周琦现在是安全司的主事，付责整个浙江地区的安全工作，而外商的商馆，也都是安全司比较重点监视的对像。
按商毅的计划，目前安全司对于自己监视的对像分为五个等级，第一级为基本无危险，监视力度与一般关注；第二级为危险性较小，监视力度为注意关注；第三级为危险性较大，监视力度为设专人付责；第四级为危险性很大，监视力度为设专案组付责；第五级为危险性极大可以等同于敌人，监视力度为安全司重点付责。
按商毅的要求，海外华人的商馆，都被列也第二级，外商的商馆，列为第三级，只有曰本人的商馆，被定也第四级。
其实周琦对商毅这么重点关注日本人也觉得有些不可理解，因为除了猴子丰臣秀吉当政的时候，发动了针对中国的入侵朝鲜的战争以外，绝大多数时候，鬼子都是比较绵软的，而在徳川执掌了日本之后，也对明朝比较恭顺，因此这个时代的中国人对日本人并沒有后世那种切齿的痛恨，而且在日本人面前，还有相当大的天朝国的优越感，最多是鄙视或厌恶。
周琦自然不明白，为什么商毅会这么重视日本人。不过在商家军里，商毅的命令没有人敢忽视，因此周琦也十分认真的执行着。
根据周琦汇报，日本人并沒有什么可疑的举动，来往的都是中国商人，谈的都是生意，这群鬼子里到是有好几个会中文的，谈生意基本都用中文进行，内容也没什么其他的事。而在没事的时间里，鬼子们也是大多呆在商馆里，几个武士到是经常练武，外出的人要么是看货，要么是购买商品，少有闲逛的，一切都在很合理的范围内。当然日本人互相之间是用日语在交谈，周琦安排的情报人员就听不懂他们说的什么了，不过从表面看，也没什么可值得怀疑的地方。
不过要说疑点，到有免强有一个，据探子报告，在这伙鬼子里面，有一个女人的身份似乎很高，毎个人都对她十分恭敬，而且像是受到了重点保护。不过这个女人一般都躲在屋里少有出来，其他人见她时，也是隔着屏封，因此情报人员也沒有见过她的真面目，但听声音这个女人的年纪应该不会很大。不过虽然情报人员不懂日本，但却把其他人常称呼她的日语发音记了下来，周琦也向商毅作了汇报。
日本人对这女人的称呼通常有两个，一个短，一个略长，而略长的称呼里，也包含了那个短的发音。周琦把这两个称呼的发音都学说了一遍。
商毅一听就听出来了，短的称呼是日语“公主”的意思，而长点的称呼是“薰公主”，那么“薰”应该是这女人的名字，但公主是指什么，是妮称还是她的真实身份呢？
而周琦听了商毅的翻译之后，也不禁呆了一呆，难到真是日本的公主会跟着商队跑到中国来了吗？这里面看来一定有事，同时心里也十分佩服，商毅把曰本人的监视等级定为四级，也不是没有道理的。
不过商毅也知道，在这个时代的日本，公主并不一定就是指天皇的女儿，不仅幕府将军的女儿也可以称为公主，而且各个大名的女儿，同样也能被称为公主。那么这个薰公主到底是个什么身份，到中国来有什么目地呢？这到确实是一个令人怀疑的地方，本来商毅打算，把对日本人的监视等级降为三级，现在看来，还是保持四级为好，致少要把这个公主的身份弄清楚才行。
但对日本人提出建立商馆的要求，商毅想了一想之后，还是决定答应下来，毕竟现在自己也能和日本通商，鬼子的钱，不赚白不赚，反正在自己的一亩三分地，也不用害怕，把他们盯紧一点就行了。如果鬼子真的想玩什么阴谋，那么就和他们好好玩玩。
不过日本人的事情只是一个小插曲，有一件事情令商毅非常高兴，就是宋应星在杭州呆了十余天之后，终于决定留下来在商毅手底下做事，因为他实在挡不住这里巨大的诱惑力。
宋应星跟着商毅来到杭州之后，商毅虽然没有功夫全程陪他，但也安排人首先带宋应星去精益玻璃厂，参观玻璃生产的整个过程。
精益玻璃厂可不是一个小作坊，而且完全的一个大厂房，占地约有两千余平米，空高两丈有余，仅生产工人就有近五百人，包括两个烧制窑，十二个退火窑，六个打磨台，八台扛杆吊车，铁轨数百米。
宋应星一到玻璃厂，还没看到如何生产玻璃，只看这个架式，就觉得自己真是大开眼界，大有不虚此行之感。结果他在玻璃厂里一连蹲了五天，也看完玻璃器皿、平板玻璃生产的整个过程，对玻璃的整个生产工艺过程惊叹不己，同时也对这个玻璃厂赞不绝口。由其是知道玻璃生产的工艺方式，是商毅在泰西诸国游历时学到的，还有这个玻璃厂的建造，也是商毅一力促成的，这也不禁让宋应星对商毅刮目相看，想不到商毅居然对这些格物致用之学也颇有兴趣。
看完了玻璃厂之后，商毅又安排宋应星去参观印刷厂，宋应星一听说是活字印刷，顿时又来了兴趣，又在印刷厂里蹲了三天，看完活字印刷的过程，也知道套方法也是商毅从泰西诸国带回来的，也不禁惊叹不己，果然是世界之大，无奇不有，看来他国之技艺，亦大有可取之处。
这个时候宋应星才知道商毅在杭州除了玻璃厂和印刷厂之外，还有造船厂和兵工厂，听说在这两个厂里还有大量泰西诸国的工匠做事，可惜这两个厂涉及机密，由其是兵工厂，不是商家军内部的高级成员，是不能进入的。对这一点，宋应星也能理解，因此并沒有强求。
不过不能入内参观，但看看产品还是可以的，于是宋应星又去造船看到了西班牙式帆船，两千料大福船，还观看了造船厂里一艘刚刚建成的五百料飞剪船的下水试航，飞剪船的惊人速度也让宋应星彻底没了脾气，原来还以为自己己经通晓百科了，原来还差得很远。
而杭州兵工厂里出产的三寸六分口径重型青铜野战炮，线膛步枪，还有霹雳火箭、手榴等武器更是让宋应星目瞪口呆，怪不得商家军战功赫赫，原来有这样的利器呀。
但看了产品之后，更是弄得宋应星心里痒痒的，他本来就是个喜欢刨根问底的人，这时自然就更想知道这些战船火器是如何生产出来的。而商毅见火候也差不多了，也正重向宋应星提出，自己想在杭州办一个科学研究院，专门钻研格物致用之学，同时还教授学生，希望宋应星能在科学院里任职。
宋应星认真想了一想之后，也终于答应下来。虽然宋应星不愿做官了，但按商毅所说，科学研究院并不是官府，还是一个研究教学机构，不和政治打搅，也没有违反宋应星的原则。毕竟能够有一个地方让自己安安心心的研究喜欢的格物致用之学，也是个很不错的选择。
当然宋应星答应商毅的请求，也不完全是因为技术方面，他在杭州住了十几天，也深刻感觉到，杭州和自己见过的其他城市大不相同，这不仅仅只是繁华，如果单论繁华，其实南京并不逊色于杭州，但南京的繁华中更多的是纸醉金迷，奢侈迷乱的腐蚀之气。
而在杭州城里，却充满了一种欣欣向的气氛，商业繁盛、秩序井然、衔道干净整洁，四民各安生业。跟本就不像是处于一个乱世中的城市。在这里即使是一个普通的平民，脸都带着笑容，在精神气质，都充满了希望和向的热情，看不到街头讫讨的难民，看不到权贵任意欺压百姓，看不到凶神恶煞一样官差，也看不到为非作歹的军队。相反官员和军队出行，不会横行无忌，百姓也不会慌乱的躲闪，甚致还会和他们打招呼，亲切的问候两声。总之商家军的官员、军队和百姓的关系都相当和谐。宋应星曾亲眼看过几次，士兵帮百姓干活的场面，令宋应星几乎都不敢相信自己的眼睛。
而这一切的结果，也只能归公于地方官员的治理水平，宋应星也没有想到，商毅除了会打仗，懂技术，连治理地方也很有二下子。因此越是在杭州留守的时候长，宋应星对商毅的敬佩之情也就越多，觉得在这样一个地方，这么一个人手下干活，确实很不错。
宋应星一答应在科学院任职，商毅就马派给他干活：改进织机技术，提高织机的工作效率，最好能够利用水利。而且为了能让宋应星更好的熟悉织机，商毅也把宋应星带到苏州的丝绸厂里，让他和织工交流沟通。