曾国藩将农业提到国家经济中基础性的战略地位，他认为，“民生以穑事为先，国计以丰年为瑞”，他要求“今日之州县，以重农为第一要务”。
受两次鸦片战争的冲击，曾国藩对中西邦交有自己的看法，一方面他十分痛恨西方人侵略中国，认为卧榻之旁，岂容他人鼾睡，并反对借师助剿，以借助外国为深愧。
另一方面又不盲目排外，主张向西方学习其先进的科学技术，如他说过购买外洋器物……访募覃思之士，智巧之匠，始而演习，继而试造，可以剿发捻，可以勤远略。
曾国藩提倡忠君卫道、以儒家学说治军的这一宗旨还贯彻在选将、募兵、军队管理以及协调军内外关系等方面。
曾国藩的军事思想内涵极丰，集显过人之处，他认为，兵不在多而在于精，“兵少而国强”，“兵愈多，则力愈弱；饷愈多，则国愈贫”。
主张军政分理，扣负其责，他购买洋枪、洋炮、洋船，推进中国军队武器的近代。
曾国藩治军把选将作为第一要务，他说，“行军之道，择将为先。”
他的选将标准是德才兼备，智勇双全，而把德放在首位，并把德的内涵概括为“忠义血性”。
他提出，“带勇之人，该求我党血性男子，有忠义之气而兼娴韬钤之秘者，与之共谋。”
又说“带勇之人，第一要才堪治民，第二要不怕死，第三要不计名利，第四要耐受辛苦。”
“大抵有忠义血性，则相从以俱至，无忠义血性，则貌似四者，终不可恃。”
曾国藩认为，“忠义血性”的将领主要应从既受封建礼教熏陶又少官场恶习的儒生士子中去选择。
罗尔纲在《湘军兵制》中统计，凡姓名、籍贯、出身、职务可查的湘军将领179人中，儒生出身的104人，占58%，以如此众多的儒生为将，这在历代军事史上都是罕见的。
将清朝的世兵制改革为募兵制，也是曾国藩建立湘军的首要一着。
他说，“数年来痛恨军营习气，武弁自守备以上无一人不丧尽天良，故决计不用营兵，不用镇将。”
因此，他组建湘军时，主张不在市民而在乡农中招募兵员，其用意就是乡农中招募的兵员朴实壮健，有利于灌输封建的忠义伦理思想和便于适应艰苦残酷的战争环境。
曾国藩还规定，“招募兵勇，须取具保结，造具府县、里居、父母、兄弟、妻子名姓、箕斗清册，各结附册，以便清查。”
凡无保者，概不招募，曾国藩的这一做法，完全是承袭了明末抗倭名将戚继光的募兵思想。
曾国藩对绿营的编制方面也进行了改弦更张，湘军的编制以营为基本作战单位，营以下设哨，哨以下陆师为队，水师为船，马队为棚。
湘军之始，营以上不再设官，各营全辖于曾国藩一人，其后营数增多，才有统领和分统的称谓。
曾国藩要求以将必亲选、兵必自找、层层节制的原则组建军队，自统领至兵勇都是逐级进行募选，改变了绿营中“兵与兵不相知，兵与将不相习”的弊病。
但也明显暴露了建立私家军队的用心，并从此就开创了近代中国“兵为将有”的先例，军阀拥兵割据的局面也就初显端倪了。
曾国藩在治军方略上苦费心机，主张用儒家学说治军，即用封建伦理纲常去教育官兵，以仁礼忠信作为治军之本去陶冶官兵。
他的目的就是要以此来维系军心，培植出一支完全绝对服从于自己的私家军队，所以他认为，“用兵者必先自治，而后制敌。”
曾国藩的军事思想好影响了几代人，且不说其同时代的湘、淮将领以曾国藩为楷模，就是其后的很多资产阶级军事家对曾国藩治军方略也推崇备至。
张之洞、袁世凯等在甲午战后采用西法编练新军时，还采纳了曾国藩治军的许多做法。
民国军事家蒋方震在他的《国防论》中赞赏曾国藩是近代史上“一个军事天才家”，还说凡领军者都应该效法曾国藩。
蒋某人明确表示要师承曾国藩，要求军队中的将领必须“认清历史，效法曾胡”，曾国藩治军最重视精神教育，尊崇曾国藩的“爱民为治兵第一要义”。
曾国藩一生奉行程朱理学，但对于程朱之学并未盲目崇拜，事实上，他对于宋明儒学其他支派的思想亦多所汲取，宋明理学实际上分为气学、理学和心学三个学术派别。
曾国藩在政治实践和军事斗争中也渐渐地看到了程朱理学“指示之语，或失于隘”、或“病于琐”、或“偏于静”的局限。
在这种情形下，曾国藩对心学表现出了宽容的学术姿态，对于程朱理学与陆王心学之学术争辩，他认为对于两家之争应取其同，避其异，扬其长，兼收并蓄，扬长避短，推进儒学的发展。
曾国藩还以气学在生成论方面的资源来弥补理学之局限，谓“张子之《正蒙》，醇厚正大，邈焉寡俦”。
依着气学的思路，曾国藩认为，天地万物均因禀气而生，气是构成天地万物的最终基元，在禀气而生这个意义上，天地万物是“同体”的。
不过，曾国藩同时认为，虽太和絪緼之气流行不止，天地万物最初所得之气“均耳”，但人与物、圣人与常人实所禀有之气并不相同。
就人与物相对而言，人得气之全，物却仅得气之偏，故人有知性，而物仅得物性。
就人类而言，圣人所禀之气清且厚，常人所禀之气却浊而薄。
曾国藩继承桐城派方苞、姚鼐而自立风格，创立晚清古文的“湘乡派”，乃湖湘文化的重要代表。
他论古文，讲求声调铿锵，以包蕴不尽为能事；所为古文，深宏骏迈，能运以汉赋气象，故有一种雄奇瑰玮的意境，能一振桐城派枯淡之弊，为后世所赞。
曾氏宗法桐城，但有所变革、发展，又选编了一部《经史百家杂钞》以作为文的典范，非桐城所可囿，世称为湘乡派。