普罗米修斯号上所有的船员都在谈论有关还是否继续任务的话题！维克斯对此也产生了顾虑，她下令在得到她的许可前，任何人不得再次进入外星人的建筑，以确保所有人的生命安全。
人造人大卫在深夜来到了实验室，他对带回来的黑色罐子里装着的东西很是好奇，可是他不知道的是他的一举一动都在秋明的监视之下，因为就在飞船进入大气层时，他已经将天网系统的子程序并入了飞船的控制系统！
现在的普罗米修斯号其实已经掌握在秋明的手中，他能够通过手中的数据终端控制整座飞船，并且还能通过天网实时监控人造人大卫与维克斯共享的所有信息，他要等待！等待异形的诞生。
一天后，维克斯下令让身为人造人的大卫前往外星人遗迹进行调查，秋明知道下达这个命令其实是一直隐藏在飞船上的皮特威兰，他为了自己能够长生和恢复青春已经不能再等待下去。
大卫离开飞船的两小时后，哈罗维博士在浴室里产生了全身性的变异，他痛苦的呼喊声惊动了所有的船员。当秋明感到现场时维克斯和船长已经来到现场，而伊丽莎白-肖正在奋力的想控制住正在满地打滚的维克斯。
哈罗威此时已经全身布满黑丝般的斑纹，双眼的眼白也已经布满了黑色的斑块，这是被黑水感染的症状，再看看只穿着内衣的伊丽莎白-肖博士，秋明知道再过几个小时初代异形便会隆重登场了！
已经严重病变的哈罗威博士在几个男性船员的控制下被关进了飞船的隔离舱，而伊丽莎白肖博士则开始哀求维克斯求她借医疗舱救治哈罗威！只不过她的哀求注定得不到帮助，因为维克斯已经在和船长商量如何处理哈罗威博士了。
哈罗威的病变速度快的离奇，从他开始哀嚎至今也就过了不到十分钟，他的身体表面就已经开始产生严重的形变！看着他的样子，伊丽莎白-肖几乎要崩溃了，她透过满是泪水的眼睛看着自己的恋人，全身颤抖着不断呢喃着旁人听不清的话语。
见状秋明两步走上前去一掌便劈在肖博士的后颈上，直接在所有人惊讶的眼神中将她打晕了过去！这才解释道：“她的精神状很危险！继续下去她很可能会崩溃，这样做也许是现在最好的选择了！”
秋明把晕过去的肖博士交给船长后，才对已经有些慌乱的维克斯说：“身为船上唯一的保全人员！我建议立即隔离哈罗威博士，如果我的猜测没错的话他已经被外星人的那种武器感染了！我们现在不知道这种武器的攻击方式，所以只能先以隔离的方式处理已经被感染人员，而其余所有接触过哈罗威博士的人必须全面消毒并隔离四十八小时，现在只能寄希望于大卫了！希望他能有所发现。”
为了安全普罗米修斯号所有的十七名船员都自觉的进行了消毒和单独隔离，隔离舱就是每个人自己的冬眠仓！只不过就在所有的人都进入隔离舱后，秋明便命令天网将所有人的休眠时间从四十八小时改为一百个小时。
将还在处于昏迷状态的肖博士放进医疗舱，并按下了剖腹产手术的选项后，秋明的计划到此已经完成了百分之九十！
一个小时后大卫回到了普罗米修斯号，就在他进入船舱的一瞬间就被一股庞大的信息搞的进入了待机状态，接下来一条代码便进入了他的程序之中。
“主人！这台拟人型机器人真的很有意思！他竟然自主的演化出了类似灵魂的计算法则，不过很明显这些法则是存在巨大的问题的，他竟然想成为造物主！真的是太搞笑了！”天网的电子音通过飞船上的扬声器传了出来，在它的话语里秋明听出了浓浓的讽刺意味，仿佛它已经忘记了自己以前是个什么样子。
秋明给天网的任务很简单，除了用大数据流冲击大卫强行使它关机外，就是在大卫的源代码中写入一条隐藏式指令，而指令的内容就是命令大卫在想杀死与他长像一模一样的人造人时，将自动进入格式化程序并进行自我销毁。
伊丽莎白-肖博士子宫内的乌贼型异形已经被医疗舱顺利的取了出来，秋明将它关在一只钢化玻璃箱后，便扛着还在昏迷的伊丽莎白和大卫向着外星飞船的控制室走去。
秋明在离开普罗米修斯号飞船时，命令天网遥控开启飞船的返航程序，并在外层空间将已经彻底变异的哈罗威博士从隔离舱丢出去！
对于天网的执行能力秋明还是十分的放心，而接下来就是第一项任务最终完结的时刻了。
来到外星飞船控制室的秋明，先是用追魂在外星人的休眠舱上开了个口子，后便将乌贼型异形塞了进去，让它去寄生里面正处于休眠状态的外星人。一个半小时后，秋明便亲眼见到了那只在曾经让他起了一身鸡皮疙瘩的初代异形！
对着这只看起来还很原始的异形，秋明没有任何犹豫的挥刀斩向它那长长的脑壳，下一秒秋明就觉得眼前一黑，再睁眼时才发现自己又一次躺在了一台休眠舱内。
“本次任务第一幕结束，玩家成功完成击杀原始异形任务！现在开启任务第二幕，请玩家完成相关任务。”在小丑熟悉的声音中，秋明便进入了深深的休眠之中。
不知过了多久，秋明被一阵急促且尖利的警报声从休眠中惊醒，出于对危险的敏感刚刚苏醒的秋明便一个翻身从休眠舱中跃了出来，入眼满都是浓浓的黑烟和橘黄色的火光，看来剧情是从电影一开始的冲击后开始的。
“来人啊！天哪请帮帮我，这该死的舱盖卡住了！”身旁不远处一个声音传了过来，秋明看去才发现两个船员正在设法打开一个故障的休眠舱。而伴随着他们呼喊和敲击声，一丝丝的黑烟也正从那台休眠舱的下方飘起。
没有时间思考，秋明直接跑过去一掌拍击在休眠舱的外壳上，将那复合材料制成的厚重舱盖直接拍飞了出去，并一把将里面的人从已经能看到火苗的舱体中拽了出来。
十分钟后，休眠舱室内的火灾终于被船员合力扑灭，直到此时秋明才发现刚刚自己救出的人，竟然是那个本该烧死在休眠舱中的契约号殖民船船长雅格布-兰森。
这是秋明没有想到的事情，不过仔细想想也算还好，毕竟一个被自己救了的船长要比一个神经敏感的船长好相处的多。
“嗨！秋，谢谢你刚刚救了雅格布，我和他欠你一个天大的人情，谢谢你！真的谢谢你！”
“是的伙计！谢谢你救了我的小命，我听丹尼尔斯说了，是你一掌拍开了那该死的舱盖把我从火炎中拉了出来！说实在的我对此真的不知该说些什么好，但请你明白我为此真的十分感激！谢谢你我的伙计。”
“你们不需要这样！真的，身为契约号的安防管我只是做了我应该做的事情，好了船长先生现在你应该回到你的岗位去，让我们看看到底是什么造成了这该死的事故！”
船员会议室，人造人沃尔特向众人介绍了有关事故的详细分析报告，并通告所有船员契约号殖民船在事故中失去了四十七名殖民者和十四枚二代胚胎，为此所有人都表示了对死者的哀悼。
接下来的事情就和剧情差不多了，船员在出舱修理充能帆时接受到了一段模糊的信号，随后便有人分辨出这段信号竟然是一段地球音乐！乡村路请带我回家。
处于对这段古怪的信号的好奇，契约号发现了一颗拥有类似地球环境的行星，并确认它的位置距离契约号只有几周的航行距离。
这个发现使得所有船员雀跃不已，众人七嘴八舌的讨论着是否放弃原定目标，从而改道前往这颗环境更适合人类生存的新行星的可能性，直到一旁的沃尔特开口说道：“根据星系殖民局第三条第十项、第十一项、第十八项规定！任何在外太空发现有关外星生命体迹象或直接证据的行为必须上报殖民局本部，并在得到回复前不得与其接触或进行调查。”
沃尔特的话引起了不少船员的抱怨！其中一个女船员说道：“好了沃尔特，我们都知道这些条令代表着什么！普罗米修斯号发生的事故只是一个特例而已！没必要处处都要按照条令来办吧？毕竟宇宙这么大！不是吗？”
“我可不这样认为！根据以往在宇宙探险和殖民行动中失踪的人数来计算，这条信息出自普罗米修斯号失踪人员伊丽莎白-肖博士的几率大于千分之十，这不得不让我担心身为契约号船员的你们的安全！当年返航回到地球的普罗米修斯号上发生的悲剧的最终调查报告已经说明，伊丽莎白-肖博士曾经与灾难源哈罗威博士有或亲密接触，而她最喜欢的歌曲就是这首名为乡村路请带我回家的歌曲！”
沃尔特的话让在场的所有人都无言以对，最终还是身为船长的雅各布开口说道：“好了！大家就不要再议论那件事情了，身为船长我决定还是先向殖民局上报这件事吧？反正我们还要再次补充整整一个月的能量，等一等殖民局的回信也不会有什么影响，毕竟最重要的是所有人的安全不是吗？”
等待回信的时间很快就过去了，一众船员再次聚集在会议室里等待着船长雅各布的发言。“根据刚刚收到的回信显示，殖民局已经同意了咱们改变航线，先行对那颗行星进行考察的计划！只不过殖民局要求咱们必须在证明该行星没有任何危险后才能批准开展殖民行动，要不然就不会派出后续的殖民舰前来！”
通报完殖民局的命令后，所有的船员都表现的异常兴奋，能够有机会开发一个新的殖民星球，就百分之百会得到来自地球殖民局的巨额物资奖励，这样的话以后他们这些新星球的首批殖民者就不用再为生活发愁了。
三周后，作为首批前往新星球调查队队长的秋明，带着三名全副武装的契约号船员和人造人沃尔特，乘坐着探索飞船向着那颗神秘的星球飞去，除了秋明和沃尔特以外，船长雅各布、船员丹尼尔斯和船医杰斯都显得十分激动和兴奋。