随着街机版的更新，在单人模式中以随机闯入的形式登场。游戏中，玩家会被强制拉入超梦创造的异世界中被迫与其战斗。
其力量强大得超乎常理，能够一击摧毁类地球行星。然而若按照游戏中的说法，暗影超梦其实是正常超梦的衰弱状态。
“安”是与暗影超梦一起出现的迷之少女，对超梦有着特殊的情感。胸前的胸针正是共鸣石原石。
安在年幼的时候曾受了暗之共鸣石的蛊惑，险些被附身，是超梦突然出现拯救了她，代价却是代替安被暗之共鸣石附身、化身成了暗影超梦。
由于暗之共鸣石不断吸收超梦的能量，为了延续生命，超梦被迫无休止地奔波战斗、寻找补充新的共鸣能量。这样虽然能保住超梦的性命，却也令暗之共鸣石不断成长。
最终竟导致超梦的意志被淹没。
暗之共鸣石更加肆意膨胀，让无数个由共鸣能量链接的平行世界陷入全体崩溃的危机。而希望则在于能够和超梦产生共鸣的主角。
主角一行人藉由共鸣石原石的力量，再次进入了超梦创造的异世界。然而力量被暗之共鸣石强行过载的暗影超梦已是无敌之身，一切攻击一切状态皆对其无效。
主角即将支撑不住之时，与超梦共鸣的天赋迸发而出，竟然唤醒了超梦的意识。
对宿主失去掌控的暗影能量走投无路，冲破禁锢开始倾泻蔓延。与此同时共鸣原石充能完毕，最终共鸣原石的力量占了上风，压制并封印了暗之共鸣石的力量。
超梦则成功与暗之共鸣石分离、获得净化。
其中《宝可梦广播剧：超梦的诞生》是剧场版的补完性作品，相当于《宝可梦：超梦的逆袭》的前传。
原剧中大量介绍了宝可梦的世界背景，以及人类认知并与宝可梦共同生活的历史。
同时还提到了武藏的身世，其生母——宫本听从当时火箭队首领坂木的母亲的命令，深入南美圭亚那的原始丛林寻找梦幻，结果却一去不返。
富士爱的身世小爱的全名。其父——富士博士，全名：多库托尔·富士，以及尚未觉醒的幼年体超梦在沉眠中接受教育的方式。
其中还有不少超梦自己的个人独白，能从中感受超梦在成长过程中，由悲愤、孤独和失去记忆的梦魇缠绕扭曲、以致原本善良的性格逐渐暴戾化。
在《超梦的逆袭》中被截掉的十分钟里有讲述超梦在诞生前的童年，在梦境中遇到了一个名叫小爱的女孩，而这位女孩也是一个拷贝品。
他的父亲是科学家，而小爱便是他最爱的女儿，可惜后来死去了，于是这位身为科学家的父亲想尽了一切的方法希望能让心爱的女儿复活，但实验最终失败，超梦也失去了童年的朋友。
而小爱在死前告诉超梦：“一定要活下去啊。”
超梦在1998年剧场版《宝可梦：超梦的逆袭》中被着重展现，身份是由邪恶组织火箭队用从梦幻的睫毛化石中提取出来的遗传基因创造出的宝可梦。
在摧毁其出生的实验室后，火箭队首领坂木以帮助超梦控制自己的能力为由说服了超梦与自己合作。
事实正相反，坂木将超梦当作了武器利用。在摆脱坂木的控制后，超梦质疑自己的存在，并决定向自己的制作者复仇。
为了实现目的，超梦邀请了包括电影主角小智在内的数名宝可梦训练家来到自己的岛屿，并计划克隆他们的宝可梦。
在计划成功后，局势愈演愈烈：本体们与克隆体们进行对战来决出高下，超梦自己则同梦幻展开了对决。
小智牺牲自己平息了争斗，随后被复活。
看到小智为了阻止原生体与复制体的战争被石化，最终被交战双方流下眼泪的模样打动，超梦意识到了不管原生体还是复制体都是实实在在的生命。
于是亲自斩断憎恨，将小智等人的记忆抹消后，带领着复制体同伴展开了寻找生息地的旅行。
之后超梦重现，风云再起。
清澈崖，一座陡峭的山峰，在它顶端的明镜湖是世界上最优良的水源，由于得天独厚的地形与气候阻挡了想一窥究竟的人类，明镜湖因此得以保有她的美丽与纯净。
自从与小智一行人分开后，超梦便与复制宝可梦伙伴们隐居在这里。然而，火箭队的首领阪木老大始终没有放弃控制超梦的野心，经过一番搜索后找到了这个地方。
以下个城镇为目标，持续旅行的小智一行人在清澈崖不小心错过了一星期一班的绕山巴士，只好留宿在山脚的小旅馆，祸不单行，没多久火箭队就在他们面前出现，把皮卡丘抓走了。
为了抢回皮卡丘，旅馆主人露娜带领着小智等人与前来勘查水质的两位研究者攀上了清澈崖。
而就在此刻，阪木也正开始了行动，借着攻击超梦的复制宝可梦伙伴来逼它就范。
在小智一行人的帮助下，超梦开始接受自己的存在，打败了坂木并抹去了坂木及其部下关于自己的记忆，而小智一行人和火箭队三人组的记忆则完整无缺。
电影的最后宝可梦们各自分离，超梦独自踏上征程。在临行前，超梦留下了这样的话“如果你在某个地方听到喊你的声音，你就回头吧。说不定，可以在那里看到我……”
超梦个体能力高，兼备神兽的力量与人类的智慧。能将各种强大的超能力运用自如到极致——直接靠心灵感应与人类交流，操纵他人的意识或者直接修改其记忆、利用强大的意念力轻而易举改变气候、制造台风、甚至是扭曲时空。
直接战斗力之外，高度智能掌握着人类引以为傲的科学。依靠对物理学与遗传学的理解，自主开发了宝可梦复制装置、以及可将其它宝可梦强制收押的超梦球。
此外，还具有远超一般训练家的战术指导能力。除了其他传说的宝可梦外唯独其原生种梦幻能与其对抗。
“幻影宝可梦系统”的开发者荣格博士，其理论太过自利并缺乏对宝可梦的爱护而被宝可梦协会开除。
为了报复，他将大木博士及小智一行人邀请到自己的实验室，并伪装成自称幻影主谋的面具人劫持了大木博士。
幻影主谋要从皮卡丘的记忆里获取数据，抽取记忆的过程给皮卡丘带来巨大的疼痛，大木博士只得将密码REDGREEN托出。
幻影主谋得到了下载全世界数据的能力，他用收集到的数据造出了最强的幻影宝可梦——幻影超梦，并对小智一行人发动攻击。
荣格博士指挥的幻影宝可梦完全压制了小智等人。就在幻影超梦即将给皮卡丘最后一击时，之前被消灭回收的幻影梦幻的数据及时觉醒、牵制住幻影超梦让小智趁机将其击倒。
幻影系统终于被破坏，荣格博士闪身回到燃烧的研究所内，去向不明。