第二天，恢复了体力的商家军立刻对清军展开了全面的反击，趁着扬州大捷扩大战果，并且连续收复天长、六合、来安等地，兵锋直逼滁州。同时驻守高邮军的刘泽清也率部向西，追杀淸军，一路到也击败了好几支散落的清军小队，砍下了千余颗首级，还俘虏了几百人。并且带兵进驻到定远。
刘泽清部的三万人马加入之后，江淮战场明军的总数己超过了七万，而这时多铎和洪承畴退守滁州，十余万大军只剩下不足七万人，而且士气低落，而被多铎寄于了厚望的左梦庚也在黄得功的攻势之下，连连败阵，己经退出了安庆府，人马全部都撤退到庐州。在此消彼涨之下，清军己经现出秃势，现在己是自顾不暇，更别说配合阿济格去夹击李自成。
而偏偏就在这个时候，从淮北传来了消息，守卫淮北的肃郡王豪格，被降将李成栋所杀，而且李成栋率领部众，并且还裹挟了一部份清军，投降了商家军，现在整个淮北地区几乎门户大开，豪格手下的大将，固山额真觉罗巴哈拉只得率军退守宿州。
原来在豪格淮安大败之后，李成栋让养子李元胤偷入扬州，试探返清归明，在李本深的建议下，准备投靠商毅。但商毅却要求李成栋交个头名状来，才能接纳他的投降。
听李元胤汇合了面见商毅的过程之后，李成栋首先的想法是认为商毅根本就是在有意刁难自己，再加这时多铎己带二十万大军进驻淮北，气势凶凶，因此也暂时把返清归明的打算作罢，而且李元胤和赵氏也不敢再多劝，虽然这时豙格被多铎监禁，但李成栋仍然在多铎跟前听令，在淮北驻扎。
但清军进攻淮河防线不果，被商毅杀得大败，孔有德部几乎全军覆沒，李成栋也大为震惊，想不到商毅真有手段，面对二十万清军居然还能取得这样的胜利，看来清军未必能够取胜，因此也开始认真考虑，商毅要求的头名状,并且也在物色目标。但这时清军十几万大军云集在淮北，李成栋不但没有机会下手，而且就算得手了,也难以脱手,才一直没有行动。同时也李成栋也在尽量扩大兵力，招收了不少零散的败军，使自己的部众也扩大到一万五千余人。
一拖就是大半个月，清军开始第二次渡过淮河，淮北只有豪格的三万多人马驻守，李成栋又回归豪格率领，而且豪格现在对李成栋也颇为信任，让他分守怀远和五河两地。而李元胤和赵氏又劝李成栋当机立断，设法杀了豪格或是觉罗巴哈纳，投奔商毅。但这时清军己经十分轻松的攻占了淮西，因此李成栋又犹豫起来，决定再观望一下，等局势明朗再说。
尽管清军攻占了淮西，而且多铎的大军也打扬州城下，但在商家军的外线内线一起攻击之下，连连败阵，一直到凤阳被商家军收复之后，李成栋才终于下定了决心，投降商家军。并派李元胤偷偷渡过淮河，再和商家军联络，正好这时李本深也率军来到泗州凤阳一线助战，见到了李元胤之后，也劝他尽快归降，一但商毅在扬州打败多铎，那可就迟了。
李元胤回到淮北之后，李成栋也马开始着手准备，首先招集自己的心腹将领和三千多士兵，告诉他们自己决议反清归明，投降商毅。这些将士们跟李成栋也连换了好几个主孑了，对改换门庭并不反感，而且这几月来在清军这边呆得都不很顺心，现在商家军又风头正劲，投降商家军似乎要比清军还有前途，因此他们也都愿意跟着李成栋再投降一次。
得到了将士们的支持之后，李成栋立刻派人向豪格禀报，说商家军要大举进攻怀远，请他速发援军来解救怀远。豪格不知是计，因此和觉罗巴哈纳带领着五千人马，赶到怀远。
当夜李成栋在怀远城中摆下酒宴，为豪格和觉罗巴哈纳接风，但安排下伏兵。在席间李成栋先把豪格灌得大醉，然后一声令下，伏兵杀出，将豪格乱刀砍死，觉罗巴哈纳虽然侥幸逃脫，但李元胤趁夜领兵，袭击清军的大营，将清军杀得大败，觉罗巴哈纳只得带兵退出了三十余里。
李成栋一面拒守怀远，一面又命李元胤带着豪格的首级尸体，而有盔甲旗帜渡过淮河，向商家军汇报，并请求商家军立刻过江援助自己。罗远斌、李定国、段鹏等人商议了一下，也决定由李定国和段鹏带六团的士兵渡河，援助李成栋，罗远斌及然驻守凤阳。
而觉罗巴哈纳本想重新整顿人马，进攻怀远，为豪格报仇，但得知商家军过河来援助李成栋，吓得不敢接战，立刻率军撤退，一直退到了宿州才收住脚，然后赶忙派人去向多铎求救。
如果是在其他时候，多铎收到豪格被杀的消息，一定十分高兴，说不定还会哈哈大笑，连说几声活该，豪格早就该死之类的话。但在这时候却沒有那份心情了，因为豪格驻守淮北，正是保护着全部清军的后路，现在李成栋叛反，杀死豪格，整个淮北的守将不仅是群龙无首，而且兵力大减，宿州、毫州、乃致徐州、归德，几乎都在商家军的危胁之下。
因此多铎和洪承畴商议决定，放弃淮西的所有地方，立刻撤军，尽快退回到淮北去，然后再作打算。随后多铎立刻下令撤军。一行人马放弃所有辎重，连夜从滁州撤退，向寿州进发。而退守庐州的左梦庚得知清军要撤军，也不敢在庐州久留，赶忙跟着清军一起撤退。
幸好在丢失了凤阳之后，耿继茂和石延柱一直固守在寿州，这才算是保住了清军的最后一条归路，要不然多铎恐怕就会扔在淮西了。虽然在沿路也遭到了商家军的几次袭击，但大队人马总算也是有惊无险撤过了淮河，回到淮北，几名主将也都沒有损失，只是而多铎手下的人马只剩下五万多人，既使是加其他各路人马的残兵，总计也不过七八万人了。而左梦庚也追随着清军，率军渡河，这时他的手下到是还有十万多人马。
想想自己由关中出兵南下时可是二十万大军，而渡淮南进时，也有十八万人马，浩浩荡荡、威风不可一世，而且当时也是意气风发，想着一举扫淸江淮、横渡长江、攻破南京，立不世之功。但现在居然只剩下区区七八万残兵败将，其中满八旗军的伤亡竟达一万八千余人，虽然收降了左梦庚的十万多人马，但显然是不能抵消清军的损失，因此多铎也不禁是又羞又愧，一气之下吐血数口，病倒在床。
而另一位正在养病的忠顺王孔有徳这时也得到了确切的消息，自己唯一的儿孑孔玔廷被商家军坐了飞机，死无全尸，其实孔有徳对这个结果还是有思想准备的，但他从其他渠道得知，在战场多铎明明是有机会可以救孔训廷的，但却任由孔训廷被商家军残杀，也使孔有徳又悔又气，加病体沉重，结果沒过两天，就一命呜呼了。
直到这个时侯，这一次江淮之战才全部结束，以商家军为主力的明朝一方取得了全面的胜利。这一次战役从四月初开始，一直到五月下旬结束，前后一共进行了五十余天，战场北起淮河，南到长江，东至运河，西抵大别山，方圆近三万多平方公里的广扩土地，先后进行了二十余次大小战斗。
这清军前后一共投入了二十三万人马，而商家军前后投入了五万六千多兵力，另外还有明军一万五千余人。双方的差距达到了三到四倍。但商家军充分发挥技术的优势，凭借着凶猛的火力和先进的战术思想，先后一共歼灭淸军七万二千余人，俘虏四万余人，投诚一万三千余人，其中淸廷的肃郡王豪格、忠顺王孔有徳、固山额真叶克舒也都先后因这一场战役而死亡。终于取得了一场辉煌的战利。
另外商家军还缴获了淸军的战马八千余匹，驴骡五千余匹，车一千二百余辆，白银二十五万六千俩，黄金二万三千余两，丝绸布匹四千五百余匹，粮食六万三千石，马料三万七千石，帐蓬五千二百多套。火炮二百余门、火铳三千余枝，火药六万余斤。其他锣鼓刀枪旗帜盔甲达三十余万件。收获也算是相当丰富了。
不过商家军自身也阵亡了七千六百八十三名士兵，另有三百七十三人受伤至残，因此也必须退伍，再加伤员，总减员也达到了万人以。占全军人马的五分之一左右。而明军先后阵亡了八千七百余人。
最终的战果是，商家军将清军基本赶到了淮北，不仅收复了淮西的所有土地，而且也保住了南京和江南地区不受清军的侵犯，并使南京朝廷能够继续延续下去。
而就在这时，南京朝廷也派出了使臣，来到扬州，向史可法和商毅传旨，同时还有一封吴甡的私信。