真龙元年，在李璟的授意下，监军国事睦王李倚正式上书长安朝廷，提请幽州蓟城正式升为大唐第六座都城，以京师为西京，改东都为东京，改北都为燕京。.凤翔府号为西京，成都为南京，燕京为上京。中京京兆府，东京河南府，燕京太原府，南京成都府、西京凤翔府，并改幽州为顺天府，共为六府六京。
上京顺天府，设留守朝廷，以监国睦王李倚镇守上京留守监军国事，以平章军国重事秦王李璟为上京留守，顺天府尹。同时，在上京设立三省六部诸衙，一应仿长安朝廷设置，尚书、门下、中书三省，又有三台六部五寺九监，留守部衙规则只比长安中枢朝廷低半格。李璟就任上京尚书令兼中书令、侍中，并任御史台御史大夫。
新设三省六部九寺五监三台，与秦藩诸部衙合并。合并后，上京总有六省，除尚书、门下、中书核心三省外，还有秘书省、殿中省、内侍省三省辅助，主掌宫廷等事务。在尚书省下的六部之外，还有九寺的职能为六部补充，并且秦藩还设有次一级的财政、建设、交通等十八个司，这十八个司并不直属于六部，是读力于六部二十四司之外的新设之司。
原有的监察厅、检察厅等厅衙依然保留，加上秦藩原来的内阁和五军都督府以及参谋院，整个秦藩的中央部衙规模扩大许多，职能分工更加明确。
总的来说，依然是省阁院府的格局，三省和内阁及参谋院、五军都督府这四大部门为核心。
上京各部衙纷纷兼并重组或者新设，整个燕京的权力格局也再一次洗牌。
李璟也借此机会，开始对调中枢的重要官员们。
尚书省的崔芸卿和李振这两个左右仆射，李璟将他们调任到门下和中书二省，尚书省其它官员也多调任二新设之省，然后又从地方各行省抽调官员以及部份燕京官员，组成新的尚书省。同时，内阁也完成换届，原内阁学士们调任地方，新的内阁学士从各书院和学院抽调德高望重的学者担任。就连参谋院和五军都督府也与兵部一起，三衙对调。
短短时间，李璟就对整个秦藩的上层来了一次大调整，其目的自然是不让人长期执掌一衙，特别是挂着参加政事的政事堂宰相们长期把持一衙，使得诸相的权利过大，以影响抑制李璟的君权。早在以前，李璟就定下了各个官职的任期，这并非是空话。
如尚书省的左右仆射，这是首相和次相，李璟早就规定，五年一任，最多连任两年。届满之后，就得转任他职。按李璟的制度，以后各省的主官，如尚书省左右仆射，门下省门下左右侍郎，中书省中书左右侍郎等必须有先在地方担任总督的履历，才能入选。而少则一届，多则两届之后，三省主官要么退休，要么就得按制度对调中央他省。第二次中央三省任职，只能任职一届五年，届海后，要么加大学士、或者太傅等荣衔成为秦王顾问不再理具体事务，或者再转任地方行省担任总督职务。
这是一个严格的规定，三省的主官，得先有地方总督的任职履历，然后得在六部中担任过尚书主官，之后才能拜相成为三省主官。拜相入三省后，第一次可以连任两届，最多十年。然后必须得转任三省中的其它二省，或者转调地方行省。第二次中央三省主官只能担任一届，届满就得离职，或者调入地方，或者加荣衔成为秦王顾问，不再理具体实务。
对于其它的中央主要官职也几乎如此，内阁成员更是只能从学院和书院中选任德高望重五十岁以上者，任满最多两届就不能再连任。
而分掌兵权的参谋院和五军都督府以及兵部三衙，更是严格规定不得连任，五年期满，就得三衙对调。
虽然这样的制度，会照成一些弊端，比如一些贤相可能得受制于任期，任满之后不得续任。但李璟认为，把官员的任期缩短，也还是利大于弊端的。把整个官制弄的流动起来，这会大大增加中央和君主的集权，防止出现权相，或者各部衙职能下降的危害。同样的，这也是增强君主权威，平衡秦藩官制设定中诸相权力很大的一种方法。
在李璟如今的权威之下，这新的改革很快就颁行下去。
崔芸卿调任到了辽西行省任总督，保留同平章事的宰相荣衔，和太傅的荣衔，但不再是政事堂会议成员，也就等于不再是真正的宰相。尚书右仆射李振，则被调任中书省门下左侍郎之职，按新制度，三省的六个主官都直接就是政事堂的参知政事，是宰相。因此，李振依然是真宰相。不过从尚书省转到门下省，他也从次相位置离开，制度规定，首相由尚书省左仆射担任，次相由尚书省右仆射担任。
新的尚书省左仆射之职，李璟提名由郑从谠担任，次相之职由郑畋担任。这个拜相结果，让不少人都大为惊讶。二郑虽然在天下名望极重，但他们毕竟是李唐之臣，投奔秦藩时间并不久。秦王居然直接拜二人为相，而且还分别任首相次相，主掌尚书省这个核心中的核心部门，他们很难不震惊。不过许多人马上想到，年前郑从谠和郑畋都被李璟授为东北新设行省的总督，到现在，这个任职刚满一年。可从制度上来说，二人却是有地方行省总督的履历，是完全符合三省主官须先有行省总督履历的。并且二人上月从东北调回燕京，都还在六部中各担任了一个月的尚书职。从制度上来看，他们的拜相没有丝毫的问题。但从另一边可以看出，这是秦王早就谋划好的，为了让他们拜相，早在一年前就已经开始为他们铺路了。
新一届的政事堂成立，这一次共有十三名大臣得授参加政事，拜为宰相。三省六名主官，加上六部中的史部、户部、兵部三部尚书，以及参谋院和五军都督府各两人，一共十三名宰相。而核心部衙中的内阁，却在新制中规定是不得拜相的。内阁本身的作用就是为了平衡相权，因此，内阁不得入政事堂。不过内阁的权利却丝毫没有削减，这一次内阁成员更是从原来的九个，扩增为十三个内阁成员。
新的内阁首辅为名士司空图，次辅则是江西人芳林十哲中的郑谷。十三名内阁成员，全被授予文华阁大学士之位。
政事堂十三名宰相，文华阁则有十三名内阁大学士。
在这轮秦藩中枢的大调整同时，李璟也对地方进行了一**调整。
真龙元年四月，东北地区已经基本稳定下来，秦藩取得了全面控制。也就在这一月，李璟正式传令，代朝廷赐封渤海王大玮瑎为顺国公，原渤海地区和东北其它地区，自东面大海一直到西边的潢水发源的大兴安岭以外的蒙古高原的东端，将包括北海贝加尔湖在内的这一广大地区，全部划省设州立县。
在燕山山脉以外的地区，除辽东、辽西、安东、热河四行省外，新设海东、辽宁、吉林、松江、合江、黑水、嫩江、兴安八个行省，整个关外地区，划为十三行省。南至渤海湾，东至窟说岛、北至外兴安岭，西至大兴安岭外的北海，这一广阔的地区，都为秦藩的关外十三省之地。
而在关内，则有北平、河北、山西、山东、淮海五个行省，另外又有秦宗权的山南行省、杨行省的江北行省、钱镠的江南行省，董昌的浙东行省，张蕤的福建行省，于瑰的岭东行省，和于球的岭西行省，以及于琮的安南行省等八个名义上的尊奉秦藩的八藩行省。
秦藩实际控制的行省有十八个，联盟姓质的行省八个。另外还有琉球岛、海南岛、耽罗岛三个海上巨岛，只不过三岛地盘很大，但暂时人口太少，因此只是各设一州。
十八行省一百余州，人口三千余万。
新印刷出来的天下舆图上，赤色的秦藩区域，在传统的疆域上就占了三分其一。而如果把秦藩新开拓的东北这片广阔的疆土算上，那么秦藩实际控制的地区，甚至已经超过了大唐疆域的一半。
看着地图，李璟心中也不由的升起一股豪情。
可就当李璟看着地图，觉得也许是时候开始向东南沿海地区开始布局的时候，他的联盟八镇的董昌却称帝了。
这是让李璟意外的消息，也是让李璟心情瞬间不好的消息。
而很快，李璟又收到了钱镠的来信，这封信在路上一直走了差不多半个月，才刚刚送到燕京。信里的内容更是让李璟脸色阴沉了几分，钱镠如此迫不急待的跳出来，要帮李璟扫灭董昌，恢复名誉，这让李璟敏锐的直觉到，董昌称帝之事，并不简单。
按照谁最得利谁最嫌疑的推论，董昌称帝一事，得利最大的无疑就是钱镠了，那么钱镠也是这件事情幕后最大的黑手极有可能。
稍一沉思，李璟立即开始让赵江前去传达，让新一届的政事堂成员和新一届的内阁成员齐至勤政殿议事，另外召监察厅和军方三衙在京高级官员将领们一起列席会议。