合行刊给，各于长夜，每队相聚一处，识字者自读，不识字者就听本队识字之人教涌解说，务要记熟。”要求将士“耳只听金鼓，眼只看旗帜”，“大家共作一个眼，共作一个耳，共作一个心。”（《号令篇》）重视平时养成训练，认为“操兵之道，不独执旗走阵于场肆而后谓之操，虽闲居坐睡嬉戏亦操也。”（《纪效或问》）他还认为，训练毕竟与实战有所差别，平日十分武艺，临时如用得五分，便可成功。“开大阵，对大敌，比场中较艺擒捕小贼不同。堂堂之阵，千百人列队而前，勇者不得先，怯者不得后，丛枪戳来，丛枪戳去，乱刀砍来，乱杀还他，只是一齐拥进，转手皆难，焉能容得左右动跳；一人回头，大众同疑，一人转移寸步，大众亦要夺心，焉能容得或迸或退。”（《纪效或问》）
《纪效新书》要求将帅不仅要有带兵制敌的文韬武略，而且要精通各种技艺，要作士卒的表率；不仅战时与士卒患难与共，而且平时也要处处与士卒同甘共苦。指出：“为将之道，所谓身先士卒者，非独临阵身先，件件苦处，要当身先。
所谓同滋味者，非独患难时同滋味，平处时亦要同滋味，而况技艺岂可独使士卒该习，主将不屑习乎？”（《纪效或问》）
《纪效新书》特别强调赏罚在治军中的作用，主张赏罚要公正，赏不避仇，罚不避亲，指出：“凡赏罚，军中要柄。
若该赏处，就是平时要害我的冤家，有功也是赏，有患难也是扶持看顾；若犯军令，就是我的亲子侄，也要依法施行，决不干预恩仇。”（《禁令篇》）戚继光言行一致，带头执法，后来以临阵回顾，斩其长子。书中还制定了许多具体的训练纪律，各项赏格罚条、连坐法等。制订了严格的民众纪律，如规定：“砍伐人树株，作践人田产，烧人屋房，**作盗，割取亡兵的死头，杀被掳的男子，污被掳的妇人，甚至妄杀平民，假称贼级，天理不容，王法不宥者，有犯，决以军法从事抵命。”（《禁令篇》）
《纪效新书》重视兵器在战争中的作用，认为：“器械不利，以卒予敌也；手无博杀之方，徒驱之以刑，是鱼肉乎吾士也。”（《长兵篇》）书中以大量篇幅记述了各种兵器的制造、形制、样式、作用、习法等。并对长短兵器的使用进行了较为深入的探讨，认为“长则谓之势险，短则谓之节短。”（《长兵篇》）主张长兵短用，短兵长用，即用长兵器要在较近的有效距离攻击；短兵则先用标枪袭敌，然后乘敌躲闪之机杀入。书中还记述了戚继光就地取材而发明的新兵器“狼筅”，即用节密枝坚的竹子削制而成的一种兵器，戚继光称其为“行伍之藩篱，一军之门户”（《牌筅篇》）。
《纪效新书》是明代著明兵书。它出于抗倭名将之手，所述内容具体实用，既是抗倭中练兵实战的经验总结，又反映了明代训练和作战的特点，尤其是反映了火器发展一定阶段上作战形式的变化。具有较高的军事学术价值。但是，《纪效新书》作为一部当时实用的兵书，随着军事技术的发展，许多条款早已不适用了，同时里面也夹杂着一些糟粕，如用所谓
“相法”选士，“忌凶死之形，重福气之相”；用阴阳五行八卦之说解释旗帜颜色；认为士卒是愚人等，这是我们在肯定它的价值的时候特别需要指出的。